思维是一种人类活动，三要素是人、思维方法、思维对象，针对不同的思维对象，有相应的思维方法。科学思维方法论必须弄清两个基本问题：思维对象和思维过程。这两个问题都清楚了，你就相当于拥有了一本「大脑使用说明书」。结构化思维方法就是以事物的结构为思维对象，以对事物结构的积极建构为思维过程，力求得出事物客观规律的思维方法。所以结构化思维不但是科学思维方法，而且是一本「大脑使用说明书」。
1、思维对象——「大脑使用说明书」之事物的结构
1）“人”的根本思维对象是各种各样的“事物”
这里的“事物”泛指“一切可能的研究对象，包括外部世界的物质客体，也包括主观世界的精神现象” 。任一“事物”必然处于一定的环境中并与其它“事物”相互作用。只有当具有认识能动性的“人”作为一个“事物”参与到这种作用中从而认识发生，该“事物”才在“人”的认识中得以显现。
2）“事物”显现于“人”的各种属性，最根本的属性是“存在”这一属性
“事物”不具这一属性只有两种可能：或是“事物”对“人”的作用太小或是“事物”本为虚无。存在着的“事物”总是具有“运动”这一属性。这里的“运动”泛指“一切意义上的变化，包括机械运动、物理运动、化学运动、生物运动、思维运动和社会运动等” 。运动着的“事物”总是具有“运动状态”属性和“运动方式”属性。“运动状态”是指“事物运动在空间上所展示的性状和态势” ；“运动方式”是指“事物运动在时间上所呈现的过程和规律” 。“事物”的运动状态和运动方式对于“人”来说就是各种“现象”。当“事物”所处的环境发生了改变或作为认识主体的“人”发生了改变，这些“现象”也就改变了。
3）不管“现象”如何变化，始终都来自同一“事物”，从而具有共性
决定“现象”共性的是“事物”内在的相对稳定的不变性，即“事物”的“质”。对于“人”来说“现象”是此在的，“质”是彼在的；通过“现象”把握“质”，又通过“质”把握“现象”。结构化思维是理性思维，是“人”籍以认识“事物”改造“事物”的工具。结构化思维的对象就是“事物”的“质”。
4）一切结构都是一个系统的结构
只要人的认识深入到某一系统的内部就会发现，系统总是由一些更小的系统所组成，称之为要素(要素本身是系统，由子要素有机组合而成)。系统要在环境中存在和发展，系统要素之间必须建立各种联系，而且这些联系必须以整体有序的状态统一起来。例如太阳系之所以存在，因为九大行星在绕日公转。没有九大行星和太阳，太阳系是不存在的；公转的关系处于无序状态，太阳系将马上面临解体的危险。这种整体有序的联系体现为系统要素在时间和空间上的有机组合，是“事物”历经长期发展形成的。系统的结构就是系统要素在时间或空间上的有机组合。系统要素在空间上的有机组合称为横向结构，例如太阳系的结构；系统要素在时间上的有机组合称为纵向结构，例如由春、夏、秋、冬组成的年的结构。从系统论角度定义“结构”是比较有说服力的。
2、思维过程——「大脑使用说明书」之事物的建构
结构是事物的“质”，是内在的，也是彼在的。对事物的结构下结论绝非探囊取物。通过什么样的思维过程才能认识事物的“结构”？建构的目的和结果是形成对事物结构的正确认识，并用一定形式表达出来加以记载、交流和传播。显然，作为思维对象的事物结构和作为思维结果的事物结构是不同的概念。在人的思维活动中出现的事物结构称为结构图式。包括自在图式、心理图式、表达图式。自在图式是作为思维对象的事物结构；心理图式和表达图式是作为思维结果的事物结构。
1）如何形成对事物结构的正确认识
（1）首先，作为思维对象的事物结构不以人的意志为转移，从这种意义上讲就是事物的自在图式。自在图式实际上是“现象”之外的“现象”，是认识论当中的事物的“质”。正如古人所谓“象外之象”。例如：九大行星绕日公转是太阳系的内在结构。这一图式是自在的，因为任何个体“人”都不影响到它的存在及属性。
（2）其次，思维活动是从“人”对事物自在图式的认识开始的。思维的主要目的在于弄清构成事物的要素在时间和空间上的有机组合即事物结构。思维结果归根结底是“人”心理活动的产物，是自在图式在人思维中的反映。心理图式被认识主体认为与自在图式同一，却往往被找出不同一性，从而不断修正。例如：天文学家通过大量的观察认识到的太阳系的结构就是心理图式。作为一种认识，历史上许多天文学家的心理图式被后人证明是错误的。即使现在也不能说有了绝对真的认识。
（3）最后，“人”与“人”之间要进行认识的交流，要对思维成果加以记载、传播，必然要将心理图式表达为客观外在的物质存在。作为表达结果的事物结构就是事物的表达图式。表达图式仍然可以看作思维结果，因为表达过程在他人看来是行为这程，在表达者来说主要是思维过程，即人表达过程中的思维过程。没有思维过程的表达过程是潜意识的，不具能动性，不属于这里的研究范围。从这个意义上讲，表达图式是思维结果。表达图式与心理图式之间也不是完全同一的，有必要不断寻求更为完善的表达图式。例如：虽然理解了苯分子的结构建立了心理图式，但不一定能找到恰当的表达图式，而苯环图形比较满意地解决了这一问题。对于任何认识了的事物结构(已形成的心理图式)，都可以用语言、图像、声音、动作等符号构成表达图式，并为他人在一定程度上理解。表达图式总是由符号构成的。
2）如何正确表达出来并加以记载、交流和传播
表达图式的形成是思维过程最终完成的标志。理想的思维过程应尽量保持三种图式之间的同构。同构是结构之间的一种关系，指不同结构由对应的要素按对应的联系有机组合起来。自在图式的内在逻辑联系是事物客观规律，不以人意志为转移。心理图式与表达图式自身的内在逻辑联系相当充分才可能与之同构。这就对思维过程各个环节的逻辑性有很高的要求。思维过程保持三种图式之间同构的三大环节：
首先，对思维对象即自在图式的认定。我们所要思考的对象是一个什么样的事物？别人是怎样理解的？在这次思维活动中我们是如何给它定位的？恰当定位是十分关键的问题，决定了思维结果的普适范围。
其次，对思维对象进行要素划分。该系统有那些部分构成？每个部分又如何定位？作为要素，其定义应该遵循严密的逻辑规则，例如要素之间不应当互相交叉等等。要素定义或要素的大关系已有逻辑错误，思维结果必然在逻辑上不成立。
第三，确定要素之间的关系。要素之间是纵向结构还是横向结构？具体时空关系和以之为基础的依赖关系、制约关系是怎样的？这种严密的内在逻辑联系正是事物内在规律性的集中体现。确定时既要力争符合逻辑的要求，又要力争符合理论与实践的验证。
3、思维结果——「大脑使用说明书」之事物的表达
事物的要素仍然是系统，仍然具有结构，那么要素仍然可以分析其子要素并且找到要素之间的联系。按照这种思路，从母系统开始，充分运用思维过程单元，可以一级一级地深入剖析系统各层次的结构，并找到对应的表达图式，从而形成多层次的表达图式。从理论上讲，这种深入剖析可以呈几何级数无限展开，最终取决于理论和实践的需要适可而止。认识事物自在图式并建构多层次的表达图式的思维过程是更为全面深入的科学思维过程，也就是结构化思维方法的思维过程。特定事物经过结构化思维方法研究形成的以表达图式为终结的思维结果称为结构化事物。
