还原主义的唯物论科学没法解释的可供观察的现象，其中最为明显的，就是人类的意识问题。谈及意识，我指称的是主观的精神状态：并不仅仅是你在思考和阅读此页书籍时所浮现在脑海中的想法或意象，同时也指你每天在生活中可能经历的感知、感觉和情绪。
过去两代人对意识进行了大量的研究与理论化努力，数量可与神经科学、计算机与人工智能（AI）比肩。特别是在计算机与人工智能领域，许多狂热人士相信，只要能够有更强大的计算机及更新颖的计算方式，比如神经网络，我们就会处于突破的边缘，机械的计算机就能够拥有意识。已经有一些会议和认真的讨论涉及此议题：如果一旦实现这一突破，关闭这样的机器是道德的吗？我们是否也需要赋予已经有意识的计算机权利？
然而事实却是，我们离突破差得很远。意识仍然像过去一样是一个极其神秘的领域。目前这种思维状态的困境起源于传统哲学对意识的本体地位的困惑。主观的精神状态由物质性的生物进程所产生，与其他现象相比，它似乎非常独特且处于非物质秩序的状态。对二元论的恐惧——也就是笃信两种根本类型的存在：物质与精神——在这一领域的研究者中如此强劲，以至于它导致了非常鲜明、滑稽的结论。哲学家约翰·瑟尔（John Searle）这样予以解释：
从过去五十年的视角来观察，精神哲学、认知科学及心理学的特定分支展现了一幅非常令人好奇的景观。其中最明显的特征似乎是，过去五十年，主流的精神哲学谬误得有多离谱……在精神哲学研究中，精神的最显要事实——例如，我们都真实地有着主观的精神意识状态，这些意识状态不能因为任何事物予以消除——却被这一学科中许多、也许是大部分的前沿思考者例行公事地否认。 [39]
举个例子，对意识的理解存在着明显错误的学者，其中之一是这领域的顶尖专家——丹尼尔·丹尼特（Daniel Dennett），他的专著《意识的解释》（Consciousness Explained ）最终是这样对意识下定义的：“人类的意识本身 就是一个巨大的模因综合体（或更准确地说，是大脑中的模因效应综合体），我们最好将它理解成一台 ‘冯 ·诺伊曼式 ’虚拟机器的运作，这架机器被安置 在大脑的并行架构 中，而这个架构本不是为此类活动所设计的。” [40] 若一个单纯的读者认为，这种论调并没有推进我们对意识的理解，这也情有可原。事实上，丹尼特是在表述：“人类意识只是随一种特殊的计算机运作而来的副产品；假使我们认为意识并不仅仅如此，那么，我们对意识是什么的观点是过时且谬误重重的。”瑟尔这样评论这一观点，只有在否认你、我及每个人所理解的意识时（也就是，意识是一种主观感受），丹尼特的理论才成立。 [41]
类似地，许多人工智能领域的研究人员，通过事实上偷换主题的方式，避而不谈意识是什么这一问题。他们假定大脑只是一台高度复杂的有机计算机，它能通过外在特征进行辨认。知名的图灵实验曾断言，如果机器能够运行认知性任务，比如，用一种从外观上看与人脑进行类似活动无异的方式进行对话，那么这两者在内部也是没有差异的。为什么这一实验已经足够说明人类心智的情况，还是个谜；因为很明显，机器对自己正在做什么没有一点主观意识，对它的任务也没有感知。 [42] 但这没有能够阻止汉斯·莫拉韦茨（Hans Moravec） [43] 、雷伊·科兹韦尔（Ray Kurzweil） [44] 等作者的预测，他们认为，机器一旦达到必要的复杂程度，就会拥有人类的特性，比如意识。 [45] 如果他们的预测是对的，那么这将对我们“人的尊严”的观点产生重大影响，因为它能决定性地证实，人类不过是一种由硅和晶管体合成的复杂机器，像碳和神经元一样简单。
然而这一切发生的可能性十分遥远，并不是因为机器永远无法复制人类智力——我认为它们在这方面也许会非常接近——而是因为它们几乎不可能获得人类情感。安卓系统、机器人或计算机突然能够经历人类情感，比如，恐惧、希望，甚至性的欲望，这些都是科幻小说里的事情，从没有任何人设想过这一切如何发生，哪怕仅是有细微的靠近。就像人类的许多其他意识，这个问题并不单单是没有人知道情感本身是什么；而是没有人了解为何它会在人类的生物系统中存在。
诸如痛楚或愉悦这样的感觉，有其存在的功能性理由。如果我们得不到性满足，我们无法生育；如果我们感知不到火烧的痛苦，我们也许会立即化为灰烬。但是认知科学领域最新的见解认为，以主观形式存在的情绪，它的发生并不必然与其功能息息相关。例如，我们可以在机器人手指部位安装热感应器，当感应到火温时，执行器会自动将机器人的手弹开。尽管没有任何主观的痛苦感觉，但是机器人能够保全自己以免被烧坏；只要基于不同的电子脉冲的机械计算，机器人就可以决定对哪个物体执行任务，对哪些活动尽力避免。图灵实验也许会认为这已经是人类的行为，但事实上它却完全没有人类至关重要的品质——感情。在当前的进化生物学与认知科学领域，主观形式的情感只不过是其基础功能的副产品，在进化历史中，它们并不存在明显的、被进化选择的理由。 [46]
