本体论、认识论和方法论既是哲学研究的三个基本方向，也是哲学领域中三个不同层次的问题。本体论是认识论的基础，认识论是本体论的发展与应用；同样，认识论是方法论的基础，而方法论则又是认识论的发展与应用。正是由于人类对上述三个不同层次的深入研究，才使哲学结构化，使之成为指导人类认识的一门完整和有用的学科。
本体论研究的课题是世界的本原为何物，这是人类迄今为止所要探讨的最本质和最深刻的问题。不过，在近代，有很多人认为本体论是一个不可知的问题，并明确提出应将本体论从哲学中彻底地清除出去，因为研究不可知的问题是没有认识意义的。
自19世纪起，掀起了对形而上学的批判，这些批判集中的焦点就是本体论。在当时，几乎所有的哲学流派都或多或少地赞同，将本体论从人类的认识范畴中剔除出去。比如，实证主义学派认为，本体论是无法被实验证明的，因而不属于科学的范畴，没有认识意义。实证主义由此得出的结论是，只有人类所能感受到的现象世界，才是具有认识意义的研究对象。他们认为，人类的认识应该仅限于此，之所以形而上学被发展到了极点，以至于严重地阻碍了人类思想的进步，就是因为其关于本体论的研究超出了人所能及的范围，使人类的认识误入歧途。然而，实证主义自身也是有问题的，实证主义将认识局限于经验，使认识的发展受到了限制，停留在唯象的认识层次上。
由此我们看到， 本体论在哲学中是一个既不能回避， 但又无法解决的问题。本体论使哲学陷入了两难的境地：
没有本体论的哲学，是不完备的哲学；而研究本体论的哲学，又是不成熟的哲学。
其实，在现实的生活中无论我们是否研究本体问题，该问题在人们的头脑中始终都是一个挥之不去的问题。在通常的情况下，人们只是简单地用朴素的唯物思想，将本体归结为外在的客观世界，或从唯心论出发，相信上帝是世界的本体。此外，如果我们不能很好地解决世界本体的问题——这是一个最根本的哲学问题，我们就永远也无法在真正意义上正确地理解和认识认识论和方法论的问题。
那么，究竟是何种原因使人类关于本体的认识在哲学上陷入这种两难的境地呢？是由于我们的思维方式停留在一维认识的观念上，习惯于形而上学式的非此即彼的思维方式。在这一意义上讲，实证主义对形而上学进行的批判是十分有益的。只是，我们不应该用形而上学的思维方式来批判在形而上学的思维方式下解决不了的本体论问题，更不能将本体论连同形而上学一起抛弃。即便是形而上学也不能简单地予以全盘否定，其作为一维的思维方式，在人类认识的过程中也曾有过积极的作用，在认识的初级阶段是不可或缺的。
随着认识范围的扩展和认识的不断深入，现代哲学又开始逐渐地回归本体论。比如，分析哲学认为，应该把存在者和存在区分开来，两者的含义和概念是不同的。由此，人们把世界细分为自在世界和现象世界。人们已经意识到，其感觉到的世界（现象世界）和真正的外在客观世界（自在世界）是完全不同的。在此，人们开始用二维的思维方式，来认识其所面对的世界。
由于物质的实体性被物质的存在状态所取代，所以当我们观察和感受物质时，不可避免地会影响物质的存在状态。而且，我们对物质观察得越深入，对物质存在状态的干扰也就越大。甚至我们无法分清楚在所获得的结果中，究竟哪些来自认识客体的贡献，哪些来自认识主体的影响。因为，我们所获得的，只是两者的相互作用。
于是，我们面临着这样一个认识的困境， 如果不与自在之物发生相互作用，我们就无法了解和认识自在之物；但是，如果我们与自在之物发生相互作用，我们所感受或认识到的就不再是自在之物，而仅仅是与自在之物的相互作用，或者说是被主体污染而变性的自在之物。于是，我们所感觉到的自在之物已不再是原来的自在之物，而成为一个新的事件。
将现象世界与自在世界相分离，这在人类认识史上是一个飞跃，这一飞跃的重要性，可以与产生概念的重要性相提并论。后者使人类的认识摆脱现象的束缚，而前者则帮助人类揭开了自在世界的面纱。在此之前，自在世界被现象世界所掩盖。
通过将现象世界与自在世界分离，我们将关于本体论的问题转化为关于自在世界的问题，而我们已经知道对于自在世界的认识只具有相对的意义，必须连同认识主体一同考虑。于是，对于本体论的问题，既不能像形而上学那样将其全盘接受，又不能像实证主义那样将其完全放弃。我们应该用二维的思维方式，舍弃本体论关于绝对的认识，保留其相对认识的部分。
