【6】Cell：构建出人类免疫细胞图谱，可确定遗传变异对基因表达的影响
DOI：10.1016/j.cell.2018.10.022.
比较任何两个人的DNA，你会发现他们的遗传密码中的数百万个位点存在着不同。如今，在一项新的研究中，来自美国拉霍亚免疫学研究所（LJI）的研究人员分享了大量数据，这些数据对于破译这种自然遗传变异如何影响免疫系统保护我们健康的能力至关重要。相关研究结果于近日在线发表在Cell期刊上。
为了确定遗传变异对免疫系统的影响，Vijayanand及其同事们产生了15种类型免疫细胞的基因活性谱，其中这15种类型的免疫细胞发表着在91名健康供者中每个人的血液中发现的最为丰富的细胞类型。他们的研究结果揭示了遗传变异对免疫系统中基因活性的深远影响。对12000多个基因---大约占这些细胞中所有活性基因的60％---而言，天然存在的遗传变异与某些细胞类型中基因活性的显着差异相关。Vijayanand说，"我们观察到的效应大小是令人吃惊的。这不是一些微小变化。"
为了构建这种免疫细胞图谱，Vijayanand团队首先从健康供者的血液样本中分离出不同类型的免疫细胞。他们随后评估了供者特异性的遗传变异，并利用RNA测序确定每种细胞类型中的每个基因的活性水平。这种分析包括了13种类型的免疫细胞。对于其中的两个免疫细胞类型，除了评估处于静息的无活性状态的细胞中的基因活性外，该团队还刺激这些细胞，刺激方式类似于它们在识别病原体或恶性癌细胞时接受到刺激物，随后也在这种激活中分析处于这种激活状态下的基因活性谱。
最终，Vijayanand团队对1500多个样本进行了测序和分析，结果就是产生了大量的数据。通过筛选这些数据，该团队已发现了免疫系统的一些令人吃惊的特征。比如，这些研究人员发现特定类型的免疫细胞中的基因活性在男性和女性之间存在显着差异。此外，他们发现仅在一种细胞类型中，遗传变异通常影响附近基因的表达；因此，这些独特差异在使用全血时可能不会发现到。他们还开始跟进一些有趣的线索，以便研究他们的数据是否揭示了某些与疾病相关的基因发挥的作用。
