组织模糊的第一个原因，是组织目标往往不清楚、互相矛盾，或者描述不清。委托—代理框架的假设是，委托人是完全理解自身利益的理性行动者，并将权力下放给代理人以获取这些利益。权威朝着一个方向流动，即从等级结构的顶部向下流动。渎职、腐败或者简单的官僚惰性问题发生，原因是代理人的自利行为，他们面对和委托人不同的激励结构，要不就是误解或不服从委托人的权威。
但是，长期以来组织理论一个重要的分支一直强调组织参与者的有限理性，包括本应利用职权设定组织目标的委托人。最有名的例子是赫伯特·西蒙（Herbert Simon）所谓“最低满意”（satisfying）的概念，这一概念在他《行政行为》（Administrative Behavior , 1957）一书中得到充分阐释，西蒙用它来解释为什么在通过实证观察，组织中的个体行为会偏离理性优化的经济模式。这个思路的其他作品包括西尔特与马奇（Cyert and March 1963）、奥尔森与马奇（Olsen and March 1976）、马奇与科恩（March and Cohen 1974），以及科恩、马奇等人（Cohen, March, et al. 1972）的著作。这些理论家认为，在任何指定时间，目标都不会明确存在，它的出现是不同的组织参与者互动的结果。这些参与者的理性都有局限，但并非威廉姆森所谓的“无法准确地预测未来”，而是因为对事件的观察和解释本身就是一个社会过程，它会影响、扭曲并且改变认知过程。个人懂得学习，但组织的学习方式并不等于个人学习方式的总和：组织自身的神话、历史和传统都会塑造个体感知。这种将知识视作社会一部分的观点在许多方面开启了网络对组织学习影响的新研究（Brown and Duguid 2000）。
委托—代理框架的主要缺点是，它假设权威是朝着一个方向流动：向下。委托人和代理之间发生的许多冲突是因为，他们对于如何更好地实现共同的目标有不同见解，对此委托人的看法不见得一定是正确的，又或者他们对于委托人的最佳利益到底是什么有不同的理解。西蒙、史密斯伯格等人（Simon, Smithberg et al. 1961）在很久以前就指出，权力的流向不只是自上而下，也可以是自下而上和横向流动——也就是说，一个组织的不同部分中有着不同形式的专业能力或知识，比如会计、工程、市场营销或人力资源管理。专业化和劳动分工要求组织成员不仅要服从在等级结构中高于自己的权威，也要服从掌握这些专业知识的成员。事实上，许多组织有正式规则要求成员尊重某些专家：CEO不能简单地否决会计部门的权力，要求某项费用按照某种方式来列支。组织内部权力的复杂结构足以说明为什么组织往往非常保守，难以变革，且“官僚气”十足。
组织中存在的冲突和功能障碍很多与权威分歧有关，或者更通俗的叫法是“争地盘”（turf）。管理层希望通过聘请有创新能力的非工会成员教师来提高考试成绩；教师工会的反应是，新人不具备职业资格证书，而且本校教师作为一个法人团体应该有权决定谁可以被录用。家长和儿童是学校教育绩效的消费者，因此是委托人，而管理员和教师都是他们的代理人。那么在这一情况下，哪些代理人的利益和与委托人的利益发生了错位？也许是教师，他们想要保护他们的工作和特权，但有可能是管理层，他想要聘任资历不合格的自家兄弟。在这种情况下，教师作为职业群体的权威保护了委托人的利益。毕竟，招聘过程中的教师权威源于对管理人员自由裁量行为的正式控制权，而不仅仅是对教师政治权力的妥协。所有代理人都声称为委托人的利益代言，我们不可能预先知道谁是正确的，也不可能指定一个正式的权力结构来保障理想的结果。
在任何复杂的组织内部，或者说在普遍的现代社会中，权威必然是按照功能来分配的，这就解释了人们所贬称的“烟囱型组织”（stovepipes）缘何出现。烟囱型组织存在的原因是它们代表了真正意义上的知识和专业能力。例如，在海军内部，飞行员从事的活动跟潜艇兵和水面作战专家大为不同。但每个烟囱型组织都衍生出自身的生存利益，这可能与其所在的整体的利益相左。在推出1948年《国家安全法》（National Security Act）时，海军和陆军均抵制建立一个独立的空军（Quester 1973），今天的空军飞行员抵制远程遥控战斗机部队的扩张。随着时间的推移，代理的利益会因技术革新和外部情况变化而出现偏移。分歧往往反映出对于委托人最佳利益的认知上的不确定。如今，经过专业训练的战斗机飞行员认为，过分强调远程遥控战斗机将导致飞行员技能的退化，而飞行技术将是未来战争的关键。他们这般论证当然是为了维护自己的利益，但就我们今天掌握的信息而言，他们对未来战争性质的判断很有可能是对的。
组织模糊性还有其他原因，这些原因导致没有一个特定的正式组织标准能够全面优化组织的目标。劳动分工和任务分配会影响组织的整体目标。西蒙、史密斯伯格等人（1961，151）指出，劳动可以按用途、过程、客户群和地理区域进行功能性划分。根据功能的主次关系，组织会强调不同的目标（例如是否首先按地域其次按过程来进行分工，或者反之）。有些组织试图通过矩阵管理或专案项目组织等方法来避开这些问题，但这些都无法解决“嵌入式优先”（embedded priorities）这一根本问题。虽然一些劳工派遣问题可以进行数学优化，但其他则不能，这是因为它们涉及不同目标的权衡，这些目标的相对效用无法确定，或者受到政治因素左右。