于是，本体论作为哲学研究的内容是有意义的，但这个意义只限于对其认识的相对部分，即局限在相对于主体的那部分自在世界。只有相对于具体的主体，作为本体的客体才具有一定的认识意义。所以，人类关于本体论的认识只具有相对的意义。
比如，宇宙是一个巨大的封闭体系，任何超出宇宙范围的本体问题都是没有意义的。因此，我们无法获得关于本体的绝对认识，我们不知道宇宙之外是什么，我们也不可能再进一步地分割构成宇宙的量子。但是，这并不意味着关于本体的认识是毫无意义的。我们可以获得关于本体的相对认识，我们已知宇宙的半径约为140亿光年，宇宙的量子是由普朗克常数h定义的。关于本体的这些相对认识，为我们认识世界奠定了一个坚实的基础。这就足够了，即便是相对的认识，也具有一定的认识意义。因为，虽然人类的认识是关于自然界的同构系统，而同构系统相对于自然界不同的输入信号和输出信号是不一样的；但是，由于自然界的变化是不连续的，我们所能获得的关于自然界的输入信号和输出信号是有限的，只限于宇宙的范围内。比如，我们并不知道，大爆炸之前的宇宙是什么样的。
所以，一方面没有必要为无法认识哲学的本体而烦恼，另一方面也不能连同现实的本体一起放弃。根据自然哲学第二定律——凡具体的都是有限的，只有抽象的才是无限的，作为抽象的哲学本体本来就是不存在的，它只是一个开放的概念；只有针对具体的宇宙和主体，世界的本体才是存在的。所以，本体论虽然只具有相对的认识意义，但由于人类的认识在本质上是主体与客体的相互作用，人类的认识所涉及的客体是具体而有限的，因此关于本体论的研究仍具有一定的认识价值和认识意义。比如，我们已经获得的关于本体的相对认识，即关于宇宙的认识，有助于建立一个有机的宇宙景观，而有机的宇宙景观又为二维认识观的产生奠定了认识的基础。
认识论是在本体论的基础上进一步探讨人类的认识问题。如果说自在世界需要我们进行关于本体论的研究，而现象世界是我们的认识对象，则理论世界就需要我们进行关于认识论的探讨，以确定理论世界与自在世界和现象世界的关系，进而指导我们更有效地建立和发展理论世界。具体地说，认识论是要说明人类的认识究竟为何物。按照一维认识观，人类的认识（理论）要么是客观世界的反映与摹写，要么是主观世界的意志与显现，它们都是原有事件的再现。而根据二维认识观，人类的认识是主体与客体的相互作用，是由主体和客体双方共同确定的，是认识主体构建的关于认识客体的同构系统，是关于认识客体的相对认识。
不同的本体论会导致不同的认识论，而不同的认识论又可以决定不同的方法论。比如，与唯物论和唯心论等绝对的本体论相对应的是一维认识观，而一维认识观所应用的方法论是形而上学和形式逻辑；反之，与系统论和控制论等相对的本体论对应的是二维认识观，而二维认识观所应用的方法论则是辩证法、概率逻辑和构建逻辑。
根据二维认识观，人类的认识（理论）是在现实世界中实际发生的新事件。这一事件是前所未有的。认识的进步和理论的好坏，除了取决于人与自然界相互作用的大小外，还取决于认识效率的高低。因此，人类的认识具有很大的自由度，人类所采用的认识方法在原则上是无限的。作为认识的工具，人类的认识方法只有使用是否得当的区别，而没有好坏之说。二维认识观为人类的认识方法提供了一个广阔的应用空间，使方法论获得了前所未有的解放。于是：
本体论的相对性决定了认识论的二维性，认识论的二维性又决定了方法论的多样性；而本体论的相对性、认识论的二维性和方法论的多样性，共同为人类的认识奠定了新的哲学基础和发展框架。
如果只是孤立地研究本体论，那么由于本体论不具有绝对的意义，因而是没有认识意义的。然而，本体论的相对性，可以使我们产生二维认识观，进而获得方法论的多样性，可以最大限度地发挥人类认识的主观能动性，可以明确人类的认识目标即充分实现人与自然界的相互作用，可以知道何者为，何者不可为，从而使人类的认识获得更大的效率。
因此，本体论、认识论和方法论，只有当它们共同作为哲学的一个有机认识体时，才具有它们各自存在的价值和认识意义。本体论、认识论和方法论的认识意义就在于，作为认识工具必须彼此相匹配，进而从它们各自不同的角度提高人类的认识效率。
