为什么这些古代事件的遗传标记至今还历历可见？为什么几千年的岁月还没有抹去它们的痕迹？
传统印度社会最显著的特征之一就是种姓制度，这种社会阶层的划分决定了谁可以与谁结婚，谁有什么样的社会特权和角色。压抑、专制的社会体系也影响到了各个主要的宗教，无论是耆那教、佛教还是锡克教，都提供了逃脱种姓制度的庇护所。伊斯兰教在印度的成功，也源于它为社会地位低下的群体提供了摆脱不平等制度、皈依由莫卧儿统治者带来的新宗教的机会。1947年印度共和国建国后，基于种姓制度的歧视被宣布为非法，但它仍然塑造了今天印度人的社交和婚姻方式。
种姓的社会学定义是一个群体，在经济上，他们可以通过特别分配的经济角色与群体之外的人互动，但在婚姻上，只允许同族结婚，不允许与群体之外的人婚配。在18世纪晚期犹太解放运动开始之前，欧洲东北部的犹太人，也就是我自己的祖辈，仍是一个排他性的社会团体，也可以视作一个种姓。犹太人充当了放债人、酒贩、商人和工匠的经济职能。而从古至今，犹太教徒都通过饮食规定（犹太律法）、独特的着装、身体改造（男性割礼）和严禁与外人结婚等手段来将自己的社会与外界隔离。
印度的种姓制度有两个层次，瓦尔那种姓（varna）和阇提副种姓（jati）体系。(48)31瓦尔那种姓体系将整个社会分为至少四个等级：最顶端的是祭司集团婆罗门（Brahmins）和战士集团刹帝利（Kshatriyas）；中间是由商人、农民、工匠组成的吠舍（Vaishyas）；更低一层的则是首陀罗（Shudras），由各种劳作者构成。除此之外，还有旃陀罗（Chandalas）或者贱民（Dalits），又称“表列种姓”（ScheduledCastes），他们就是那些被认为低贱到“秽不可触”的人，应该排除在正常社会之外。最后还有“表列部落”（Scheduled Tribes），这是由印度官方认定的、印度教以外的人群名称，而且他们既不是穆斯林也不是基督徒。种姓制度是印度教传统社会深层架构，在《梨俱吠陀》之后的各种宗教文本（《吠陀经》）中都有着详细的描述。
阇提副种姓体系则更加晦涩、复杂，在印度以外很少有人理解，涉及至少4600个族内通婚的群体。有人说这个数字可以达到4万。32每一个群体在瓦尔那种姓制度里都属于一个特定的阶层，但即便是属于同一阶层，大多数属于不同副种姓的人们仍然不能通婚。在历史上，也不乏整个副种姓群体改变了其种姓等级的情况。举个例子，有一个副种姓叫瞿折罗（Gujjar），这也是如今印度西北部的古吉拉特邦（thestate of Gujarat）(49)名字的由来。属于这个副种姓的人居住的地方不同，所属的瓦尔那种姓等级就不同。这说明在某些地区，瞿折罗曾成功地在瓦尔那种姓体系内提升过自己的社会地位。33
种姓和副种姓之间的关系是一个备受争议的问题。人类学家埃拉瓦提·迦尔维（IrawatiKarve）提出过一个假设，他认为几千年前，印度人民生活在恪守内婚制度的部落集团里，很像是当今世界上其他地方的部落。34祭司、国王和商人等政治精英们居于社会顶层，并建立了一个等级社会。各个部落则以不同分工的劳作群体的形式进入社会体系，在等级上他们作为首陀罗和贱民居于底层。这样，部落内的组织结构就与社会阶层体系融合在了一起，形成了早期的阇提副种姓，并不断向上渗透到更高的社会等级。最终，今天我们可以看到，无论是较高还是较低的种姓等级中，都存在着很多的副种姓。通过种姓体系和内婚制度，每个古老的部落群体都保留了他们的独特性。
另一种假设是，严格的内婚制度并不是很早以前就出现的。毫无疑问，种姓制度的理论非常古老，早在《摩奴法典》（Law Code of Manu）中就描述过。《摩奴法典》是在《梨俱吠陀》形成几百年之后的印度教文本。法典中详细地记载了种姓制度，以及其中无数的副种姓群体。它将整个社会体系都纳入了宗教框架，并证明其存在是自然秩序的一部分。然而，由人类学家尼古拉斯·德克斯（NicholasDirks）领导的一群历史学家主张对历史事实进行重新考证，他们认为，在古代印度其实并没有施行严格的族内通婚制度，这实际上很大程度是英国殖民者的发明。35英国殖民者为了有效地统治印度，从18世纪起开始强化种姓制度，出发点是为殖民者在新的种姓集团中占据一个天然的地位。在某些原本种姓制度并不是很重要的地方，英国人刻意进行了巩固，并挖空心思地协调不同地区之间的种姓制度。鉴于这些事实，德克斯认为，今天严苛的内婚限令可能并不像看起来的那样源远流长。
为了找出副种姓与真实的遗传模式之间的关系，对每个副种姓群体，只要有相应的数据，我们都对群体之间的分化程度进行了研究，方法是计算突变频率的差异。36我们发现，和位于欧洲的、以差不多同等的地理距离分开的群体相比，印度的副种姓群体之间的分化程度至少大三倍。无论是群体间ANI血统的差异，还是群体地理来源的不同，抑或是社会地位的高低，都无法解释这种现象，即便是这三个维度都匹配的群体，他们之间的分化程度还是要比欧洲大许多。
