我有幸担任圣塔菲研究所所长几年时间，对其理念、定位和成功有着自己的观点。你或许会认为这完全是我个人的夸张之词，那么就让我来转述其他人有关研究所特性的评论和观点。罗杰斯·霍林斯沃思（Rogers Hollingsworth）是威斯康星大学著名的社会科学家和历史学家，他对成功的研究机构的必要因素进行了深度调查。在美国国家科学委员会（负责监管美国国家科学基金会）某负责研究变革性科学的分委会上致辞时，他说道：我和我的同事们对大西洋两岸大约175家研究机构进行了研究，从许多方面而言，圣塔菲研究所都是推动创造性思维的理想机构。
他援引《连线》杂志的话说：
自从1984年创办以来，这家非赢利性研究中心便聚合了来自不同领域的顶级专家研究细胞生物学、计算机网络以及其他构成我们生命基础的系统。他们发现的模型点亮了我们这个时代中一些最为紧迫的议题，在此过程中，成为复杂性科学的基础。
圣塔菲研究所最初是由一些知名科学家构思和策划的，其中包括几名诺贝尔奖获得者，他们大多与洛斯阿拉莫斯国家实验室有关联。他们担心，学术界已经被学科林立的专业化所统治，这带来了许多严重问题，特别是跨学科问题或社会性问题遭到忽视。获得学术职位、获得提升或教职、获得来自联邦机构或私人基金会的基金，甚至是入选全国性学院或学会的奖励系统，所有这些都越来越与你凸显自己是专注于某一狭隘分支学科的微小领域专家有关联。许多人无法负担得起对某些重大问题或议题进行思考和思索、冒风险或成为先锋的自由。现在的状况不仅仅是“发表还是发臭”（publish or perish）的问题，而是演变为更严重的“要么引入大笔资金，要么腐烂”的状况。大学之间的合作进程已经开始。托马斯·杨或者达西·汤普森等博学者和伟大思想家的美好时光已经一去不复返了。的确，学科内的思想家的确都很稀缺，更不用说跨学科思想家了，后者可以轻松地阐释跨越自身所处领域的思想和概念。圣塔菲研究所的创立正是对抗这种认知趋势的。
有关于圣塔菲研究所真正的科学议程的早期讨论或许集中于新兴的计算机科学、计算和非线性动力等洛斯阿拉莫斯国家实验室曾扮演重要角色的领域。然而当理论物理学家默里·盖尔曼（Murray Gell-Mann）开始介入其中的时候，他意识到，所有这些建议更多地是围绕技术而非思想观念和概念，如果研究所想要在科学进程中发挥重大影响力，其议程的范围就必须更加广阔、更加大胆，并能够解决某些真正宏大的问题。由此，复杂性和复杂适应系统便成为首要的主题，因为它们几乎覆盖了今天的科学和社会学面临的所有重大挑战和重大问题。此外，它们也总是跨越传统的学科边界。
时代发展的一个有趣迹象，以及我所认为的圣塔菲研究所影响力的一个主要迹象是，现如今，许多研究所都自称是多学科的、跨学科的或交叉学科的。尽管这样的名称在某种程度上已经成为用来形容传统学科内子领域之间合作互动的时髦术语，而非被用作形容不同学科之间巨大差异的大胆跨越，但它们的确代表了形象和态度的一大转变。这一现象正在影响整个学术界，且已经被视作理所当然的了，尽管大学在不同程度上依然是直筒式的。以下我引用了斯坦福大学的官方主页，该校把自己重新塑造成如下形象，甚至声称自己一直是这样做的：
自创立之初，斯坦福大学便一直是跨学科合作的先行者，在各个领域产生了创新性的基础和应用研究。这很自然地推动了多学科之间的合作。
为了让你对于过去20年间观念上的巨大转变有所感知，我想讲述圣塔菲研究所创立之初的一则逸事。
圣塔菲研究所的另外两名创始人是20世纪学术界的重量级人物，他们二人都是诺贝尔奖获得者：菲利普·安德森（Philip Anderson），来自普林斯顿大学的凝聚态物理学家，曾对超导性进行研究，发明了对称性破缺机制等，为希格斯粒子的提出奠定了基础；另一位是来自斯坦福大学的肯尼斯·阿罗（Kenneth Arrow），他在经济学基础方面所做出的多项贡献具有极大的影响力，包括社会选择和内生增长理论等，他也是诺贝尔经济学奖有史以来最年轻的得主，他的5位学生后来也都获得了诺贝尔经济学奖。安德森和阿罗与知名凝聚态物理学家、圣塔菲研究所的创始人之一——戴维·皮内斯（David Pines）一道发起了让圣塔菲研究所一举成名的首个重大项目。该项目旨在从复杂系统的视角去解决经济学的基础性问题，例如，非线性动力学、统计物理学和混沌理论是如何为经济学理论提供新的洞见的。他们在1989年创建早期的研究小组后，《科学》杂志发表了一篇名为《奇怪枕边人》的文章［2］，对这一研究小组进行介绍：
这两位诺贝尔奖获得者形成了奇特的组合……在过去两年中，安德森和阿罗一直合作进行一项冒险事业，这是科学史上最为奇特的组合之一，经济学和物理学之间的结合，或者至少是相关联……这一突破性的冒险事业因为圣塔菲研究所的创办而成型。
时光流逝得太快了！时至今日，物理学家和经济学家之间的合作已不再罕见，物理学家和数学家大量涌入华尔街，他们中的许多人由此变得极为富有。但仅仅在25年前，这仍然是人们前所未闻的，尤其是两位如此杰出的思想家之间的合作。人们至今难以相信，这被外界视作奇怪、奇异的合作，并被冠以“科学史上最为奇怪的组合之一”的名号。或许，人们的视野的确在不断扩大。
