清丈田粮，推广一条鞭法。
整顿吏治的改革进行不久后，张居正将改革向财政方面推进。在张居正辅政之前，嘉靖和隆庆两朝，由于南倭、“北虏”两条战线上的战争，国库长期入不敷出。据学者研究，从嘉靖七年（1528年）到隆庆五年（1571年），四十多年中，太仓银库每年收入、支出银两数量进行比较，没有一年是盈余的，全是亏空。张居正出任首辅大学士后，他的应对策略是开源和节流双管齐下。一方面，张居正裁减冗官冗费，抑制国家财政及宫廷财政的支出，加强对边镇钱粮的管理工作，以减轻军费支出对财政的影响。对于小皇帝本人，张居正反复劝告他要厉行节俭。例如，隆庆年间，宫中每年元宵节都要举办灯会。隆庆六年（1572年）和万历元年（1573年），张居正借口先帝丧期未过，宫中没有举办灯节。万历二年（1574年）元宵节临近，小皇帝问张居正：“元夕鳌山烟火，祖制乎？”张居正却说，元宵灯节不是祖制，况且接下来有皇上大婚和皇上的弟弟潞王出阁，要花费很多钱，要“加意撙节，稍蓄以待用”。另一方面，张居正要求地方官员积极清理历年拖欠的逋赋。当然，这样的节流和开源，都还只是表层的。张居正在财政经济方面最重大的改革，是清丈田粮与推广一条鞭法。
清丈田粮的根本原因，是因为官僚地主瞒报土地，造成一些赋粮无法落实，致使国家赋税不足。后来清丈的原则中也有一条，即清丈田粮是以税粮是否漏失为前提的，有漏失的便需要清丈，如果税粮完整则不用清丈。万历六年（1578年），万历皇帝下令在福建进行清丈田粮的试点工作。选择福建，是因为当时福建的巡抚是张居正的同乡耿定向。耿定向是湖广麻城人，万历六年到八年（1578—1580年）任福建巡抚。到万历八年九月，福建清丈结束。
张居正决定将福建清丈之法推行到全国。万历九年（1581年）、十年（1582年），清丈在全国展开。一些地方官因为不切实执行清丈田亩的工作，受到了惩处。例如，万历九年二月，松江知府阎邦宁、汝州知府郭四维、安庆知府叶梦熊、徽州府掌印官李好问，都因为清丈田粮“怠缓”而受处分，停俸，戴罪管事。在张居正的严厉督办下，虽然仍有一些地方草率从事，但总体上清丈还是成效显著。清丈后的全国田地面积，比清丈前的万历六年多出了一百八十多万顷。万历清丈的成就，于此可见一斑。
万历清丈，除了使国家掌握的耕地面积扩大了之外，还有其他几方面的效果：一、清丈改变了税粮负担不均的状况，使长期以来税粮与土地分离的紊乱局面暂时得到改观，那些昔日没有土地而要承担税粮的农民摆脱了不公平的赋税负担；二、在清丈的基础上，明朝政府重新编制了鱼鳞图册，而鱼鳞图册也成为此后按土地征收赋税的重要依据，所谓“坐图还粮”；三、清丈的同时，还在全国统一了亩制和缴纳税粮的科则。凡此种种，为之后的一条鞭法的改革奠定了基础。
张居正在财政方面的重要改革，就是推广一条鞭法。“一条鞭法”又被称作“一条编法”，或简称“条编”“条鞭”。《明史?食货志》载：“一条鞭法者，总括一州县之赋役，量地计丁，丁粮毕输于官。一岁之役，官为佥募。力差，则计其工食之费，量为增减；银差，则计其交纳之费，加以增耗。凡额办、派办、京库岁需，与存留、供亿诸费，以及土贡方物，悉并为一条，皆计亩征银，折办于官，故谓之一条鞭。”一条鞭法的实质，就是将赋税和徭役合并，折成货币，即折算成白银进行缴纳，并且在征收方法上简化为一次编审。
一条鞭法最重要的精神有两点，一是赋役合并，二是一概折银。所谓赋役合并，就是将以前的徭役折成银两，与赋税折成的银两统一征收。实施一条鞭法之前，赋役的征收是分开的，赋以田亩为征收对象，收夏税和秋粮，役以户、丁为征收对象，分为里甲、均徭、杂泛三种。实行一条鞭法以后，化繁为简，赋役合并为一，并且改以田亩、户丁两项为征收对象，政府所需要的役由政府从税银中拿出一部分统一雇人代役。所谓一概折银，在具体的事例上可以看得很清楚。以万历初年的邯郸县为例，实行一条鞭法之后，原来的夏税、秋粮、马草、驿传、马价、种马草料、均徭（银差、力差、听差）与里甲各项，全部折成银两，照着地亩和人丁的原则，加以均摊。
其实，据学者研究，类似于一条鞭法的赋役改革，最早可以追溯到成化十五年（1479年）王恕在南直隶实行的将丁银由丁、地共派的做法。嘉靖年间，南方各地陆续有推行“一条鞭法”的记载，像庞尚鹏的“十段锦之法”，海瑞在任淳安知县时，更是称赞一条鞭法是“便民良法”。因此，张居正推广的一条鞭法，可以说是经过了近百年的发展。在这一百年的时间里，明朝的商业性农业迅速发展，市镇星罗棋布，白银的大量流入也解决了中国作为一个贫银国对于白银的需求，确立了白银的货币地位。正是这些社会条件的成熟，使得以“赋役合并、一概折银”为主要精神的一条鞭法得以推行。张居正的贡献，则是排除干扰，将一条鞭法推广到北方以及其他还未实施一条鞭法的地区。
从历史的眼光来看，一条鞭法上承唐代的两税法，下启清代摊丁入亩，是中国赋役制度上的重大变革。其一，一条鞭法部分地改变了以往赋役负担不均的状况；其二，将各种徭役折成银两，又将原先按丁征收的役，改由丁、田分担，相对松弛了对农民的人身控制，客观上有利于生产力发展；其三，役银与田赋折成的银两合并成一个总数，统一征解，使原先繁多的杂税归于一条，使赋役更简单化了；其四，一条鞭法的实施，使赋役一律以白银货币为计量单位，符合当时整个社会商品经济发展的趋势，具有进步意义。
张居正的财政改革取得了很好的效果，也缓解了明王朝的危机。户部的太仓储银，由之前每年的二百万两增加到每年三四百万两。京师储粮达七百万石，是隆庆年间的三倍，足足可以供京营官军消费六年之久。如果没有万历初年的财政盈余，万历朝后期的“三大征”，即万历二十年（1592年）平定哱拜的宁夏之役、万历二十年至二十七年（1592—1599年）的援朝抗日战争、万历二十六年至二十八年（1598—1600年）平杨应龙的播州（今贵州遵义）之役，是不可能顺利进行的。
万历皇帝朱翊钧像
