物理世界是由无数的层面及其关系构成的，而科学认识通过理论范式揭示了这些层面和关系之中的若干种。不同的理论范式揭示不同的层面和关系，而意识能够将这些不同的层面和关系结合起来，制造出在物理世界中并不自然地存在的物理设备，如手机、发动机、汽车、飞机和飞船等，以及其他物品如药品等。这个层面的自由主要体现为意识能够选择所发现的各种物理关系，在理论上予以不同的组合，提出各种物理设备和物品的设计，并将这种设计付诸实现。在这些设备和物品问世之后，它能够依照物理规律来控制和支配这些人工的物理设备的运行和物品的使用。
这个层面的自由包含如下几个方面的因素。
第一，这些构成现代社会物质条件的设备和物品不是由物理世界自然地产生出来的，而是人工的产物。在自然科学基础之上的合理设计，包括它们的理论设计和制造工艺设计，是这些设备和物品得以问世的必不可少的一个环节。
第二，人们之所以设计和制造出这类设备和物品，是为了达到人们所设想、追求或理解的特定目标，比如，生产效率、方便的通信和联络、舒适的生活和健康的身体，以及单纯的求知兴趣等。这种目标并非是自然而然地存在的，虽然其中所涉及的欲望可以说是人类如此行为的自然动力，但是，这些设计，比如手机和互联网，并不可能来自单纯的欲望，而要以在高度的科学和技术知识基础之上对现代生活方式的深刻理解为前提。
第三，这类设备和物品一旦制造出来，它们的运行和效用的发挥完全遵循自然规律，也就是说，就这一方面而论，它们完全是自然事件，物理现象。但是，与非人工的物理现象不同，这些设备的运行处在人的控制之下，它们的效用指向于人所设定的特殊目的。总之，无论是这些设备的运行，还是这些物品作用的发挥，都是受人的意识控制和支配的物理事件。
这个层面的自由可以称为由意识的认识和想象力支配的活动，它与第一个层面的自由在如下两个方面重叠和交叉。第一，意识对物理世界的主动的和有选择的认识及其活动的超时——空特性，比如，哈勃望远镜（Hubble Space Telescope，HST，1990年发射升空）的设计和制造的目的，就包含对于遥远星体和宇宙的认识和思考，如对宇宙年龄的估计、超新星的发现等。这些天体都远在几十乃至上百亿光年之外，而通过这个望远镜，意识却可以在短短二十几年的时间内，达到对于如此遥远之外的对象的认识。第二，意识对自然的主动的和有选择的认识，与设计并制造相应的设备这两类活动，始终有其无可分离的交叉和部分的重叠，不过，这两个层面并非是完全重合的，而是彼此有其自成体系的范围。第一层面的自由其核心在于，意识以超越时——空和物理规律的方式认识和理解自然，而第二层面的自由核心在于，意识通过物理设备和物品的设计、制造在一定程度上控制和支配物理事件。
第二层面的自由的活动今天在人类的实践领域取得了巨大的进展，而这种进展的某些成就在关涉人类自身的利益和前景方面引起了不小的困扰、担忧和争论。它们就是人工智能和基因工程。前者关涉人类是否创造出最终反过来统治自身的更高级的智能实体。人工智能无疑是第一、第二层面自由产物的结合，而其关键方面还依赖于第二层面的自由。第二层面的自由就其现在的状况来说，原是人类意识利用自然科学的知识和想象力制造若干物理事件并控制和支配它们的卓越来为人类服务的能力和行为，而现在它的产物似乎反而具有了控制和支配人类的潜力和前景。关于这个问题的认识牵涉许多方面，而与本文讨论的主题也有多维度的交叉和相关。比如，有人已经提到但尚未清楚表达的一个问题是，意识及其自由的卓越是否就是人类所独有的秉赋，不可能为其他非生物学意义的物理实体所拥有？在所有的争论中，可以看到一个焦点，即地球上的人类似乎比较能够接受如下的可能情形：在宇宙的其他星系的类地星球上或许存在比人类智力更高的生物，但是他们不能接受一种高于人类的人工智能实体。
人工智能的可能性还同时关涉一个本体论的问题：人工智能如果是可能的话，那么它将是物理的还是非物理的？这就是说，它是会像人类的意识一样具有非物理的活动特性，还是要遵循物理世界的规律？如果它具有人类意识那样的自由特性，那么它应当是非物理的。如果它的活动完全遵循物理规律，不具有超越时——空和因果规律的性质，那么它就不会具有人类意识的那种自由以及由此而衍生的其他能力。
另一个巨大的争论是围绕基因工程展开的。由于生物科学的快速发展，人类对生物以及人类自身的生理机制获得了越来越深入和全面的知识，掌握了越来越高超的生物技术，现在，人类已经有能力通过基因工程等技术手段来改造人类的生物结构，从而在一定程度上造就人工的人类个体。虽然选择后代体质的发育方向乃是一向就有的人类活动，如婚姻禁忌、食物禁忌以及直接的弃婴行为，但是通过生物技术来介入个体的生命结构的形成，在今天还是多数人所不能接受的事情。人们对此所抱的疑虑和恐惧主要在于如下两点：第一，未来可能出现人将不人的状况，也就是说，未来的人不再通过自然生育而繁殖，而是在相当大的程度上成为人工设计的产物；第二，这种设计和工程，由于社会的不平等条件的限制，是否会造就更大的不平等，乃至于造就一个统治人类其他部分的超人统治阶层。
自由的这一层面还关涉一个或许更为根本的问题，即什么是人的本性？人的本性是确定的，还是处于持续的变化和发展之中？如果人的本性是确定的，那么人的发展，无论是智能还是体能的发展就是有其极限和边界的；如果人的本性是不确定的，那么一种关于人之为人的界定就无法成立。比如，倘若基因工程能够制造出超人，后者在智商、体能、情商等方面都超越现代人，那么他们应当适用于哪一种道德的和正义的法则？如果人的本性是能够因人的发展而变化的，那么，康德式的普遍的道德和正义法则是否更为有效？
