考成法——整顿吏治。
获得中枢权力之后，张居正在政治上首先要做的就是整顿吏治。整顿吏治的目标，集中体现为十二个字，即“尊主权、课吏职、信赏罚、一号令”，即尊重皇帝的权威，要求官吏恪尽职守，赏罚严明，号令统一。然而，如何才能让官吏们恪守职守并且遵从号令呢？万历元年（1573年），针对官场上不求实效的积弊，张居正提出了“考成法”。为了保证各衙门处理政务时严格遵守公文事先设定的处理程限不致耽误，张居正建立起一套随事考成的制度，即要求各衙门逐日登记章奏，分别将其内容及处理期限登记在两份文册上，一份送到六科，一份送到内阁，实行一件，注销一件，然后每年每月按事情的完成程度加以考察。内阁稽查六科，六科稽查六部，都察院及六部则稽查各省的巡抚和巡按，各省抚按考察地方官员。在这几个环节中，六科和巡抚都很重要。六科设于午门外的东、西朝房，章奏必经其手。六科给事中的官秩仅为七品，但负责稽察驳正六部之违误，并有建言、进谏之责，位低权重。以内阁稽察六科，是张居正的创举。如此一来，大权集中到了内阁，各级官吏对中央政令就不敢敷衍塞责了，吏治因而得到很大改观。
考成法推行后，收到了不错的成效。万历六年（1578年），户科给事中石应岳在上奏中谈到：“自考成之法立，数十年废弛丛积之政，渐次修举。”《剑桥中国明代史》也称赞张居正时期的行政效率，认为：从隆庆六年（1572年）到万历十年（1582年）的十年中，明帝国“官僚政治的效率达到了它的顶点，这个顶点还标志着那个时代在中国社会的政治传统的束缚下人力所能达到的极限”，并且认为张居正时代的行政，“能够和一般在新王朝建立后不久而为人所知的那种声名赫赫的施政相比”。然而，从制度上来说，内阁只是协助皇帝的辅政机构，而不是一个行政机构。张居正是无法改变既有的政治体制的。他只能通过对人事的控制来实现自己的意志。在他辅政的十年中，分别拥有人事权、监察权的吏部和都察院，都在张居正的严密控制之下。前后两任吏部尚书张瀚和王国光，以及都察院左都御史陈玠，对于张居正都是极为顺从的。因此，在反对张居正的人看来，张居正是在滥用他的权力。
反对张居正的声浪在万历五年（1577年）达到高潮。那一年，张居正的父亲去世。按照正常的儒家伦理，张居正应该回到家乡为父亲服丧三年。有人提议，由皇帝下诏命令张居正继续担任官职，而不用回家守制，这也叫“夺情”。于是，在张居正的默许下，皇帝不准张居正回家守制，要求他继续留任，处理政务。这引起了许多官员的弹劾。翰林院官员吴中行、赵用贤率先发难，各自遭到了廷杖六十的处分。刑部员外郎艾穆、主事沈思孝也联名上疏，各自被廷杖了八十。在刑部观政的新科进士邹元标，没有被廷杖吓倒，继续上疏，要求张居正回家守制，也被廷杖八十，打了个半残，到晚年走路还留有残疾。最终，张居正成功地留在了首辅大学士的位置上，但人们对张居正的品行的评价却因为夺情一事而大打折扣。对于张居正本人来说，他也受夺情之事的刺激而越发偏激。《明史?张居正传》说：“居正自夺情后，益偏恣。其所黜陟多由爱憎，左右用事之人多通贿赂。”
