无论喜欢与否，我们都无法阻止基因组革命的进行。它带来的科学发现已经颠覆了过去半个世纪里所建立起来的正统学说，因为这些发现提供了冰冷的证据，证明人群之间确实存在着显著的差别。
基因组革命与人类学正统学说的第一次主要交锋发生在2002年。那时候，马克·费尔德曼（MarcFeldman）和同事发现，只要考虑基因组里足够多的位置（他们当时分析了377个遗传变异位点），就可以把全世界的人聚类成几个簇，这几个簇跟在美国很常用的种族分类有着非常强的对应关系：例如“非洲人”、“欧洲人”、“东亚人”、“大洋洲人”，或者“美洲原住民”。9虽然费尔德曼的结论跟列万廷的大体上一致，都认为人群内部个体间的差异比人群之间的差异更大，但是费尔德曼使用了多个遗传变异的组合来完成人群的聚类，而列万廷当时尝试的是利用单个遗传变异。
对于费尔德曼的主张，许多科学家很快就做出了回应。其中就包括斯万特·帕博，也就是8年以后带领完成尼安德特人和丹尼索瓦人的全基因组测序工作的科学家。帕博是以马克斯·普朗克演化人类学研究所的建所所长身份参与到辩论里来的，这是一场关于人类群体结构的性质的辩论。
作为德国一个雄心勃勃的人类学研究所的所长，帕博非常严肃地履行自己的道德义务。他想知道人类群体结构的真实情况是否更像是人类学家弗兰克·利文斯顿（FrankLivingston）所说的那样：“没有种族，只有渐变群。”这种观点认为，人类的遗传差异模式主要表现为在地理上逐渐变化的梯度，这种梯度是由临近群体间的混血造成的。10为了验证这种可能性，帕博重新分析了费尔德曼的数据。他猜想，费尔德曼之所以能够得到界限清楚的聚类结果，是因为他所分析的人群是通过不随机的方式从世界各地获得的。
为什么不随机的取样会导致界限清楚的聚类结果呢？让我们以美国的人群为例来解释这种情况。美国人群有着非凡的多样性，但是美国不同人群之间，例如非裔美国人、欧裔美国人和东亚裔美国人之间的遗传不连续性非常明显，比非洲、欧洲和东亚当地人群之间的界限更加明显。这是因为，这些美国人群只是来自世界上的少数几个地方。例如，大多数非裔美国人的祖先都可以追溯到西非的少数几个族群，11大多数的欧洲血统则主要来自西北欧，而大多数的亚洲血统则来自东北亚。帕博证明这种不随机的取样方式，确实能够在一定程度上解释费尔德曼及其同事所观察到的模式。但是，后续的工作也证明，不随机取样并不能解释绝大部分观察到的人群结构。就算是使用在地理上更均匀分布的样本，我们也还是能够很明显地观察到人群的聚类。12
2003年，尼尔·里施（Neil Risch）发表的一篇文章又激起了一波激烈的争论。在这篇文章里，里施认为人群分类在医学研究中是有用的，不仅是因为这种分类可以帮助我们在做统计分析的时候控制社会经济学和文化上的差异，而且是因为人群分类跟遗传差异有对应关系，这些差异可以帮助我们诊断和治疗疾病。13里施提出这种主张的主要依据是，有一些性状在人群之间存在着明显的差异。以镰状细胞贫血症为例，这种疾病在非裔美国人里的发病率比美国的任何其他人群都要高。里施认为，当一个医生在为非裔美国人提供医疗服务时，多考虑一些镰状细胞贫血症的可能性是合理的。
美国食品药品监督管理局在2005年为这种主张提供了实际的支持，它在这一年批准了药物拜迪尔（BiDil）在非裔心脏衰竭病人中使用。拜迪尔实际上是两种药物组合成的复方药剂，研究发现它在非裔美国人里比在欧裔美国人里有着更为明显的疗效。但是另一方面，大卫·戈尔茨坦也表明，现有的美国种族分类在预测生物学性状方面作用非常微弱，没有长久的使用价值。14他和同事发现，那些决定对药物是否有危险反应的遗传变异，在美国的种族分类之间并没有特别大的频率差异。他同意，在我们的认识水平还不够的当下，继续使用这些种族和群体分类还是有用处的。但是他也预测，在未来，我们会直接检测每一个个体所携带的遗传突变，然后根据这些突变来决定用药。我们以后完全没有必要再使用种族分类来做医疗方面的决定。
在这种争议的大背景之下涌现了一批新的研究工作，这其中就包括我自己的。这些研究工作致力于发展新的方法，不仅追踪每一个个体，而且还要追踪基因组里每一个片段的起源。人类学家杜安娜·富威利（DuanaFullwiley）曾写道，这些她口中的“混血技术”（admixture technology）的发展，以及像我这样的遗传学家们对“血统”相关词汇的使用，意味着传统的“生物学种族”概念死灰复燃。15她指出，我们遗传学家使用的这些“血统”相关词汇跟美国传统的种族分类之间有着比较明显的对应关系。她认为群体遗传学的学者们不过是创造了一套新的委婉的语言来讨论一些原本已经成为禁忌的话题。有趣的是，处于政治谱系另一端的学者们同样也认为我们只是使用了一些委婉的说法。在2010年我参加的一次冷泉港实验室(63)的会议上，新闻记者尼古拉斯·韦德（Nicholas Wade）表示，他非常憎恨群体遗传学家们所使用的这一套“血统”语言，因为他认为“种族本身就是一个没有任何问题的英语词汇”。
但是，“血统”不是一种委婉的说法，它也不是“种族”的同义词。相反，该词汇诞生于新的技术发展和科学发现：在终于能够检测到人与人之间的遗传差异之后，我们迫切地需要新的词汇去精确地描述这些新发现。现在我们已经有无可辩驳的证据证明，有多个性状在人群之间存在着不可忽视的遗传差异，但是传统的种族词汇要么不够精确，要么携带有太多的历史包袱，所以我们不得不创造新的语言。如果继续使用传统的词汇，那我们将不可避免地陷入一场无休止的争论，而且双方立场都是站不住脚的。争论的一方对人群之间的差异抱着偏激且没有现实依据的看法。争论的另外一方则认为人群之间的任何生物学差异都是微不足道的、从社会政策的角度考虑是可以被忽略或者被掩盖的。我们现在是时候抛弃这种虚假的二分法了，它只会让我们裹步不前。我们应该不抱偏见地倾听基因组想要告诉我们的事实。
