如果说在基因与智力关系中什么是最富争议性的话题，那一定非基因与犯罪的联系莫属。跟踪犯罪的生物学根源的研究已有很长的历史，并且其争议也与长期受错误的方法论工具和优生论影响的心理计量学不相上下。在这一领域广受批评的最著名的科学家是意大利物理学家切萨雷·隆布罗索（Cesare Lombroso），二十世纪初的时候，他研究了许多在世和去世的囚犯，并总结出了一套“罪犯生理特征”，比如，倾斜的前额、小头等等。受达尔文的影响，隆布罗索认为这些罪犯“类型”是人类进化史上的早期产物，是偶然幸存至当下的一类人。尽管隆布罗索对现代开明的犯罪观有助益，认为某些人由于生理的原因无法为它们的犯罪负责，但他的研究由于纰漏百出，和颅相学、燃素说一起被认定为伪科学。 [35]
现代犯罪理论的生理学解释与“基因与人类行为关系”理论即行为基因学同出一辙。任何一组分开抚养的单卵双胞胎的研究，或者一起抚养的非亲生子女的研究，都显示出了基因与犯罪行为的相关性。 [36] 其中一个大型的研究来自丹麦双胞胎登记中心的3 586对双胞胎的样本，研究结果显示，同卵双胞胎有50%的共有犯罪行为，而异卵（非同一个受精卵）双胞胎只有21%。 [37] 同样来自丹麦的一个大型的领养研究数据，研究关注分别在犯罪和非犯罪家庭抚养长大的同卵双胞胎和分别在犯罪和非犯罪家庭抚养长大的没有血缘关系的兄弟姐妹，结果显示，比起领养家庭父母的犯罪行为，血缘父母的犯罪行为是孩子犯罪行为的更强劲的指示器，这意味着在某种形式上犯罪行为的生理影响是存在的。
对犯罪生理学的学术批评有许多和对智力与基因关系的评论是一样的。 [38] 这些评论诸如，双胞胎的研究很难控制微妙的共享的环境因素，也很难控制可能会影响相关性的非基因性因素，或者检验的样本太小等等。特拉维斯·赫希（Travis Hirschi）与迈克尔·戈特弗里德松（Michael Gottfredson）认为，犯罪是一种社会建构的行为，怎么可能有基因的原因呢？ [39] 也就是说，有些行为在这个社会被认定为犯罪，在另一个社会就不一定是犯罪；那么人们怎么能够说在某个社会被认定为“约会强奸”而在另一个社会被称之为“消磨时光”的行为是由基因决定的呢？
尽管许多对于犯罪的基因解释不得人心，但是犯罪行为仍然是社会行为的一环，可以有充分的理由思考基因对它作用的方式。自然，犯罪是一种由社会定义的行为，但是很多特别严重的行径，比如谋杀和偷盗，在任何一个社会都不会被宽恕；某些行为特质，比如较弱的冲动控制能力让人很容易冲破规矩犯罪，这些似乎就有基因的作用。 [40] 某个罪犯因为一双跑鞋而向别人的头部开枪，这显然不是一种很理性的短期满足与长远代价的衡量；这很可能被归咎于早期童年社会化的失败，但是认为一些人本质上易于做出错误的决定，这么想也并非那么荒谬。
让我们把视角从个人拉到群体差异的层面，通过观察几乎所有已知的社会和历史上存在的社会，犯罪行为多由年轻的男子所为，他们多在15—25岁之间 [41] ，由此看来，似乎做出“基因与犯罪行为之间有强有力的表面证据关联”的定论也不过分。当然，年轻的少女或成熟的女性、老人也犯罪，但是年轻的男子特别倾向于通过暴力来寻求某种自我肯定，或者通过铤而走险的方式触犯社会规则。生物人类学家理查德·兰厄姆（Richard Wrangham）1996年出版了他的著作《雄性恶魔》（Demonic Males ），书中记录了雄性猩猩组织小分队，专门在领地边缘伏击其他雄性猩猩领导的群体的事实。 [42] 人类也是500万年前从与猩猩类似的祖先进化而来，似乎这种雄性的对暴力和进攻的偏好仍然有相当的延续性，在这个例子中基因决定论的理由很充足。 [43]
