1641年，勒内·笛卡儿（René Descartes）出版了《第一哲学沉思录》（Meditations on First Philosophy），他在书中提出了著名的身心二元论（mind-bodydualism）——后来又被简称为“笛卡儿二元论”（Cartesian dualism）。根据笛卡儿的说法，心智（意识）源于一个非物质的灵魂，后者完全独立于物质世界以及所有的物理过程；意识世界（精神世界）与物质世界两者永不相交。几十年之后，贝歇尔（J.J.Becher）出版了《地下物理学》（Physica Subterranea）一书，这本书同样关注看不见的实体。贝歇尔提出，所有的易燃物质之所以可以被点燃，是因为它们都含有一种“燃素”（phlogiston）。“燃素”是一种假想的物质，它没有任何可感知的属性，如颜色、气味、味道或重量等。就像笛卡儿对心智的描述一样，在贝歇尔的理论中，火似乎也是一种无形无质的存在。以上两种观点在当时的时代都得到了广泛的讨论，并被人们信奉。
然而，时代是会变的，这两种理论的命运也是如此。不过，身心二元论却算得上是过去1000年里最根深蒂固的理论之一。今天的人们在讨论与克隆、堕胎以及在实验室中使用动物做实验等技术和惯常做法有关的政策和伦理问题时，仍会有人引用身心二元论；燃素说则只有属于科学界的“圈内人”才会偶尔提起，而且在被提起时，通常也只是被当作一个不具有任何科学价值的反面材料而遭受嘲笑。对于这种现象，有的人可能会自然而然地猜想，身心二元论之所以经久不衰，而燃素说早早地就遭到了唾弃，是因为前者赢得了科学证据的支持，而后者则遭到了科学的驳斥。但是，这种认识是错误的。
事实上，在科学界内部，这两种理论的声誉都不好。虽然科学家们（其中也包括我自己在内）仍然经常用一种带有二元论色彩的语言来报告自己的科学发现，即经常会独立地提到“心智”一词，似乎它真的是与身体相分离的。但是，现代科学有关心智问题的一个最基本的原理是，心智完全是生物性的，因而是物质实体。然而，大多数人却都固执地相信笛卡儿所描述的那个简单而又令人难以反驳的身心二元论。请你考虑一下以下这个两难问题吧。你愿意拥有一个没有心灵的身体吗？这个身体仍会像你现在这样四处走动，但是所有与“你”有关的经验体会都会消失。你将不再有思想、感情或记忆。或者，你是不是更愿意拥有一个没有身体的心灵呢？你仍然拥有感觉和体验，但却没有了身体与这个世界互动。对于这个问题的任何一种回答都是对身心二元论的隐性支持。这是不得不面对的一个事实，我们确实更容易这样想象：我们是身体和心灵的结合体，同时它们又是彼此截然不同的两种东西。
