当穆勒在《政治经济学原理》一书中探讨经济方法时，他终于在理性主义和浪漫主义的心灵斗争旋涡中开辟出了一条道路。他父亲老穆勒追随霍布斯的观念，认为对社会科学应像几何证明一样精确。他的做法是从一般性前提出发，推导出具体的结论和政策，即所谓演绎法。其一般性前提通常以人性的“法则”为中心，如自私自利。这些推导过程可能无懈可击，就像我们不能否认三角形有三个角和三条边一样。穆勒从他父亲那里学到的经济学，就如同三段论法一样，充斥着理性主义。
John Stuart Mill，On Logic （1840），p.617.
而在他经历思想危机，先破后立的那段日子里，穆勒学会了一种不那么精确的方法——归纳法。在许多情况下，社会科学家只能暗中窥探他们的研究对象，并假设某种模式或趋势，而不是声称发现了不容置辩的法则。归纳法有两个“小目标”：发现行为模式，并根据这些经验模式作出预测。归纳法不那么精确，但这并不意味着它就一定不如演绎法。有些学科并不适合使用演绎法。社会科学不可能是演绎和精确的，因为人们的行为并不始终刻板一致。而演绎法可能更适用于预测“尸体的行为”。在对他已故的父亲的隐晦讽刺中，穆勒告诫道，一个“明智的实践者”不会“从假定的普遍实践准则演绎出适用于特定情况的行为准则，却忽略了对推测性科学原则加以不断回溯的必要性。” 
在接受归纳法作为一种适当的科学工具时，穆勒也并没有抛弃演绎法。穆勒以一种所罗门王式的智慧，让每个方法都各安其位，各司其职，彼此制衡。如果一些经济学家从有缺陷的先验原则中进行演绎，那么经验主义者就可以把观察到的反例甩到他们脸上。例如，马尔萨斯的人口原理最初是作为演绎事实提出的。而如今，我们通过观察超市库存充足的货架就可以证伪马尔萨斯原理。另外，演绎理论家可以检验经验主义者的成果是否具有逻辑一致性。这里有一个例子，一个无脑的经验主义者可能会声称，因为在纽约，鹳的迁徙与人类出生率高度相关，所以控制人口数量的一个好政策就是捕杀鹳。而理性主义者通过逻辑演绎便可以证明这种存在缺陷的观察结果毫无意义（当然，如果真有一个铁石心肠的经验主义者一旦真的开始动手射杀鹳和给出生婴儿计数，他就会发现这些事件本身的独立性。）。
John Stuart Mill，Principles of Political Economy，ed. W. J. Ashley （New York：A. M. Kelly，1965 [1848]），pp. 199-200.
穆勒并不总是将这两种方法混用。事实上，《政治经济学原理》一书提出了一种将生产和分配分别看待的方法。控制生产的是不变的普遍规律：“它们是不以人的意志为转移的。”因此，其适用演绎法。但是“财富分配却不是如此。这是一件仅关乎人类制度之事。一旦物品生产出来，人类就可以个别地或集体地对其随意处置”。
李嘉图的生产和分配分析都是基于其划分的地主、工人和资本家所扮演的角色，而穆勒拒绝在分配过程中进行这种不变的划分。没错，在李嘉图的分析框架中，地主会收取地租。但穆勒坚持认为，社会可以决定让他收不成。
出于两个原因，穆勒的这套两分体系似乎是错误的。第一，生产规律可能并不是固定不变的。例如，技术进步无法预测或断言。穆勒确实暗示了这种反证的存在。第二，分配和生产并不能彻底分离。
苏联芭蕾舞蹈家，在1974年趁着出国表演机会，逃往加拿大，寻求政府庇护。——译者注
