有关去大脑皮层大鼠和积水性无脑畸形儿童的研究表明，皮层下结构能将原始的神经输入转换为核心情绪感受的组成部分。皮层下脑区拥有属于自己的功能，这些功能出现在进化早期，在解剖学、神经化学和功能层面，所有我们研究过的哺乳动物的皮层下功能都是同源的25。潘克斯普认为，我们和其他动物脑中负责产生情绪的脑区是一样的，这些脑区能够提高我们的生存能力，因此被进化机制保留了下来。这到底是如何做到的？情绪相当于一个内在的奖赏与惩罚系统，向动物反馈当前的生存状态。积极情绪鼓励动物继续前进，负面情绪则根据其程度的不同，表明事情不大顺利或极其糟糕。如此一来，这些内部感官提供了一种评估外界环境的手段，并能有利地指引我们的行为，尽管从意识层面来看，它们的等级相对较低。
加州理工学院的戴维·安德森（David Anderson）和拉尔·阿道夫（Ralph Adolph）与潘克斯普观点一致26。他们认为，情绪是由特定刺激在中枢神经系统触发的一种无意识状态，刺激可能来自外界，如有捕食者靠近；也可能来自内部，如关于某人的回忆。一旦被激活，负责编码这种状态的神经回路会启动一系列平行加工，从而产生行为反应、感受、认知变化和躯体反应，例如心跳上升和口唇发干。即使没有认知参与和汇报，我们也能体会到这种感受。
根据潘克斯普的发现，有很多基本的情绪和动机性感受是人和动物意识所共有的，包括寻求欲、恐惧、愤怒、贪婪、关爱、悲伤和玩耍，其共性同时体现在行为和神经层面。这些感受在很大程度上可以归功于皮层下的边缘系统，它们能驱使动物行为，使之更好地寻找食物、庇护处和配偶，躲避伤害，保护自身和血亲，并与朋友和家人建立联系。
The Consciousness Instinct
如果我们将意识看作关于事物的主观体验，那么情绪必然是意识的基本组件。
潘克斯普总结称，情绪体验对生存来说是十分成功的工具，因此它们被写入基因底层，成为所有哺乳动物的保守属性，直至进化后期，大脑皮层这个扩展包为我们带来了学习机制和高级认知功能，情绪才被裹上了新的包装27。如果情绪感受先于大脑皮层组织出现，那么皮层下神经网络一定拥有某种独立机制，用于产生这些伴随意识体验出现的感受。通过理解皮层下网络的层级结构，我们或许能更好地欣赏意识最原始的形态。情绪和动机感受，以及它们在动物中产生的行为表现能帮助我们解答模块系统如何强化意识，以及人类意识的特别之处到底在哪里28。
纽约大学的约瑟夫·勒杜（Joseph LeDoux）通过精心研究，证明先前被他称为恐惧回路（现已改名为“威胁回路”）的神经活动可能有另一种解释。他主要有两个顾虑。首先，情绪尚无统一定义；其次，有部分学者不认同动物共享基本情绪的观点。那么，我们该如何有把握地将情绪与其他心理状态区别开来，又该如何对不同物种的情绪进行比较？勒杜如是写道：“一个简单的方法就是捏造。对个人主观体验的自省告诉我们，一些认知状态会产生特定‘感受’，另外一些则不会。”这让他开始怀疑动物研究中一些关于类似行为对应类似体验的推论29。在他看来，大脑皮层是情感产生的必要条件。他认为，皮层下回路能够产生情绪行为和生理反应，却并不直接参与产生主观感受。主观感受的产生过程必须包含认知参与的步骤，而后者由负责读取和解释情绪行为的高级皮层通路提供。他并不是这一观点的唯一支持者。事实上，大部分情绪研究者都赞同类似的认知“读取”理论。勒杜提出，意识感受分为两个环节，当生理反应被负责工作记忆的前额叶皮层读取后，意识感受就产生了。
在这场关于情绪的激战中，我们可以保持中立，因为层级化大脑结构可以适应任意一方的观点。此处的重点在于，皮层下结构与大脑皮层都参与了完整意识体验的产生。从某种角度来看，积水性无脑畸形的儿童所拥有的情绪感受和大脑皮层完整的儿童毫无差别。因为他们外显行为的类似，我们不妨在他们身上套用一下“元自我觉察”（觉察到他们能觉察）式意识体验的概念。他们真的有自我觉察能力吗？没有大脑皮层来支持认知活动，他们就无法知道自己是否是自我觉察的。要想完全察觉自己是否拥有意识体验，我们至少需要大脑皮层与皮层下层级的同时参与。
