很长一段时间以来，人们相信一切形式的意识活动来源于大脑皮层；没有大脑皮层，我们不仅会丧失意识，而且会在各种层面上都无法产生意识，彻底成为一个无意识的植物人21。但是，大脑皮层也可能只是一系列用来增强意识体验的拓展程序。没错，它为我们提供了许多灵活的认知能力，可以随机应变、保持在线，但是，对原始的主观感受来说，大脑皮层可能并不是一个必需品。
在大脑皮层之下存在许多皮层下网络，后者对维持意识状态非常关键。这些皮层下结构的损伤会导致昏迷，使人或动物无法对外界做出反应，在旁观者看来，就如同丧失了意识22。在这种情况下，即使大脑皮层功能健全，也无法弥补皮层下结构损伤带来的后果。
过去，谈论意识状态与无意识状态的区别很大程度上是在纠结文法定义。“意识”一词缺乏客观性，因为定义个体存在的主观体验本身就是一件很难的事情。这也是为什么如今人们还在就意识的特征和定义争论不休。但是，一旦进入临床环境，判断病人意识状态就成了首要任务，意识与无意识的区别不再停留在纸面，而成为一个伦理问题。如果把一个存在意识的病人判定为无意识，从而不采取任何止痛措施，就无异于施刑。
The Consciousness Instinct
尽管术语定义依旧模糊，已有证据强力地证明，一些形式的意识活动不需要大脑皮层参与。皮层下系统似乎有能力独立产生主观感受。
这个证据来自儿科诊所。令人悲伤的是，一些孩子生来有无脑畸形（遗传或发育问题导致的大脑皮层缺失）或积水性无脑畸形（残余少量大脑皮层，可能由胎儿时期的创伤或疾病导致）。神经科学家比约恩·默克（Bj?rn Merker）在职业生涯早期开始对皮层下结构产生兴趣。由于积水性无脑畸形的病例很少，已有的信息也十分有限，为了更多地了解这些孩子和他们的病症，他加入了一个国际性的积水性无脑畸形儿父母和监护人团体。他认识了一些这样的家庭，并和他们在迪士尼乐园度过了一整周。在那期间，他发现这种孩子“不仅是清醒的，有时还表现出警觉性，并且能对周遭环境做出有情绪的反应，或是对周围事物做出有目的性的回应……他们会用微笑和大笑表达喜悦，会用烦躁、弓背和哭表达（不同层次）的厌恶，他们的脸上会因这些情绪状态产生生动的变化。熟悉孩子的成年人能够通过这些反应创造出一系列游戏，可预测地在孩子身上激发出微笑、咯咯笑、大笑和嫉妒兴奋的表现”23。即便没有大脑皮层及其产生的认知活动，这些孩子依旧能感受情绪，拥有主观体验，并且持有意识。你一眼就能看出他们和大脑皮层完好的健康孩子之间的差别，但他们是清醒的，他们对刺激做出的情绪反应也是正常的。
通过多年的研究，默克得出结论，他认为中脑是产生有意识的主观体验的基础。没错，大脑皮层能够让主观体验的内容变得更丰富，但产生体验的能力本身来自中脑结构。这一结论的伦理意义是巨大的。默克发现，无脑畸形儿的父母经常会遇到这种情况，当孩子在接受侵入性检查时，如果他们要求为孩子上止痛措施，不少专业的医护人员都会表示惊讶。
也有反对的声音指出，这些孩子多少还保留着部分大脑皮层结构，因此直接得出皮层下结构产生主观体验的结论可能不妥。但是，每个孩子脑中完好的大脑皮层都不一样，行为表现却很一致，并且与脑组织的存留情况并不对应。例如，听觉皮层组织很少有保留，孩子们的听力却还完好；视觉皮层通常能够存留，视力受损反而更为常见。
有关动物情绪体验的研究进一步强化了默克的理论。神经学家贾克·潘克斯普（Jaak Panksepp）致力于动物情绪机制研究50余年。他将意识分为两类：进化上较为古老的情绪意识（关于原始情绪感受的意识），以及后来出现的认知意识（让个体能够思考自己的情绪感受）。在一次演讲中，他讲述自己曾经给本科生布置了一项期末实验作业。他为每位学生准备了两只大鼠作为研究对象。其中一只大鼠被切除了大脑皮层，只保留皮层下组织。另一只大鼠接受的是假手术，也就是说手术照样进行，但其实并没有切除任何脑组织。学生需要让两只大鼠完成一系列在课程中学习到的任务，并研究大鼠的表现。观察时间结束后，他们需要推测到底哪只老鼠的大脑皮层被切除了，并阐述理由。结果，在全班16个学生中，竟然有12人把正常的大鼠选为大脑皮层被切除的大鼠！
这些本科生观察的是大鼠的动机性行为，诸如觅食、交配、在受到攻击时反击或逃跑，以及和其他大鼠玩闹打斗24。在学生们看来，大脑皮层被切除的大鼠的行为很符合鼠类的特点，以至于让他们相信这些大鼠是正常的！如果大脑皮层是协调意识活动的唯一脑区，那么切除大脑皮层应当会导致大鼠对玩闹的同伴或其他外界刺激无动于衷。然而，大脑皮层切除没有彻底消除它们的基本能力和反应，这意味着上脑干区域足以维持相当程度的行为活动，包括大鼠的情绪及动机感受，接下来我们将对此展开详细的讨论。
