时至2016年，主导世界的是自由主义的各种思想：个人主义、人权、民主、自由市场。然而21世纪的科学正在破坏自由主义秩序的基础。如同前面提到其他宗教时的情形，科学不讨论价值观的问题，因此无法论断自由主义的“自由比平等更重要”或“个人比集体更重要”这些抽象道德判断究竟是对是错，但自由主义的基础同样有它深信不疑的事实声明，而这些事实声明就是过不了科学审查这一关。
自由主义重视个人自由，是因为相信人类有自由意志。自由主义认为，选民和顾客的决定既不是命中注定，也不是任意随机的。虽然人都会受到外部力量和随机事件的影响，但到头来，人人都挥着自由的魔杖，为自己做决定。正因为如此，自由主义认为选民和顾客至上，也总告诉我们要随心而为、做让自己快乐的事。是我们的自由意志让整个宇宙充满意义，外人绝不可能知道你真正的感觉，也不可能预测你会做什么选择，所以你也不该让外人来决定你的兴趣和欲望。
“人类有自由意志”看起来仿佛不是道德判断，而是对世界的事实描述。然而，虽然这种说法在洛克、卢梭或杰斐逊的时代可能很有道理，但根据生命科学的最新发现，却已经不再成立。自由意志与当代科学之间的矛盾，已经成了实验室里的一头大象，许多人假装专心看着显微镜和功能性磁共振成像扫描仪，而不愿面对这个问题。
在18世纪，智人就像个神秘的黑盒子，我们完全不知道它的内部如何运作。所以如果有人拿刀把另一个人刺死，学者想问原因的时候，一个听来有说服力的答案会是：“因为他自己做了这个选择，用自由意志选择了谋杀；也因为如此，他必须对自己犯下的罪负全责。”而到了20世纪，科学家打开了智人这个黑盒子，既没找到灵魂，也没找到自由意志，只找到基因、激素、神经元，遵守着与世界其他所有事物都相同的物理和化学法则。时至今日，如果有人拿刀把另一个人刺死，学者想问原因，再说“因为他自己做了这个选择”已经不再具有说服力。基因学家和大脑科学家反而能提供更为详细的答案：“他之所以会这么做，是因为特定基因构造让大脑出现某种电化学反应，而基因构造反映的是从古至今的进化压力及突变的结果。”
会导致谋杀的大脑电化学反应，可能来自生物预设（deterministic）、随机或两者的结合，但总之并非“自由”。例如，神经元之所以放电，原因可能是生物预设，只要遇到外部刺激便如此反应，也有可能是随机事件，比如因为某个放射性原子忽然自发分解。但不论哪一种，都没有“自由意志”插手的余地。如果是遇到刺激、引发一连串生化事件形成的连锁反应，每个事件都由前一个事件决定，最后形成的决定当然不算自由意志。至于如果是原子随机自发分解造成的决定，就只是单纯的随机而已，当然也不算自由意志。至于随机事件加上生物预设的情况，也就是后果可能发生，也可能不发生，但同样不可能等于自由意志。
假设我们做出一台机器人，再把机器人的中央处理器连接到一块放射性铀上。只要遇到需要二选一的情境（例如，要单击右键或左键），机器人就会计算前一分钟衰变的铀原子数。数字是偶数，就单击右键；数字是奇数，就单击左键。这样一来，我们永远不可能预测这台机器人究竟会如何选择，但不会有人认为这是机器人的“自由”选择，也不可能让它参与民主投票，或要它对自己的选择负法律责任。
所以，就目前最先进的科学看来，人的选择不是生物预设就是随机，两者就像蛋糕一分为二，没有哪一小块属于“自由意志”。到头来，我们奉为神圣的“自由”就像“灵魂”一样，只是个空虚的词语，只存在人类发明的想象故事中。
进化论像为自由的棺材钉上的最后一根钉子。“永恒的灵魂”在进化论面前就是说不通，而“自由意志”也是如此，否则如果人类真是自由的，哪有自然选择的余地？根据进化论，动物做的所有选择（选择栖息地、食物或伴侣），都是基因密码的反映。如果有适当的基因，让一只动物选了营养的蘑菇、挑了健康而有生育力的伴侣，这些基因就能传到下一代。如果基因不适当，让这只动物选了有毒的蘑菇、挑了虚弱的伴侣，这些基因就会灭绝。然而，如果这只动物真能“自由”选择要吃什么、与谁交配，自然选择就无用武之地。
