生命令人称奇。想想这宇宙间有无数几乎完全死气沉沉的恒星系统，我们便会惊讶竟然还有生命的存在。同样令人称奇的是那些形形色色的生存之道，从细菌到鱼类、鸟类、雏菊、鲸、蛇、槭树，再到人类。也许最为神奇的是生物的坚韧不拔：它们千方百计地顽强生存、繁衍，面对巨大的阻碍竭力谋生。这一切都要归功于数以百万计的巧妙装置和安排：从细胞中蛋白质机器错综复杂的级联，到蝙蝠的回声定位、大象的鼻子，再到我们的大脑所具有的能够反思“天底下”所有问题的能力等。
达成这一切的鬼斧神工需要解释，因为这不可能是出于纯粹的机缘巧合或偶然。已知只有两种可能性：智能设计或经由自然选择的进化。无论是借由智能设计者奇迹般的设计，还是通过自然选择步履笨拙、毫无先见、愚蠢且非奇迹的进化，两种方案都需要极大量的设计工作。我们称其为研发（resaech and development）。研发的代价总是巨大的，且需要时间与精力。达尔文伟大想法的美妙之处在于，他看到了历经几十亿年的运作和数量惊人的“无用”功（不计其数的尝试以失败告终），设计改进如何以一种自然而然、非奇迹的方式累积，不需要任何目的、预见和理解。达尔文最热心的批评者罗伯特·贝弗利·麦肯齐（Robert Beverley MacKenzie）曾雄辩地抨击道：
对于这种理论，我们必须得有一个绝对无知（Absolute Ignorance）的设计者，以便我们可以将其解释为整个体系的基本原则，即：要想创造出一架完美出色的机器，我们并不需要知道如何去造。细加检讨，不难发现，该命题凝练地表达了进化论的宗旨，只言片语就说出了达尔文先生的所有想法：经由一种奇怪的推理倒置，他似乎认为，在创造性技能的所有成果中，绝对无知完全有资格取代绝对智慧（Absolute Wisdom）。（MacKenzie, 1868）
没错，自达尔文提出这个惊人的想法之后，怀疑者们就质疑是否有足够的时间来完成所有这些创造性的工作。如何设想所需完成的设计工作呢？一个简单的决窍是将其想作设计空间中的提升。什么是设计空间？最好将它想象为一个多维空间，就像巴别图书馆或孟德尔图书馆那样。事实上，设计空间不但包括这类图书馆，而且还包括其他图书馆，因为它不仅包括所有经由构思而创作的书籍和经由设计而进化的生物，而且还包括由设计立场所描述的其他物事（见第18章），例如，房屋、捕鼠器、战斧导弹、计算机和宇宙飞船。正如巴别图书馆中的大多数书籍是乱码，设计空间中的大多数处所也都充满了毫无用处的垃圾。如果你和我一样，只能一次想象三个维度，请相信我，你越是在想象中摆弄这种想法，就越容易以这种熟知的三维为基准想象出更多的维度。这是一种思考工具，你用得越多就越有提高。
设想把生命之树置于孟德尔图书馆，我们便可以看到，所有曾经存在于这个星球上的生灵，它们的世系如何彼此联系。这些世系传递着自然选择所“发现”的基本的设计改进，为所有后继生命保留了最初的研发成果。从细菌到脑细胞，每一个细胞都拥有这种“机械装置”，包括不计其数的、已经运转了超过30亿年的精巧的纳米装置，那是我们同树木、鸟类和酵母细胞所共享的生命的基本引擎舱。在多细胞层面，我们可以看到心脏、肺、眼睛、手臂、腿以及翅膀，它们“仅仅”在20亿年前才被首次研发出来，并经过了重新利用和改进。但是，除了生物的器官，还有它们的造物，例如，蜘蛛网、鸟巢以及河狸修建的水坝。这些东西同样也是研发确凿无疑的证据，而且研发的丰富成果也以某种方式一脉相承，不单在基因中传递，同样也借由子代复制父代这一过程传递。新奇事物通过突变、试验或意外不时地涌现出来，这是一种改进，它一次又一次地得到了复制。而失败的试验品走向了灭绝。再说一次，要么发表，要么灭亡。
