三、医学的科学化
不仅中医的科学性不够，西医的科学性也是不足的。一切科学的基础都是数学和测量，西医在病理和生理测量等方面有相对完善的基础，但在数学化和理论上存在不足，从而更大程度上展现的是一种经验性知识的总结。它体现在如下方面：
以统计学相关性分析为基础的理论研究，一般都难以揭示因果关系。这是一切以统计学为基础的学科共性的问题，医学也不例外，这使其较容易存在病理原因认知上的偏差。认为基因变异是导致传染特性变化的观念就是由此产生的。
医学本身更多的测量对象是有“临床表现”的样本，这会带来统计学和测量理论上的“幸存者偏差”。尽管早就发现有难以在临床上体现的隐性感染等现象存在，但因为测量样本更多来自于“临床”，无临床表现的对象很可能根本不会去医院、较难获得测量数据，因此容易导致测量数据不完备。尤其在传染病初期，只根据极少有临床表现的病人测量数据，难免产生判断上的偏差。因此，我们强调在新型传染病发生的初期，应当尽可能对与潜在病源有接触的无临床表现人员中进行抗体筛查，以及环境筛查，来作为真实传播状态的指标。
有临床表现的病人一般只能是自然产生的，以此为样本按实验方法进行分组对比统计时，很难控制所有变量，这会使相关分析结果受到很大干扰。例如，要想研究病原体初始入侵量与潜伏期以及病症严重性、预后等因素之间的关系，相对简单可行的办法是取一个潜伏期的中位数，以此为分界点将样本分成前后两组，以此进行对照分析和各要素的相关性分析。对照实验的确是很基本和常用的实验方法，因此很多研究文献都是按这种方法进行。但是，潜伏期的长短不仅取决于病毒在人体内增殖速度，而且取决于病原体入侵量和人体内免疫体生长速度（“免疫体增长率”）的不同。即使假设相同的病原体在不同人体内增殖速度（“病原体增殖率”）是一样的，因不同身体素质的人免疫体增长率有差异，也会影响病原体数量在人体内增长的速度。另外，不同人因身体素质的差异，会在病原体数量不同时（如血液中的病原体浓度不同）开始临床表现（达到“致病体内量阈值”）。这些参数的不同都会导致潜伏期长短出现变化。如果不能有效地区分出样本中不同病人免疫体增长率、致病入侵量阈值、致病体内量阈值，这些因素就会对样本统计数据的相关计算结果产生干扰。
传染病本质上应当遵循网络传播规律。但因为医学专家或传染病专家缺乏网络传播的知识结构，难以系统地从这样的角度来进行研究。也有些非医学的学者采用所谓“网络动力学”的方法来研究谣言、计算机病毒和传染病毒的传播规律。这个方向是有道理的，只是一方面这种研究较多体现为统计学的规律，另一方面仅仅体现为网络动力学的数学模型是远远不够的，必须要将传染病的基本原理充分融合进去才算完备。
科赫法则（Koch s postulates）被认为是判定病原体的基本原则。事实上，这个法则就是经典的穆勒归纳法在确定病原体领域的具体应用而已。科赫法则与穆勒五法的对应关系如下：
但是，要准确应用科赫法则，不仅需要两次对潜在病原体进行纯培养，而且需要足够的病例样本才够准确，这个因果关系的确认路径较长，而且精确度从现在需求来看已经不足。现代建立在分子生物学基础上的基因测序等基因测量方法精确度极高，人们也越来越重视来自这个领域的测量结果。但关键问题在于：传染病的很多规律并不能直接从基因序列测序结果中推导出来，甚至主要的规律变化并不取决于病原体的基因。
综上所述，因为缺少传染病因果关系的系统研究，就无法以公理化的方法来建立病理变化的精确数学关系，从而给传染病发生初期临床样本极少情况下的准确判断带来极大困难。
中医科学性的缺乏表现在其理论概念几乎都不可测量。例如“阴阳理论”，阴多少、阳多少，该如何测量，完全没有依据。“五行相生相克”的“相生率”，“相克率”该如何评估，没有任何计量基准，甚至根本就没有人想过要研究这样的测量方法。“阴阳”“五行”本身都是没有任何可测量的精确定义、只有艺术化描述的概念。中医的确提供了系统化（天人合一）认识人体和病理的哲学，但只是一种具启发性的思想。中医的科学化以什么为标准？只有在新的医学理论中完全看不到任何传统中医概念、一切科学化的中医学理论必须完全还原为现代医学尤其是整个现代科学体系的时候，才算真正继承和发展了这个传统的文化。
