进入自律神经系统的冲动，会穿过大脑中枢的中部与下部——丘脑与间脑，它们最近被命名为负责处理焦虑与恐惧之交感神经刺激的“协调机制”。这些大脑中枢的中低部位会反过来与大脑皮质——与情境的“觉察”和“意识诠释”等功能有关的大脑中枢较高部位交互作用。
例如，当我们感到害怕时，未经提炼的感官刺激便会激促一股自律神经的反应，从丘脑下部传递到脑的网状启动系统。这会调节我们的警觉，以备我们打斗或逃离之需。丘脑同时会把冲动送到大脑皮质，以待进一步诠释。
大脑皮质的这个功能就是心理学上的意识觉察，它在焦虑的临床治疗上非常重要，因为不安端视个人如何对潜在的危险诠释。在神经学上，动物和人类的主要差异，就在于人类的大脑皮质比动物大得多。这就是焦虑问题在神经学上的对应关系，亦即人类有机体的焦虑问题涉及个人对自己危险处境细致与复杂的诠释。《身体的智慧》，如前所引。例如，哈洛·布朗只是与别人小有争执，或甚至只是打一局桥牌，就会引发深刻的焦虑，因为任何竞争的联想都会让他联想到童年时与姊姊的竞争，而那对他与母亲的亲密依赖深具威胁。（当然，我们并不认为像布朗这样的人，可以清楚意识到这些影响其诠释的决定因素。无意识因子的影响是更严苛的心理问题，我们会在下一章讨论。）因此，只要牵涉到个人诠释自己童年经验处境的复杂方式，客观上，相对无害的处境都有可能成为严重焦虑的情境。
个人诠释为危险的刺激可能是外在的，也可能是内在心灵的。例如，某种敌意或“性”方面的某种内在刺激，可能会使个人联想起过去的经验，而这些刺激便会带来疚责感，以及被惩罚的恐惧或实际的惩罚。因此，一旦内在心灵再度发生了类似的刺激，疚责感以及随之而来的惩罚预期心理便油然而生，个人也会经验到强烈和未分化的焦虑。
正常而言，大脑皮质对脑中枢底部会有所抑制，有机体因此缓和并控制焦虑、恐惧或忿怒反应的强度。这种控制与大脑皮质发展的成熟度成正比。例如，婴儿对不同的刺激反应都是未分化的强烈忿怒或焦虑。越接近婴儿状态的有机体，便越会采取反射式或未分化的反应。就这层意义而言，“成熟”的意思就是大脑皮质的持续分化与控制。当动物的大脑皮质以手术拿掉时，我们便可以观察到过多的自律“假性忿怒（sham rage）”（坎农）。极度疲累或生病也可能减弱大脑皮质的控制。因此，我们发现疲累或生病的人会对威胁产生高度未分化的焦虑反应。用精神分析的术语来说，这是一种退转（regression）。
大脑皮质的定向与控制，对学习理论与成熟度具有重要意义，这一点我们在这里只能简要提示。我们注意到婴儿（以及被去掉大脑皮质的动物）对具有威胁性的刺激，会以一种未分化或反射的方式来反应。葛兰珂与史匹格尔主张，“随着生命日益成长与成熟，大脑皮质会有更好的发展。”
它会对这些不确定的反应逐步建立起抑制作用。首先，大脑皮质对刺激的反射式反应，只是一种次级的觉察，接着它试着重复这类刺激，以修正反应，将那些真正危险的刺激，与那些能够处理的刺激分隔开来，并且从错误中学会因应真正的危险。葛兰珂与史匹格尔，如前所引，p.144。
当个人面对超过他能控制的处境时（例如突然的刺激和创伤性的刺激），他可能会被拋入分化较少的反应状态中。葛兰珂与史匹格尔主张，这相当于婴儿阶段的“退转”状态，此时就神经学的意义而言，大脑皮质对情绪反应完全无法控制。