碰上这样的科学解释，人们常常装作没看见，说他们“觉得”自己很自由，都依自己的意愿和决定行事。确实也没错，人类能够依自己的欲望行事。如果所谓“自由意志”指的就是“依自己的欲望行事”，那么人类确实有自由意志。但这样说来，黑猩猩、狗和鹦鹉也一样有自由意志。鹦鹉学会说“我想吃饼干”之后，还真能有饼干吃呢。但这里最重要的问题并不在于鹦鹉或人类能不能根据内在欲望采取行动，而是究竟能不能选择要产生什么欲望。为什么鹦鹉想吃饼干、不想吃黄瓜？为什么我想把讨厌的邻居一枪毙了，而不是把另一边的脸颊转过去让他打？为什么我这么想买红色的车，而不买黑色的车？为什么我想投的是民主党，而不是共和党？这些都不是我的“选择”。我之所以觉得脑中浮起某个愿望，是因为大脑里某种生化过程创造出的感觉。这些过程可能是生物预设，也可能是随机发生的，但绝不是自由意志。
你可能会说，至少当要把邻居杀了或选举投票的时候，并不是用当下瞬间的感受来做选择，而是经过了长期思索，细细思量了各种重要论点。然而，台面上就是有那么多种论点，有的会让你投给民主党，有的会让你投给保守党，还有些会让你投给英国独立党，或是干脆待在家。是什么让你选择了某种论点，而不是另一种论点？在脑中的中央车站，我可能会因为生物预设而被迫上了某论点的列车，又或是随机被分配上哪一列车。但我无法“自由选择”让自己只去想那些使我投票给民主党的论点。
以上所说绝不只是个人假设或哲学猜测。现在只要扫描人脑，就能在受测者自己有所感觉之前，预测他们会有什么欲望、做出什么决定。在一项此类实验中，请受试者躺进一台巨大的脑部扫描设备，两手各拿一只开关，随时就可以按下任何一个开关。科学家只要观察大脑神经活动，就能预测受试者会按哪个开关，而且甚至要比受试者自己更早感觉到想按开关。在人类感觉到自己做某项决定前，大脑已经启动了指示人类决定的神经，大约提前几百毫秒到几秒。
决定要按下右边或左边的开关，反映的当然是这位受试者的选择，但不能说是个“自由”的选择。我们对自由的信念，背后其实有一套错误的逻辑。当一连串的生化反应让我想按右边的开关时，我确实觉得自己想按右边的开关。一点没错，我确实想按。但有人就一下跳到结论，认为这种想按的念头就叫作自己的“选择”。这当然就错了：人的欲望不是一种“选择”，我们只能“感觉”到欲望，再据以行事。
就算科学家，现在也还是常常使用自由意志这种过时的神学概念，民众也还是继续吵着自由意志的话题。几个世纪以来，基督教、伊斯兰教及犹太教神学家一直对灵魂和意志的关系争论不休。他们假设每个人都有一个内心本质，称为灵魂，也就是真实的自我，也进一步认为，这个自我拥有各种欲望，就像拥有衣服、车子和房子一样。他们还说，每个人都能够像选衣服一样选择自己的欲望，而命运就是依据这些选择而定的。如果选了好的欲望，最后就会上天堂；如果选了坏的欲望，最后就得下地狱。问题就来了：欲望真的能“选”吗？举例来说，夏娃想要吃蛇给她的那颗禁果，但她为什么想做这件事？是有人强加于她？完全随机出现在她的心中？还是她的“自由”选择？如果想做这件事并不是她的自由选择，那么为什么她又要受罚呢？
然而，如果我们已经接受人没有灵魂，也没有称为“自我”的内在本质，再去问“自我如何选择它想要的事物”就是一件不合理的事。这就像问一个单身男子“你太太怎么挑衣服”一样莫名其妙。事实上，人类有的就是一条意识流，欲望会在这条意识流中起伏来去，并没有什么永远不变的自我能够拥有这些欲望。因此，要问我到底是因为生物预设、随机发生，还是自由意志而选择了自己的欲望，其实是个没有意义的问题。
