目前，在美国对农业生物技术进行管制的系统，主要基于1986年白宫科学技术政策办公室出版的《生物技术管制共同框架》。这是依据里根政府专门小组的评论报告而设立的，专门小组需要处理，是否应对新出现的生物医药行业设定新的监管法规及管理机制。工作小组认为，转基因作物并不代表一种新型的巨大威胁，并且当前的管理框架已经足够应付它们。基于已经存在的法定权威，监管职责被三个不同的机构所分享。食品与药物管理局负责鉴定食品及其添加物的安全；环境保护署负责监测新生物给环境带来的影响；农业部动植物健康检疫服务处负责监管肉类及农产品的喂养及种植。 [3]
美国的管理环境是相对宽松的，它允许进行实地测验，并最终允许许多转基因作物的商业化，包括转基因玉米、抗草甘膦转基因大豆，及被称作莎弗西红柿的转基因西红柿。 [4] 总体来说，美国管理者没有采取与寻求允许新转基因作物的公司或个人相对立的态度。他们并不具有对生物技术产品的长期环境影响进行评估的较强的独立能力，反而依赖于申请者或外部专家提供的评估。 [5]
欧洲对生物技术的管理环境要相对更加严格。这部分是由于对转基因作物的政治反对势力，比起北美来，它们在欧洲更为强势；同时也由于在欧洲所有法律都更为冗赘，因为它需要同时应用于国内与欧洲两个层面。涉及生物技术的模式及级别，欧盟成员国的意见有相当程度的差异。丹麦与德国通过了相对严格的国内立法，对基因更改的安全与伦理层面进行管制；与此相反的是，英国却在教育与科技部下成立了基因操控咨询小组，采取相对宽松的处理方式。尽管法国有政府干预经济的趋向，但直到1989年，它主要依赖于法国科学共同体进行自我管理。 [6] 欧盟法律规定，各个成员国可以采取比共同体整体更为严格的国内法律，尽管允许严格到什么程度仍然是一个争议的话题。比如，奥地利与卢森堡禁止种植某些基因更改的农作物，但这在其他的欧盟国家却是合法的。 [7]
由于要求货物可以在内部市场自由流通，欧洲委员会成为设立法规的主体。1990年，它发布了两道指令，第一条是限定使用基因更改的微生物（指令9/219），第二条是审慎地将转基因作物暴露于环境中（指令90/220）。 [8] 这些指令为评估新的生物技术产品提供了奠基原则——“审慎原则”，意即在实践中先将产品假定为有害的，直至证明它对环境或公共健康没有危害。 [9] 1997年97/258管理规定对此做出补充，它要求对这些新式食品明确贴出标签。欧盟部长理事会采纳了对转基因作物的进一步指令，要求对生物技术产品实施更为严格的监控与标示措施，比起先前的法令更进一步收紧了限制。这些管制要求极大地减缓了流向欧洲的转基因食品，对上架出售的转基因作物也施加了严格的标示要求。
当然，欧洲对这些议题也不是万众一心的；除了国别之间的差异外，在强势的欧洲生物技术与医学行业，以及担忧环境与保护消费者权益的团体之间存在着实质性的观点差异。委员会本身就反映了这种分裂，工业事务与科技董事会要求更为宽松的法规，环境董事会则要求将环境忧虑置于经济利益之上。 [10]
在国际层面也有食品安全管制。1962年，联合国粮食与农业组织和世界卫生组织联合设立了食品标准委员会，它的使命就是统一现有的食品安全标准，并开发新的国际标准。是否采用标准是自愿的，但按照关税与贸易总协定（GATT）及其继任者世界贸易组织（WTO）的规定，它们被视为一国标准是否与GATT/WTO要求相符合的参考标准。世界贸易组织的《卫生与动植物检疫措施协定》对建立国别食品安全规则设定了一系列管理办法。 [11] 如果世界贸易组织的成员国对食品安全施加了比标准更为严格的要求，并且这些要求似乎不是基于科学判断做出的，其他成员国有理由怀疑，认为这是不公平的贸易限定措施。
在转基因作物出现前，食品标准委员会一直被视为发挥实际作用的国际技术治理的榜样。它帮助资金不足的发展中国家的管理体系提供一套现成的标准，推动食品货物在更大范围内进行国际贸易。然而，随着基因技术的出现，标准委员会的工作被相当程度地批评为更政治化了：评论指控标准设定受到了国际农业与生物技术界的巨大影响，它们的工作没有接受公众的仔细检查。 [12]
国际层面上，农业生物技术的环境维度曾在《卡塔赫纳生物安全议定书》（Cartagena Protocol on Biosafety）中被提及，这一协定并不是在卡塔赫纳（哥伦比亚），而是2000年1月在加拿大蒙特利尔的国际会议上所签署的。协议允许进口国对转基因作物的进口施加限制，即便对所质疑的产品是否有害仍缺乏科学的证据；协议要求希望进口转基因产品的公司需要通知进口国转基因产品的存在。欧洲人将《卡塔赫纳议定书》的采用视为审慎原则的胜利；当50个国家批准通过后它将正式启用。 [13] 尽管作为最大的转基因产品出口国，美国却不能签署此协定，因为它不是《生物多样性》母条约的签约国（所谓的《里约协定》），但它可能被迫需要遵守协定的条款。 [14]
农业生物技术的管理机制一直处于极大的争议之中，最大的争执在美国与欧盟间。 [15] 美国不接受将审慎原则作为风险评估的标准，而坚持认为，证明的重任应当加在声称它有环境危害的人身上，而不是认为它不存在危害的人身上。 [16] 美国也反对对转基因食品强制性添加标签，因为添加标签的要求会强制在转基因与非转基因食品加工链上设置价格昂贵的区分。 [17] 美国尤其担心，《卡纳赫纳议定书》会损害世界贸易组织的《卫生与动植物检疫措施协定》的条款，它为进口转基因产品施加了合法的限制，但这却是不科学的。
之所以会造成这种观点的差异，有一系列原因。美国是世界上最大的农产品出口国，较早地采用了基因更改农作物；如果进口国能对转基因作物施加限制或要求添加上昂贵的标签，美国会损失惨重。美国农民是以出口为导向的，并且倾向于自由贸易；欧洲农民却更倾向于贸易保护主义。尽管有些食品加工商已经开始自发地在转基因食品上添加标签，但不像欧洲那样，美国几乎很少有消费者对转基因食品提出抗议。与此相反，欧洲正经历相当强劲的环保运动，对生物技术异常反感。
