虽然约翰·里德对经济学家很失望，但他依然与这个群体保持着积极的联系，并在久负盛名的拉塞尔·赛奇基金董事会任职，该基金会旨在支持社会科学研究。有一次，在纽约董事会的茶歇时间，另外一位董事、史密森学会秘书鲍勃·亚当斯（Bob Adams）告诉里德，一个全新的研究机构正在新墨西哥的沙漠上崛起。1研究团队的领头人是原白宫科学顾问、洛斯阿拉莫斯国家实验室的科研负责人乔治·考恩（George Cowan）。他的合伙人还包括一批科学界最耀眼的明星，包括诺贝尔奖得主、夸克的发现者默里·盖尔-曼（Murray Gell-Mann），来自普林斯顿大学的诺贝尔奖得主菲利普·安德森（Philip Anderson）以及数位来自洛斯阿拉莫斯国家实验室的资深研究员。
这个团体设立了一个雄伟的目标，即从根本上改变科学研究的方法。在历史上，科学采取了一种自上而下、归纳式的方法，将宇宙分割成许多小块，在星系到亚原子粒子之间寻找终极法则。圣塔菲研究所的科学家们认为，尽管这种方法取得了巨大的成功，但许多难解的问题本身就是“复杂系统”，它们具有集体或涌现的特征，以自下而上、系统的方法来理解会更好。2例如，他们认为，类似于“什么是生命”这样的问题，是永远不可能通过从有机化学方面自上而下的审视来进行分解的。3有机体是一个复杂系统，其整体要比各种化学部件的总和更加复杂。
要想回答“什么是生命”这个问题，需要一种将有机体视为整体的视角，以及自下而上的、对于数十亿分子如何互动而创造出一支复杂舞蹈（即所谓的生命）的理解。该团队认为，对于一系列广泛的现象，包括大脑、生物生态系统、互联网以及人类社会本身，这些现象的整体要比组成部分庞大得多，因而需要采用上述方法。他们还相信，这些难解的科学问题需要多学科的视角。“什么是生命”这个问题的解答需要生物学家、物理学家、化学家、计算机科学家以及其他科学家共同努力。然而，大部分大学和研究实验室都是以单独的院系进行组织的，这样不利于合作。1984年，该团队创建了圣塔菲研究所，这是一个非营利性组织，旨在开展对复杂系统的跨学科研究。不久之后，他们又在一处废弃的修道院建起了办公室，考恩在修道院院长的办公室安置了下来，基督圣血山脉的景色激励着他们。
里德被亚当斯关于圣塔菲研究所的描述吸引了。理解像全球经济一样复杂的系统无疑是一个困难的科学问题，或许圣塔菲的研究者提出的自下而上、多学科交叉的方法可以为经济学提供一种必需的智力上的驳诘。亚当斯向圣塔菲研究所的创始团队引荐了里德，1987年，里德和花旗银行同意资助一个关于经济学的多学科交叉工作坊。
