在《人类的由来及性选择》一书达尔文关于配偶选择的论证中，还有一个革命性观点，那就是动物不仅受制于创造了自然选择的外部因素，比如生态竞争、食物、气候、地理等，更确切地说，动物可以通过性选择和社会选择在自身的进化过程中发挥独特且重要的作用。每当通过配偶选择来建立性偏好的时机成熟时，就会出现一种新的独特的审美进化现象。不管是一只虾或一只天鹅，还是一只飞蛾或一个人，生物个体都有可能在完全不受自然选择支配（有时甚至与自然选择相悖）的情况下，随心所欲地进化出无用的美。
在像企鹅和海鹦这样的物种中，配偶之间是相互选择的，而且雌雄个体都表现出相同的炫耀行为和经过协同进化的择偶偏好。在一雌多雄的物种中，比如瓣蹼鹬（Phalaropes，瓣蹼鹬属）和非洲水雉（lily–trodding jacanas，水雉科），成功的雌性可能有多个雄性配偶。这些雌性鸟类比雄性的体型更大，羽毛颜色也更鲜亮，求偶时喜欢做出炫耀行为，用叫声吸引雄性，雄性则需要承担选择配偶、筑巢和照顾幼鸟的工作。达尔文观察到，在很多装饰性很强的物种中，性选择对于进化的影响主要体现在雌性选择配偶的过程中，这就是这本书主要关注雌性的配偶选择行为的原因。如果雌性的审美偏好推动了进化，雌性的性欲就创造、定义和塑造了我们在自然界中看到的最极致的炫耀行为。说到底，雌性的性自主权就是自然之美的进化的主要原因。不管在达尔文时代，还是对今天的很多人来说，这都是一个非常令人不安的观念。
因为在进化生物学中，性自主权的概念还没有得到充分研究，所以在这里我们值得花点儿时间对它进行定义，并了解它的深远影响。无论在伦理学、政治哲学、社会学还是生物学中，自主权都是指个体在非强迫的情况下，独立做出合理决定的能力。所以，性自主权是指生物个体在非强迫的情况下，独立选择合理的交配对象的能力。达尔文性自主权概念中的个体要素包括感官知觉、与感官评价和配偶选择相关的认知能力、摆脱性胁迫的潜力等，这些都是今天进化生物学中常见的概念。然而，在达尔文之后，很少有进化生物学家能像他那样对个体要素之间的关系做到了如指掌。
在《人类的由来及性选择》中，达尔文提出了他的假说：雌性的性自主权（也就是美的品位）是生命史中一种独立的、变革性的进化力量。他还猜想雌性的性自主权有时会与雄性的独立的性控制力量相互匹配、相互制衡，甚至有可能被后者战胜。这种雄性的性控制力量就是争斗法则，即同性个体间为了争夺与异性的交配权而进行的争斗。在一些物种中，一种进化机制或另一种可能支配着性选择的结果，但在其他物种中，以鸭子为例，我们会看到雌性的选择以及雄性的竞争和胁迫都在发挥作用，从而导致两性冲突不断升级。尽管达尔文没有相关的知识框架去充分描述两性冲突的动态，但他很清楚在人类和其他动物中都存在着这种冲突。
总之，在机制创新和分析思考方面，《人类的由来及性选择》丝毫不亚于《物种起源》，但对达尔文时代的大多数人来说却很难接受。
