投笔从戎
1937年7月7日，抗日战争全面爆发。当时，黄仁宇的第一个反应是从军。但黄震白认为，战争随时可能终止，而既然已经在南开大学念完一年的书，终止学业去参军是不明智的，因为很有可能穿上军装后就发现战争已经结束。到了9月份，恰巧教育部要南开、北大与清华三所学校合并，在长沙成立“长沙临大”，所以黄仁宇决定听从父亲的话，继续学业。
然而，等到长沙方面安排妥当，上海的大前方防线却已崩溃。12月，日军进入南京，长沙临大奉命再撤到昆明。这时，黄仁宇下定决心要参军。1938年初，他和父亲长谈了一次。黄震白认为，如果一定要从军，就应该先念军校，取得正式的军官职位。这样，他们两人达成协议，黄仁宇没有去昆明，加入军队的决定也延迟了半年。
1938年春天，黄仁宇在长沙等待期间，无事可做，毛遂自荐去《抗战日报》工作，以求换得食宿，结果应聘成功。这是一份爱国报纸，社长是剧作家田汉，报纸采用半开大小的画报形式，所有报道都刊在一张纸上。在这里，黄仁宇结识了廖沫沙。因为当时田汉忙着其他的抗日活动，编辑工作就落到廖沫沙和黄仁宇这两位编辑身上，他们夜以继日地工作，床就放在办公桌旁。以后廖沫沙成为“三家村”之一，在“文化大革命”中遭到残酷迫害；而田汉也是著名文化领袖，在“文化大革命”时死于狱中。
1938年夏天，黄仁宇在汉口考入中央军校。受着当时交通情形的影响，他在接到录取通知书后，乘江轮赴宜昌“待命”，在一所破庙里一住就是3个月。等到有轮船接他们去重庆时，已是12月初。这时武汉失守，长沙大火，广州撤退和汪精卫发表“唁电”向日本投降。从西安、宝鸡投考的同学则早已在成都。他们又行军三日，到达铜梁，开始换上棉布军装，等候由浙江金华考取的另一批同学到达，最后编成十六期第一总队，于1938年底，浩浩荡荡地行军去成都。
十六期学员于1939年元旦开学，1940年12月25日毕业，受训期间长达两年，当中没有寒假暑假。进军校第一桩事就是“剃和尚头”，所有人都变成光头，使得个人的色彩大为收敛，队伍中的集体性格更为浓厚。战时军校的学生大多只有初中文化程度，高中毕业生已不可多得。每一队（相当于连）里，偶尔会有一两个大学辍学的学生和在宪兵队当过兵的军士，也会有几个国民党军队高级将领的子弟。受训开始后，每一个钟头甚至每一分钟，大家都做同样的事，自早上用冷水洗脸刷牙，到晚上点名解散，以及吹熄灯号前15分钟打开铺盖就寝，无不如此。所以几个星期后，学生们就已经在“众生平等”的集体生活原则下，打成一片了。
军校毕业后，黄仁宇通过田汉的关系，与田汉的儿子田海男一起获得任命状，直接开赴前线，首先担任排长，后来代理连长。不过，他的这一连只有1名少尉和36名士兵，隶属于国民军第十四师，奉命驻守云南边界，紧邻日军占领的越南。
尽管第十四师一度拥有国民党军队中最精良的武器，配装了最新的步兵装备、德国头盔、防毒面具、帐篷等等，但由于身处内地，失去了现代化生活的支撑，所以黄仁宇认为他们还是“必须在明朝的生活条件下过活”。比如，如果他需要一头驴来驮负重物，就必须派士兵到村子里找村长，在枪支的威胁下，他才有可能听从差遣。
1941年12月，黄仁宇的父亲过世。因为邮政传递缓慢，等他收到妹妹黄粹存写的信时，已经是一个月后的事。黄仁宇获得第十四师批准的“长假”，几乎等于退伍令，因为他不用再回来服役。黄仁宇回家奔丧后，将母亲和妹妹送往重庆。此后，他被调到首都卫戍司令部，从事文书工作。
在总部呆了不到一年，黄仁宇即无聊得要命，一心等着上战场。正在这时，中国方面派遣了一支远征军去印度，从侧翼进攻缅甸，这支部队称为新一军，由英军提供粮食和衣服等后勤事务，美军则负责供应战略物资和训练。中方统帅是郑洞国将军，受驻印总指挥史迪威的管辖。1943年2月，黄仁宇被派到营区任参谋，官衔是上尉。
黄仁宇在缅甸呆了一年半，回忆这段时间，他说，这“绝非我生命中的不愉快经验”，凭借良好的写作能力，他在前线担任观察员，一边服役一边写文章，结果有很多文章发表在当时最负盛名的报纸《大公报》上。其中，有篇文章长达12000字，连载4天，稿费多达300卢比，相当于75美元，是一个上尉5个月的津贴。由于爱出风头，他经常冒险出入无人地带，终逃不出噩运。1944年5月，他不幸负伤，但结果死里逃生，回到部队后还获得一枚海陆空军一等奖章。