正如罗伯特·怀特所言，这导致了一个非常奇怪的结果，对我们而言，人类存在的最重要的意义，完全不是由于物质性设计。 [47] 而正是人类所独有的全部情感，让人产生了生存意义、目标、方向、渴望、需求、欲望、恐惧、厌恶等意识，因此，这些才是人类价值的来源。尽管许多人将人类理性、人类的道德选择列为人类所独有的特质，它们使人产生尊严；但我认为，人所拥有的全部情感，如果不是更甚，至少也与其同等重要。
政治理论家罗伯特·麦克谢伊（Robert McShea）让人演示下面的思想实验来显示人类情感的重要性，以丰富我们常识所理解的“人之为人”的含义。 [48] 假设你在一个沙漠孤岛遇见两个生物，它们都有人类的理性，因而能够进行对话。其中一个生物，外表是狮子形象但是拥有人类情感；另一生物，有着人类的外表但是表现出狮子的情感特征。你会对上述的哪种生物感觉更亲近？你更愿意和哪个生物做朋友、建立精神联系？答案是狮子，无数的小儿书所描绘的通情达理、会说人话的狮子；因为人类情感是我们物种的特有特征，比起理性与外表来，它们对我们而言更具有人情味（humanness）。《星际迷航》系列中的斯波克先生偶尔看起来比感性的斯考特先生可爱，那仅仅是因为，我们怀疑在他理性冷峻的外表下深深地隐藏着人类情感。理所当然地，他在剧中所遇上的一系列女角色都希望能够与他擦出不只是机器人反应的火花。
另一方面，我们认为斯波克先生没有任何情感，他只是一个精神病人和怪物。当他给予好处时，我们也许会接受，但不会有感激之情，因为我们了解，这不过是他理性计算之后的产物，并非出自好心。如果欺骗了他，我们并不会感到愧疚，因为清楚他本人不会有愤怒感，也不知道背叛为何物。如果情况紧急需要杀了他以保全自己，或者在敌对情况下需要牺牲他的性命，我们不会感到多么遗憾，仅仅像失去汽车、传送器等宝贵财产般。 [49] 即便我们需要与斯波克先生合作，我们也不会将其作为道德人对待，不会像对待人类般尊重他。那些人工智能实验室中，认为自己不过是复杂的电脑程序，并且希望将自己下载到电脑上的“极客”们（geeks）应当有忧患意识了，因为没有人会关心他们（作为电脑）是否会永久性关闭。
因此，意识的标题之下有大量的内容，它帮助我们界定人作为物种的特殊性，进而确立人的尊严，而这些现代自然科学尚无法全部解释清楚。辩称其他动物也有意识、也有文化、也有语言的理由是不充分的，因为它们的意识并不能与人类的理性、人类的语言、人类的道德选择及人类的情感相结合，并产生人类的政治行为、人类的艺术与人类的宗教。进化史上所有拥有人类特质的非人类先驱，以及所有使得人类特质出现的物质性起因及前提条件，它们相加也并不如人类作为整体般丰富。贾雷德·戴蒙德（Jared Diamond）在他的著作《第三种黑猩猩》（The Third Chimpanzee ）里注意到，黑猩猩与人类的基因组相似度高达98%，这意味着两个物种的差异是非常微小的。 [50] 但对一个意外发生的复杂系统而言，即便微小的差异也能带来巨大的质变。这有点像是说，冰与水并没有多大区别，因为它只是相差1度。
因此，我们不必完全同意教宗所说的上帝在人类进化过程中注入了人类灵魂的说法，也能够与他达成共识，在人类进化过程的某个节点，确实发生了一些非常重要的本质性跳跃，如果不是本体性跳跃的话。正是由于这一从部分到整体的跳跃，最终形成了人的尊严的基石，即便不以教宗的宗教性前提为起始点，我们也能相信这一概念。
那么，这个整体到底是如何形成的，它又是如何保存至今的，用瑟尔的话来说，“这仍然是个谜”。没有任何一个谈及这一议题的现代自然科学分支能够击中要害，尽管许多科学家深信他们已经解码了整个进程。普遍说来，现在许多人工智能研究人员认为，意识是某些复杂的计算机“业已出现的特质”。但这不过是基于与其他复杂系统类比时做出的未经证实的假说。还没有人能够真实地看见实验情境下诞生意识，或甚至提出意识是如何诞生的理论。如果“突现”的进程并没有在“人之为人”的过程中发挥重要作用，我们会感到非常惊讶；但这就是事实的全部吗？还是存在着一些我们至今尚无法得知的事情？
这并不是说科学解码之事永远不会发生。瑟尔本人相信：意识就像神经激发或神经递质的产物一样，是大脑本身的生物本能；生物学也许有一天能够解释有机器官是如何生成它的。他认为当前理解意识的问题并不要求采用本体二元论，或放弃唯物因果论的科学框架。意识如何诞生的问题并不需要求助于上帝的直接干预。
另一方面，它也没有完全排除这一可能。