这个概念可能听起来很复杂，检测的方式却极其简单。下次有个概念从你脑中跳出来，就赶快问问自己：“为什么我会想到这个想法？我是在一分钟前决定要想到这个想法，然后才想到的吗？还是我自己并没下任何指示或准许，这个想法就自己出现？如果我真的是自己思想和决定的主人，能不能决定在接下来60秒内不要想到任何事？”试试看，看看情况如何。
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质疑是否有自由意志，并不只是一种哲学探讨，而确实有实际意义。如果生物确实没有自由意志，也就意味着只要使用药物、基因工程或直接对脑做出刺激，就能操纵甚至控制人的欲望。
如果想看看这种哲学在日常生活中的应用，可以参观机器生化鼠（robo-rat）的实验室。这里的机器生化鼠其实就是一般实验用的大鼠，但有一点不同：科学家在大鼠脑中掌管感觉和奖励的区域植入电极，于是能够遥控操纵这只大鼠。只要稍加训练，研究人员不仅能控制大鼠左转或右转，还能爬梯子、用嗅觉查探垃圾堆，以及做些大鼠通常不爱做的事情，例如从很高的地方一跃而下。军方和民间企业都对机器生化鼠大感兴趣，觉得它们在许多任务和情境中都能派上用场，像是寻找倒塌建筑物下的受困幸存者，找出炸弹和暗杀装置，或是探明地下隧道和洞穴的路线。
动物福利团体提出关切，担心这些实验会对大鼠造成伤害。但纽约州立大学机器生化鼠研究先驱桑吉夫·塔瓦尔（Sanjiv Talwar）教授认为这些担心是多余的，大鼠其实很享受这些实验。他解释道，这些大鼠“在为得到愉悦而工作”，每次电极刺激它们大脑中的奖励中心，“大鼠会觉得仿佛脱胎换骨”。
据我们所知，这些大鼠并不觉得受人控制，也不觉得做了什么违背自己意志的事。塔瓦尔教授按下遥控器，是让大鼠自己想要往左走，于是它就往左走。教授按另一个开关，是让大鼠想要爬梯子，于是它就爬了梯子。毕竟，欲望也只是神经元的某种放电模式而已。至于神经元放电的原因，究竟是其他神经元的刺激或塔瓦尔教授遥控器控制电极的刺激，真有那么重要吗？如果你去问问那只大鼠，它可能会告诉你：“我当然有自由意志啊！你看，是我想要左转，所以就左转了。是我想爬梯子，所以就爬了。这不就证明了我有自由意志吗？”
智人的实验则显示，人也像大鼠一样可以被操纵。只要能刺激人脑正确的位置，就算是爱、愤怒、恐惧或沮丧这些复杂的感受，也能够被创造或抑制。美国军方最近开始实验在人脑植入计算机芯片，希望能够治疗患上创伤后应激障碍（post-traumatic stress disorder）的士兵。在耶路撒冷的哈达萨医院（Hadassah Hospital），医生为躁郁症处于急性抑郁期的患者用了一种创新疗法。他们将电极植入患者大脑，并连接到植入患者胸部的微型计算机。每次从计算机得到命令，电极就会放出一道微弱的电流，使造成抑郁的大脑区域麻痹。这种疗法并非万无一失，但有部分案例显示，那些一直折磨着他们的空虚和黑暗，就好像变魔法一样消失无踪了。
曾有一位患者抱怨症状在术后几个月复发，让他整个人陷入严重抑郁。但经过检查，医生发现了问题根源：计算机的电池没电了。他们一换电池，抑郁就烟消云散了。
这种疗法显然有其伦理限制，研究人员只能在某些特例将电极植入人脑，其他人体实验多半还是使用非植入性的头盔装置，技术上称为“经颅直流电刺激器”（transcranial direct-current stimulator）。这种头盔配有电极，连接头皮外侧，能够产生弱电磁场，瞄准特定大脑区域，进而刺激或抑制选定的大脑活动。
美国军方正在测试这种头盔，希望提升士兵在训练或实战时的专注力和表现。主要实验由位于俄亥俄州空军基地的人类效能指挥部（Human Effectiveness Directorate）进行。目前距离能下定论还很遥远，而且经颅直流电刺激器的效用还是远远名过其实，但有几项研究指出，比如无人机操作员、空中交通管制员、狙击手等需要长期保持高度专注的职务，都能够通过这种方式提升其认知能力。6