我们推测，今天许多印度群体之间的差异可能是人口瓶颈的产物。这种现象之所以发生，是因为在一个群体中数量不多的个体拥有很多后代，这些后代也有很多后代，而且由于社会或地理的屏障，这个群体与周围的人保持了遗传学意义上的隔离。在有着欧洲血统的人群的历史上，著名的人口瓶颈事件影响了芬兰人的大部分血统（大约2000年前）、当今阿什肯纳兹犹太人（Ashkenazi Jews）(50)的大部分血统（大约600年前），以及若干后来迁移到北美的异教群体的大部分血统，如哈特人（Hutterites）、阿米什人（Amish）(51)等（大约300年前）。在每一个例子中，一个较小的人口基数加上一个较高的繁殖率，导致早期个体携带的某些罕见的遗传突变会在后代中以较高的频率出现。37
当我们开始去寻找印度人口瓶颈的迹象的时候，我们发现了一个明显的信号：在同一个群体内，每一对个体之间都携带有同样的很长的DNA片段。对此，唯一的解释是：两个个体在过去几千年里拥有一个携带着这个DNA片段的共同祖先。而且，由于重组过程的存在，在每一代，DNA片段都以稳定的速率发生断裂，通过计算这些DNA片段的平均长度，我们就可以知道这位共同祖先生活的年代了。
从遗传学数据中得到的结论非常清晰。大约有1/3的印度群体经历了人口瓶颈的影响，其力度和上文中提到的芬兰人、阿什肯纳兹犹太人经历过的一样强，有的甚至还要更强一些。后来，我们利用一个更大的数据集进一步证实了这一发现。这些数据是唐加拉吉和我们一起收集的，包含了遍布印度的超过250个副种姓群体的遗传学数据。38
在印度发现的许多人口瓶颈现象的历史也非常悠久。其中最引人注目的例子发生在安得拉邦的一个叫维西亚（Vysya）的南印度吠舍群体，包含大约500万人口。根据同一个群体中个体之间共享的DNA片段的长度进行推断，其人口瓶颈发生的时间可以追溯到3000年到2 000年前之间。
维西亚群体的祖先中发生的这种强烈的人口瓶颈令人震惊。这意味着在遭遇人口瓶颈后，维西亚群体的祖先们一直保持着严格的内婚制度，数千年来基本上没有外来基因进入他们的群体。哪怕是每一代中只有1%的外来基因流入，时至今日也会把人口瓶颈的痕迹彻底抹掉。而且他们在地理上并不是与世隔绝的，相反，他们居住在印度的一个人口密集区域，与其他群体唇齿相依地生活在一起。但他们的确成功地禁止了族外婚姻，保持了自己群体的鲜明的身份特征。当然，代价是一举一动都将自己隔离在了邻居们和社会之外，而且，他们还得把这种社会隔离代代相传下去。
维西亚群体并非唯一。在我们分析的群体中，大约有1/3都给出了类似的信号，意味着在印度有数千个这样的群体。我们甚至有可能低估了这个比例。因为只有经历过人口瓶颈的群体才能给出信号。如果一个群体的奠基者的数目再大一些，也许他们也实行了严格的内婚制，但是我们的统计方法是没办法把这种情况检测出来的。所以，实际情况不像德克斯设想的那样——所谓内婚制是英国殖民者的发明。数千年来，族内婚姻早已长期地、深深地扎根在印度的种姓制度内了。
印度历史的这一特征不由得让我百感交集。我是作为一个阿什肯纳兹犹太人开始这项研究工作的，我自己也是一个欧亚西部的古老种姓的成员。我对这种身份感到不自在，但又说不清楚哪里不自在。正是这些针对印度的研究让我的不自在清晰起来。我是个犹太人，这点我无法回避。我的父母抚养了我，在他们的生活中，最高的优先级是向世俗社会开放，但实际上他们自己是欧洲受迫害的难民的孩子，成长的环境里宗教氛围浓郁，这使得他们身上还留着厚重的民族特色。在我长大的过程中，家里还遵循着犹太教的饮食规则——我相信父母们这么做，或多或少是因为他们希望亲人们来我家做客时照样吃得舒服。我在犹太学校里待了9年，在耶路撒冷度过了好几个夏天。从我周遭的人身上，从我父母、祖父母、堂亲们身上，我都时刻吸纳着一种强烈的独特感。我知道，我们与众不同，如果我娶了一个非犹太人，他们都会感到失望、尴尬，而我的行为也会对兄弟姐妹们产生极大的冲击。当然，我这种怕家人会失望的感受，跟身处印度、从族外领一个人回来所导致的羞愧、孤立，甚至还有暴力比起来，那就是小巫见大巫了。尽管如此，正是犹太人的背景，使我对印度历史上几千年来的、跨越种姓、衷心相爱却又被无情碾压的罗密欧与朱丽叶们感同身受。也正是因为我是一个犹太人，我打心底里理解为什么这样一个种姓制度可以保持这么久的历史。
还是回来说数据吧。数据告诉我们，在很多情况下，印度的各种副种姓群体实实在在地保持着遗传上的独立性。这要归功于这块次大陆上源远流长的内婚制度。不管是印度人还是外国人，只要人们一想到印度，往往脑子里反应出来的都是超过13亿的庞大的人口规模。但是，从遗传学的角度来看，这样看待数据的方式是不对的。中国的汉族才是一个真正庞大的人群，他们早已不受束缚地自由通婚数千年了。印度人则不然，从人口统计学意义上讲，没有任何一个印度人族群可以称得上“大”，即便是住在同一个村庄、共同生活的若干群体，如果去测量一下他们之间的遗传差异性的话，结果也比北欧人和南欧人的差异大。39所以，正确的说法是，印度是由大量的小型人群组成的。