即使不是狂热的支持减税派，也会怀疑征收税率的变化可能会改变个人的行为。比如鲍里斯·贝克尔（Boris Becker）是一名富有的德国网球运动员。德国对富人课以重税。以贝克尔的百万身家，又给波恩政府交了多少税呢？分文不交。因为他搬去了摩纳哥。由于政府的分配措施，他转移了自己的生产行为（不过后来陷入了法律纠纷）。2013年，法国荣誉军团骑士、演员热拉尔·德帕迪约（Gérard Depardieu）为了规避法国政府计划实施的75%的高所得税，将他的法国庄园换成了比利时的，甚至还从弗拉基米尔·普京（Vladimir Putin）那里搞了一本俄罗斯护照。当然，税收不能解释一切。只有傻瓜才会从贝克尔的故事中得出这样的结论：米哈伊尔·巴利什尼科夫（Mikhail Baryshnikov） 是因为税率问题而离开苏联的。2006年，爱尔兰摇滚明星波诺（Bono）和他的U2乐队成员悄悄将他们的办公室从都柏林搬到了荷兰，以规避爱尔兰更高的税收。波诺的一些粉丝感到失望，因为就在都柏林的演唱会上，波诺还指责爱尔兰总理没有将更多的税收用于第三世界国家的贫困救济。看来，虽然U2的音乐可能是原创的，但显然他们的税收策略不是。几十年来，米克·贾格尔（Mick Jagger）和他的滚石乐队（Rolling Stones）一直在荷兰和各个加勒比岛国间辗转以避税。
在《政治经济学原理》的后续章节和版本中，穆勒这种对生产和分配之间进行明确的方法论区分的主张有所缓和。
George J. Stigler，“The Nature and Role of Originality in Scientific Progress，” Economica 22 （November 1955），pp. 293-302.
要总结《政治经济学原理》中提出的所有重要模型，可能需要比原著更多的篇幅，因为穆勒在书中不仅试图对经济学说进行全面回顾，还添加了许多改进。他的许多叙述令人服膺，比如对公司管理的描写；指出供求关系是一个等式而非比率；对萨伊定律的解释；以及论证需求是李嘉图比较优势理论的主要因素等。正如诺贝尔奖得主乔治·斯蒂格勒所观察到的，穆勒所取得的成就若放在一起有一点不同寻常，那就是它们之间并没有什么紧密联系。 穆勒并没有为经济学建立一个新的地基，而是在这一地基的不同层面上替换了许多原先有点脆弱的基石。
因为阿尔弗雷德·马歇尔日后对穆勒的著作也进行了类似的修补，所以我们在本章中不如将重点放在穆勒及其社会政策经济学上。如果不算马克思，穆勒可能是最后一位“政治经济学家”，他不仅以经济学造诣而闻名，也以论述政治的小册子《论自由》（On Liberty）和《功利主义》（Utilitarianism）而为人所知。到19世纪末，经济学作为一门科学已变得如此专业化，以至于鲜有人能够做到经济学与哲学双修。而到了20世纪中期，能在一门经济学中涉猎多个论题者也变得凤毛麟角。诺贝尔奖得主罗伯特·索洛（Robert Solow）曾说，我们面临一个选择，要么对越来越少的论题说得越来越多，要么对越来越多的论题说得越来越少。
在穆勒早期的《论逻辑》（On Logic）一书中，他提出了“实证著作”和“规范著作”之间的关键区别。实证经济学描述并预测世界上实际发生了什么。而规范经济学则主张，基于个人的道德哲学应该发生什么。作为改革者的穆勒发挥的是规范性的作用。在《政治经济学原理》的五卷书中，前三本倾向于描述性，而后两本则展现了穆勒的规范性角色，他热切地致力于通过在更大程度上实现财富平等、女性权利和普及教育来增进人类福祉。
任何人都可以拿着标语牌，喊着要求平等、幸福，或是“奥克兰也要有NFL球队”之类的口号。但标语横幅并不会凭空带来结果，就像西伯利亚的城镇就算给自己取名“天堂”也不会迎来好天气一样。穆勒的不凡之处在于，他将自己提出的规范性目标与现实分析联系在一起。
