相反，最可怕的一种脑损伤莫过于位于脑干的脑桥腹侧的损伤。这一区域的神经元负责连接小脑和大脑皮层，一旦受损，就会使人无法运动却意识清醒。一个著名的病例是法国ELLE杂志的主编让-多米尼克·鲍比（Jean-Dominique Bauby），他在43岁时突发卒中。数周后，他从昏迷中醒来，意识清醒，没有任何认知损伤，然而无法移动身体的任何一个部分，除了他的左侧眼皮17。这意味着他无法说话，也无法告诉别人自己是清醒的。他不得不通过自主眨眼的方式等待别人来发现这一点。这种病症被称为“闭锁综合征”。幸运的病人（如果这还能叫幸运的话）可以自主眨眼或转动眼球，尽管可动的范围很小，并且会让他们感到疲劳。他们可以通过这种方式与外界交流。但那些不幸的病人就完全与世隔绝了。
在很多情况下，护理人员要花费数月甚至数年时间才能发现病人是意识清醒的，在此之前，病人就不得不在无麻醉的情况下承受各种医疗操作，并且只能默默聆听别人谈论自己的命运，却无法加入谈话。鲍比在大家发现自己有意识后，牢牢抓住了自己眨眼的能力。他写了一本书来描述自己在瘫痪期间的意识体验。他躺在病床上默默组织语句并将之牢记。每天4小时，会有一位代笔人耐心地坐在他旁边，按使用频率朗诵法语字母表，一旦念到想要的字母，鲍比就会眨眼示意。2万次眨眼后，《潜水钟与蝴蝶》（The Diving Bell and the Butterfly）完成了。在前言中，他以第三人称描述了自己从昏迷中苏醒时的情景，说自己“从头到脚不能动弹，头脑是完整的，却被困在了自己的身体里，无法说话，无法活动。对我来说，眨动左眼皮是唯一的交流方式”18。他还说自己感觉身体僵硬，并且能感觉到疼痛，但是，接下来他如此写道：
我的思想像蝴蝶一样翩然起飞。能做的事情有很多。你可以在空间或时间中任意游荡，可以去看火地岛，也可以去参观米达斯王的宫殿。
你可以去拜访你心爱的女人，轻轻飘落在她身边，抚摸她睡梦中的面庞。你可以在西班牙建造城堡，可以盗取金羊毛，可以发现亚特兰蒂斯，可以实现你孩童时的梦想与成年后的野心19。
鲍比是人类适应能力的杰出代表。事实上，闭锁综合征的病人普遍展现出惊人的适应能力，75%的人很少或从来没有产生过自杀念头20。即使在如此严重的脑干损伤之后，意识依旧能存活下来，一同保留的还有关于病人关于现在和过去的完整感受。
The Consciousness Instinct
模块和层级受损或出现故障后会产生奇怪的行为。从大范围大脑皮层损伤紊乱引起的阿尔茨海默病，到脑干损伤引起的特定疾病，一幅关于意识的图景开始显现：我们必须同时理解大脑皮层和皮层下结构，才能彻底掌握瞬息万变的意识体验。
有没有这种可能：其实所有能被我们意识到的思想活动都产生自少数几种情绪状态，正是这些情绪状态使得我们对这些思想产生了主观体验？大脑层级化结构理论认为在进化意义上较为古老的大脑系统仍在负责判断“战斗或逃跑”和寻偶觅食，并且可以在认知层级的控制之外活动，那么上面的假设能否用这种理论来解释？层级结构模型能否为我们提供新的途径，以理解我们身为意识生物的构造原理？