再有就是人工器物：耕犁、桥梁、教堂、绘画、戏剧、诗歌、印刷机、飞机、计算机、剪草机等，以及思考工具。它们是怎么回事？难道它们不属于生命之树中人类世系这一分支吗？它们不仅仅依赖于一个作者或发明者，同样也极大地依赖于背后众多的研发贡献者们。贝多芬不必发明交响乐，因为它已经存在了，同样，莎士比亚也没有必要创制十四行诗。一个链锯由几十或几百个“现成”的元素构成，它们已经被发明出来了，而且已经得到了优化。人类的一些器物很可能复制了其他动物所创造的东西。织巢鸟的巢有没有激发出织布工艺的发明呢？因纽特人圆顶冰屋里的活动地板可以使冷空气从地下出口排出，是不是模仿了北极熊窝里类似的活动地板呢？还是说这些是独立自主的发明？或者是北极熊模仿了因纽特人？
心脏与水泵、蝙蝠的回声定位与声纳和雷达、河狸坝与灌溉水坝、眼睛与相机，它们之间在功能方面深层次的相似性并不出人意料。在过去的许多个世纪中，同样的研发探索过程已经将它们打磨成形，并不断改进。它们可以被放置在同一个设计空间里，即所有可能的设计空间。
这一说法在生物学家中间是有争议的，我自认为理解个中缘由，并对此深表遗憾。许多生物学家都极不愿意谈论对生物的“设计”，因为他们认为这会为智能设计运动提供某种支援或慰藉，而智能设计论是不真诚的，是伪科学，是某种隐秘的“宗教”，有损进化生物学当之无愧的权威。在这些抵制人士当中包括两个我最为敬重的同事兼朋友：进化生物学家理查德·道金斯和杰里·科因（Jerry Coyne）。通过讨论自然的目的和设计，我们显然为支持智能设计的那帮人提供了半数案例。有些人认为最好对此类主题严厉封杀，他们坚持认为，严格说来，生物界不存在任何被设计的东西，除非它是由人设计的。大自然用以生成复杂系统，例如器官、行为等的方式与设计者所采用的方式非常不同，我们不应该使用相同的语言描述它们。所以，道金斯偶尔才会谈到生物类设计的特征。在《祖先的故事》中，他说道：“由达尔文的自然选择学说带来的设计幻象具有一种鼓动人心的力量。”我对这种紧缩策略并不认同，因为它很可能适得其反。
近日，我无意间听到酒吧里的一群年轻人在谈论细胞中发现的纳米机器。其中一位感慨道：“看看这些奇妙的小机器人，你怎么能相信进化论！”而其他人若有所思地对此点头称是。不知怎的，这些人得到的印象竟然是进化生物学家认为生命并不复杂，构成生命的组件也不是奇妙无比的。这些进化论的怀疑者可不是不学无术的人，他们是哈佛医学院的高材生！他们极大地低估了自然选择的力量，因为进化生物学家三番五次地告诉过他们，自然界不存在任何真正的设计，它们只是看起来像设计。这个故事强烈地提示我，“常识”中已经开始接纳了一种错误的想法，即进化生物学家不愿意“容许”或“承认”自然界中存在显而易见的设计。
说到这里，让我们来看看克里斯托夫·舍恩博恩（Christoph Sch?nborn）的话，他是天主教的维也纳大主教，被智能设计那帮人愚弄了的家伙。在《纽约时报》的专栏文章《寻找自然中的设计》（Finding Design in Nature）中，他写了一段众所周知的话。
在把地球生命史的诸多细节托付给科学之后，天主教教会依然可以宣称，凭借理性之光，人的理智可以很容易、很清晰地领悟包括生物世界在内的自然世界的目的和设计。在共同祖先的意义上，进化可能是真的，但新达尔文主义认为进化是无导向、无计划的随机变异和自然选择过程，这并不正确。任何否认或寻求压倒性的证据来消除存在于生物之中的设计的思想体系都是意识形态，而非科学。
我们这些进化论者想要将论战带向何方呢？是要试图说服门外汉，让他们相信他们看到的那些存在于每一个生物尺度上的显而易见的设计并不真实，还是该努力表明，达尔文只是揭示了真正的设计也可以无需借助智能设计者之手？我们已经说服全世界相信地球绕着太阳转，时间是相对的，不是绝对的。可为什么当我们试图表明可以存在没有设计者的设计时，就变得畏缩不前了呢？所以，在这里我要再次捍卫以下主张。
