正当穆勒在被称为理性主义的知识洪流中苦苦挣扎时，拯救他的却是一股被称为浪漫主义的逆流。在《悲剧的诞生》（Birth of Tragedy）一书中，尼采描绘了人类心灵中两股相互冲突的强大力量：日神和酒神。日神代表的是理性、秩序的精神，如同莫扎特构思严谨的交响乐。而酒神则代表反复无常，感情用事，就好比普契尼的奔放歌剧。当18世纪的理性主义将穆勒推向绝望边缘时，他转而向华兹华斯甚至柯勒律治的诗歌寻求慰藉。华兹华斯对自然界葱茏美景的描绘最终激发了穆勒内心的喜悦之情，为他插上了想象之翼。这个世界终究还是向他展现了感性的一面。通过拥抱美，穆勒得以奋力突破自己的狭隘思维和他父亲的精神专制。
Lionel Robbins，The Evolution of Modern Economic Theory （ London：Macmillan，1970），p.109.
就像柯勒律治笔下的古代水手一样，穆勒开启了一段智慧的冒险之旅，他拜访了卡莱尔和法国哲学家奥古斯特·孔德（Auguste Comte），他们对经验的强调对穆勒影响颇深。有时，这个水手在对自己的精神导师弃旧恋新方面，做得实在有点过火。在与穆勒交好之后，生性傲慢的孔德要求穆勒给予他财务支持。穆勒默然接受了这一要求，甚至让他的朋友们也资助孔德。大约一年后，这种单方面的“慈善”停止了。但孔德却没有对他的恩人感恩戴德，而是给穆勒寄了一封言辞激烈的信，告诫他有责任支持这名一贫如洗的学者。尽管穆勒有时被称为“理性主义之圣”，但他生命中的这段插曲大概会令其被冠以“糊涂蛋之圣”之名。 
John Stuart Mill，“Bentham，” in Essays on Politics and Culture，ed. G. Himmelfarb（Garden City，NY：Doubleday，1962 [1838]），pp. 85-131；“Coleridge，” in Essays （1840），pp. 132-186.
当父亲老穆勒于1836年去世后，穆勒开始发表文章，表明他与哲学激进阵营早已割席断义。他在1838年发表的文章《边沁》（Bentham）猛烈抨击了边沁主义，认为它令人陷入精神枯竭，指出精神上的完美应该是一个人凭借自身力量致力追寻的目标，是超越苦乐的。穆勒还屈尊俯就地补充道，边沁还是更擅长立法问题，而不是个人道德问题。两年后，穆勒又对柯勒律治进行了堪称无节制的赞美。
Mill，“Bentham，” pp. xix-xx.
父亲的离世对穆勒来说可能既是一种解脱，也是一种困扰。据史学家格特鲁德·希梅尔法布（Gertrude Himmelfarb）所说，父亲死后，穆勒患上了“脑热病”，导致一只眼睛抽搐不止。如果我们对这个儿子再来一次精神分析，那么这种抽搐是否可能归因于另一种压抑——对原先的精神主宰者离去后所导致的宽慰感的压抑呢？
Richard Garnett，The Life of W. J. Fox （London：John Lane，1910），p.98.