有一些研究专门关注基因与进攻之间的直接分子联系。二十世纪八十年代对一组有暴力精神史的荷兰家庭的研究显示了基因是始作俑者，基因控制了一种叫做单氨氧化酶的释放，或简称为MAOs。 [44] 随后一项法国的研究也显示，缺乏MAO的老鼠也显示了同样的极度暴力倾向。 [45]
当然一个人可以学会控制自己的冲动 [46] ，特别是他们正在成长时的阶段被教以正确的习惯。 [47] 社会反过来可以通过许多举措促进人的自我控制，如果自控失败，至少也可以阻止或对犯罪行为进行惩处。这些社会因素是造成不同社会截然不同的犯罪率（某一个时间段纽约市一年的蓄意杀人罪比日本一个国家总和还多）和同一个社会不同阶段犯罪率起伏不定的原因。 [48] 但是社会控制也受制于生理的冲动。进化心理学家马丁·戴利（Martin Daly）和马戈·威尔逊（Margo Wilson）的研究表明，谋杀率根据进化心理学的指标不同而有差异——比如，发生在家庭里的谋杀罪，非血缘关系（譬如夫妻之间或继父子之间）的谋杀要比血亲关系的谋杀多。 [49]
不论基因或社会环境对犯罪有什么样的影响，在当下美国的公开场合来谈论这个议题在政治上是行不通的。原因在于，黑人在美国犯罪率中占比如此之高，任何犯罪有基因原因的结论都会在某种程度上暗示黑人更倾向于犯罪。也因为“科学种族主义”的沉痛经历，很少有严肃的学者在这个议题上做出过类似的结论，人们依然会保留着深深的质疑，任何对这一问题感兴趣的人都有种族主义的倾向。
二十世纪九十年代著名精神病学家，联邦药物滥用及精神健康服务管理局负责人弗里德里克·戈尔德温（Frederick K. Goldwin）更进一步推动了这一场质疑。戈尔德温被汤姆·伍尔夫（Tom Wolfe）戏称为“公关界合格的乡巴佬”，他在描绘美国国家心理卫生研究所的“暴力研究项目”时说道，犯罪丛生的美国都市就是“丛林”。 [50] 戈尔德温通过引证大量令人敬佩的研究表明，男性的暴力有强烈的内在原因。尽管如此，戈尔德温笨拙的表达方式却立刻让他受到了谴责，参议员爱德华·肯尼迪（Edward Kennedy）和众议员约翰·丁格尔（John Dingell）斥责他是种族主义分子，并认为他推动的“暴力研究项目”不过是改头换面的“淘汰不良分子”的优生学。
这正好为公众抗议提供了舞台，他们组织起来，抗议由国立卫生研究院人类基因研究中心赞助，马里兰大学研究员大卫·瓦塞尔曼（David Wasserman）组织的“基因与犯罪行为研究的意义与重要性”大会。 [51] 原本已经安排好的大会被抗议打乱，不得不重新安排，终于在1993年于切萨皮克湾（Chesapeake Bay）这个隐蔽的地点召开。受到会前的反对舆论的压力，瓦塞尔曼专门邀请了“基因与犯罪”研究的批判者，并专门组建了一个小组探讨“优生学”运动发展的历史。 [52] 但这并没有阻止一部分参会者发表公开声明，警示科学研究者、历史学者或社会科学研究者不要陷入严谨的学术研究为种族主义的伪科学所利用的境地。会议时不时地被聚集在门外的抗议者打断，抗议者在门外高呼：“嘿，马里兰会议，你哪里隐藏得了你推动种族屠杀的阴暗目的！” [53] 可以想见，将来由国立卫生研究院或国家心理卫生研究所赞助类似活动的可能性会非常低了。
