马穆鲁克制度的设计中至少有两个问题，随着时间的推移，使它本身变得日益软弱。第一，马穆鲁克军中没有制度化的统治机制。苏丹以下有等级分明的指挥链，但苏丹本身却没有明确的选任规则。有两条相互竞争的原则，第一条是王朝原则，当政的苏丹选择一个儿子来继位；第二条是非世袭原则，各派马穆鲁克一边争权夺利，一边试图达成人选的共识。 [12] 第二条比较占上风时，各资深埃米尔（emir，王公）所选出的苏丹，经常只是门面装饰。
马穆鲁克国家结构的第二个缺陷是缺乏最高的政治权威。马穆鲁克创建时，仅是阿尤布王朝的军事工具。到最后一任阿尤布苏丹去世，马穆鲁克却接管了国家，造成了逆向的代理。大多数政治等级制度中，主人拥有权力，委任代理人去执行自己的政策。很多政体发生功能的紊乱，因为代理人自有打算，与主人的目标大相径庭。制度的设计就是要鼓励代理人遵循主人的命令。 [13]
相比之下，在马穆鲁克的案例中，代理人自己又变成了主人。他们既是服务苏丹的军事等级机构，同时自己又在争夺苏丹职位。这意味着，他们既要做军官工作，又要图谋攫取权力并削弱对手。这自然给纪律和等级制度造成极坏的影响，就像现代发展中国家的军政府。这个问题在1399年变得异常尖锐，其时，蒙古的帖木儿国侵犯叙利亚，洗劫阿勒颇（Aleppo），而马穆鲁克忙于内斗，无暇组织防御，竟撤回开罗。此外，他们也让地方部落夺走对上埃及的控制。最终幸免于难，只是因为帖木儿国需要应对另一新兴力量的威胁，即奥斯曼帝国。 [14] 如果马穆鲁克服从于文官政府，像奥斯曼帝国那样，文官政府就可采取措施予以解决。 [15]
反世袭原则逐渐衰退，最终导致埃及马穆鲁克国家的崩溃。随着时间的推移，世袭不但用于苏丹，甚至蔓延至马穆鲁克，他们也试图建立自己的朝代。像中国的非人格化科举制度，贵不过一代的原则违背人们的生物性追求，马穆鲁克都试图保障家人和后裔的社会地位。富有的马穆鲁克发现，他们可以捐赠给伊斯兰宗教慈善事业瓦克夫（waqf）、伊斯兰学校（madrassa）、医院和其他信托机构，让自己的后裔担任主管，从而战胜贵不过一代的原则。 [16] 此外，有些马穆鲁克没有直系亲戚，却把种族关系当作团结基础。苏丹盖拉温（Qalawun）废弃钦察人，开始招募切尔克斯人（Circassian）和阿布哈兹人（Abkhaz）的奴隶，以组建新的布尔吉团（Burji）。最终，切尔克斯派从钦察派的手中夺走苏丹国。 [17]
到14世纪中期，马穆鲁克制度的严重退化已经相当明显。事实上，其时的情形是一片和平繁荣，对马穆鲁克的纪律却有灾难性的影响。圣地巴勒斯坦的基督徒多已消失，马穆鲁克在1323年与蒙古人签订和平条约。自己不是马穆鲁克的苏丹纳绥尔·穆罕默德（al-Nasir Muhammad），开始委派非马穆鲁克的效忠者担任高级军职，并清洗他心疑的能干军官。 [18]
政府随着苏丹巴库克（Barquq）在1390年的上台而获得短暂活力。他的掌权全靠布尔吉，即切尔克斯人的马穆鲁克，他还恢复了招募外国奴隶的旧制度。后续的苏丹使用国家垄断所积累的资源，大大扩充了对年轻马穆鲁克的招募，从而造成代沟问题。老牌马穆鲁克开始演变成军事贵族，像现代美国大学的终身制教授，在等级制度中盘根错节，固守现状，以应对年轻一代的挑战。资深首领的平均年龄开始上升，人员流通显著减缓，古老贵族分为氏族。马穆鲁克开始提拔自己的家人，以财富的炫耀来确立自己的地位，女眷也在争取子孙利益上扮演更大角色。马穆鲁克制度，最初创建时是为了在军事招募中克服部落制，自己现在反而变成部落。 [19] 新的部落不一定基于亲戚关系，但反映出人们内心深处的冲动：应付非人格化社会制度，以促进和保障后裔、朋友、依附者的利益。
久而久之，马穆鲁克制度从中央国家退化成军阀的寻租联合体。年轻的马穆鲁克不再忠于苏丹，如一名历史学家所说的，反而变成一个利益团体，它在战场上的可靠性是可疑的，它的造反倾向却是自然的。苏丹国的最后几十年，开罗的逐日编年史就是一个不断要求苏丹付款以换取国内稍稍稳定的故事。招募来的马穆鲁克以掠夺……欢迎甘素卧·胡里（al-Ghawri，一位晚期苏丹）的登基。受训新兵烧了五名高级长官的豪宅，以表达对自己低报酬的不满，作为对照，大首领通常聚敛巨额的财富。 [20]
将马穆鲁克与早期苏丹绑在一起的道德关系，已被经济考虑所替代。高级马穆鲁克向低级军人购买忠诚，后者再向国家或平民百姓榨取租金，以期获得赞助人的奖励。苏丹只是伙伴中的老大，有些遭到了马穆鲁克派系的行刺或撤职，所有晚期的苏丹都不免会提心吊胆。
除了政治上的不稳定，政府在15世纪晚期又遭遇财政危机。葡萄牙海军在印度洋取得首要地位，切断了香料贸易，苏丹的收入在14世纪末开始下跌，只好依靠税率的增加。这迫使经济主体——农民、商人、手艺人——想方设法隐瞒资产来逃税，征税官员愿意低报税率来换取自己荷包的回扣。结果，虽然税率增高，实际税收反而下降。政府只好诉诸没收所能找到的资产，包括马穆鲁克用来为后裔隐藏财富的伊斯兰慈善事业瓦克夫。 [21]