这场冒险之旅不仅在智力上展开，也为他赋予了审美情趣。穆勒有生以来第一次堕入爱河——可以说从头到脚都栽了进去。不幸的是，他所恋慕的哈丽特·泰勒（Harriet Taylor）是个已经结婚生子的有夫之妇。但这并没有让穆勒却步，毕竟他仍然是一个追求快乐的边沁主义者。他们的“婚外情”采取了一种无性的“三角家庭”形式，两人会在伦敦动物园的犀牛展览附近秘密约会。哈丽特和她的丈夫约翰·泰勒（John Taylor）同住，但是当后者外出时，穆勒便会登门造访，哈丽特和他共度了许多夏日周末。这种奇怪的关系从1830年一直持续到1851年穆勒和哈丽特结婚才告一段落。约翰·泰勒已于他们结婚两年前去世，但穆勒认为订婚的时间长一点可以帮助他们洗脱婚外私通之嫌。穆勒几乎将他所有的著名作品都归功于哈丽特的智慧。她就是他的女神。如果说穆勒本人像一个斜眼的药剂师，那么哈丽特年轻时则有着一双迪士尼公主般的大眼睛。一位与她共进晚餐的朋友曾形容她的身体姿态有着“波浪起伏般优雅”，在她“可以媲美天鹅的美颈和宛如珍珠的肤色”映衬下的，是一副可爱迷人的容貌。她低沉而甜美的嗓音，让人不禁“沉醉其中”。
穆勒从他那位冷酷无情的母亲身上求之而不得的所有温情和热忱，如今都在一位爱他的妻子身上得到了：
Mill，Autobiography，pp. 186-187.
不论在最高的思辨领域，还是在日常生活琐事上，她的智力都是洞察事物、把握根本观念或原则的完美工具。她动作准确敏捷，这一点同样表现在她的感觉和思维能力上，加上感情和想象力的天赋，使她适于成为一位尽善尽美的艺术家，而她热烈而温柔的心灵和雄健的辩才，肯定可以使她成为伟大的演说家；她对人性的深刻理解和对世事的洞察识别能力，如果在妇女参政时代，将能使她跻身人类的杰出统治者之中。她的智力天赋辅助着我毕生仅见的最高尚、最平衡的德性。
穆勒的许多朋友都认为他是鬼迷心窍了。历史学家在评价哈丽特对穆勒思想的贡献方面也仍存争议。但有一件事是确凿无疑的：如此一位佳人能够倾情于他，这让穆勒感到受宠若惊，而她最终对他产生了不可估量的影响。
有佳人在侧，浪漫在心，我们可能以为穆勒终于要和以往那种与诘屈的古希腊文著作终日相对的生活挥手作别了。但是，当我们的浪漫主义英雄经历了一场现实与心灵双重意义的冒险之旅后，他最后还是踏上了归家之路。不同的是，他现在是一个真正的男人，而不再是活在父亲阴影之中的男孩了。而他的“家”依然是边沁的功利主义。但穆勒将对这种思想加以改良，令其更趋完善。在此之后，他的著作和政治生涯反映出的是一种开明的功利主义。穆勒坚持认为，最大的幸福不只是单纯的快乐。欣赏贝多芬交响乐或米开朗琪罗杰作所带来的幸福感，也不仅是感官的欢愉而已。那些杰出的创作和伟大的功业，通过精神境界的升华而带来快乐。边沁曾说过，如果所给予的快乐是同等的，那么扑克牌和诗歌并无区别。穆勒绝不同意这种观点。他以另一个比喻进行了反驳，说他宁愿做一个不满的苏格拉底，也不愿做一只饱食终日的猪。通过唤起柏拉图式的荣誉、尊严和自我发展等美德，穆勒提升了功利主义的境界。为此，穆勒成为公共教育的热心倡导者。对他来说，治国之道必须自塑造灵魂之道而始。
1848年，穆勒出版了他的主要经济学著作《政治经济学原理》（Principles of Political Economy）。之后几十年间，这本书一直在图书市场霸榜，这情形就像穆勒自己在书中探讨的垄断现象一样。牛津大学一直以穆勒的《政治经济学原理》为教材，直到1919年才更换。而原因可能是其后续教材出自马歇尔之手，而马歇尔来自牛津大学的对手剑桥大学。事实上，所有伟大经济学家的著作都是长存不朽之作。从1776年到1976年，只有5本书几乎在经济学界流传至今不曾断绝：斯密的《国富论》，李嘉图的《政治经济学及赋税原理》，穆勒的《政治经济学原理》，马歇尔的《经济学原理》以及萨缪尔森的《经济学》。它们的书名看似千篇一律，但内容却能历久弥新。