《新科学家》（New Scientist）的记者莎莉·埃迪（Sally Adee）就曾获准前往一处狙击手训练地点，亲身测试效果。她一开始先不戴头盔，进入战场模拟室，面对20个蒙面男子绑着自杀式炸弹、手持步枪，直接向她冲来，令她一阵惊恐。她写道：“好不容易射倒一个人，又有另外三个新的攻击者不知道从哪里冒出来。显然我开枪的速度不够快，慌得要命又笨手笨脚，一直卡弹。”还好，这些攻击者其实只是投射到她身边巨型屏幕上的影像。但她还是觉得自己实在表现太差，沮丧到简直想把枪丢下一走了之。
然后，他们帮她戴上了头盔。她说其实没什么特别的感觉，只是稍微觉得有点刺痛，嘴里有奇怪的金属味。但接下来，她开始一个一个放倒这些虚拟恐怖分子，态度冷静、手法纯熟，简直像兰博或克林特·伊斯特伍德。“看着这20个人拿着枪冲向我，我冷静地举起步枪，深吸一口气，放倒离我最近的人，再平静地评估下个是谁。好像才没一会儿，我就听到有个声音说：‘好了，结束了。’模拟室里的灯光亮起……我身边横七竖八倒着尸体的影像，忽然一阵安静，但我好希望有更多人来攻击。当团队开始移下电极的时候，我甚至有点失望。我抬起头，想知道是不是有人把钟调快了，完全没感觉到时间已经足足过了20分钟。‘我击中了几个？’我问那位助理。她看着我，带点揶揄的神色。‘他们全挂了。’”
这场实验让埃迪的生命大为改观。接下来几天里，她意识到自己经历了一场“近乎灵性的体验……不是觉得更聪明或是学得更快，真正让我好像脚下忽然一空的，是我这辈子第一次觉得大脑里忽然一片安静……没有任何自我怀疑，仿佛看到一个新世界。脑中忽然静得叫人难以置信……我希望你会懂，在那次测验后的几个星期里，我心里最想做的事情，就是再回去，把电极再接回去。我也开始冒出许多疑问。平常，在我脑中总像有许多愤愤不平的小人，占满了我的心思，让我害怕尝试，最后导致失败。但除了这些声音之外，我究竟是谁？这些声音又是从哪里来的？”
这些声音有些是重复社会的偏见，有些是附和我们个人的历史，也有些传达出我们的基因传承。埃迪认为，这一切创造出一个看不见的故事，在不知不觉中塑造着我们有意识做出的决定。如果我们可以重写这些内心独白，甚至叫它们完全噤声，会发生什么事？
直到2016年，经颅直流电刺激器仍在起步阶段，也无法预测是否会在何时成为成熟的科技。到目前为止，通过这种方式增强能力只能维持短暂的时间，莎莉·埃迪的体验能到20分钟，可能是特例中的特例（甚至只是安慰剂效应而已）。关于经颅直流电刺激器，多数已发表的研究都是人类样本数极少，情境也有特殊限制，而且长期影响和危险仍然完全未知。只不过，如果未来这项科技成熟，或是我们找到其他方法来操纵大脑的放电模式，会对人类社会和人类有何影响？
如果哪天人类真能控制自己的大脑电路，除了希望自己更有效地击倒恐怖分子之外，可能也会希望实现一些更俗世、自由主义的目标。换句话说，也就是能够更有效地学习和工作，让自己能全心投入游戏和嗜好，或是能在任何时刻专注于有趣的事物（不管是数学，还是足球）。然而，如果这样的操纵成了家常便饭，原本该由顾客自由操纵的意愿，就会变成另一项可购买的商品。你希望弹得一手好钢琴，但一要练琴又想看电视吗？没问题：戴上头盔，安装适当的软件，你就能够完全只想练钢琴了。
你或许觉得不服气，认为如果能让脑中的声音噤声或是放大，其实是增强而非削弱了自由意志。在过去，你可能就是因为被外界干扰，才没能实现自己最珍视、内心最深处的欲望。有了这种让人专心的头盔或类似的设备，你就更能把父母、牧师、神父、祭司、公关、广告商、邻居的声音通通排除掉，专注于自己想要什么。然而我们很快就会看到，要说你有个单一的自我，能够区分自己真实欲望与外界声音的不同，这也只是另一个自由主义的神话，已经被最新的科学研究推翻。
