层级的工作协议约束了输出的可能性，但没有规定具体的输出内容。去约束的约束和因果关系不一样。假设你正在为一场派对准备穿着，你衣柜里的存货（或许还有你对常人派对穿着的理解）约束了你的选择，却没有指定具体的服装，你依旧可以有多个选项。工作协议中去约束的约束不会指定输出。如果没有意识到自己正在处理层级结构的工作协议，并先入为主地认为工作协议指定了输出内容，就会带来一系列问题。你可能会试图从行为表现中预测神经发放模式，或者说产生行为的“大脑状态”。伊芙·马德（Eve Marder）24是一位了不起的生物学家，她研究的是龙虾的消化道。她的研究工作很好地证明了这种思维方式的错误。
在这项研究中，马德的研究对象是龙虾的“消化层级”，她检查了肠道的收缩情况。她将每一个神经元和突触分离出来，并详细研究了它们的神经递质活动，后者与龙虾的肠道运动密切相关。就像你的衣橱能产出数百万套装扮（你可以用各种奇奇怪怪的方法进行搭配，比如袜子套手上、短裙底下穿牛仔裤等等），她也在这个小小的肠道中发现了200万种可能的神经网络组合。但是，和你的穿着一样，工作协议的约束减少了输出的可能：只有一小部分神经网络是可行的。你不会把内裤穿在休闲裤外面，也不会在晚礼服下面穿夹克衫，虽然如果你想的话也不是不可以。但是，成百万上亿个选项中的一小部分依旧是一个庞大的数字。事实上，有1%～2%的神经网络是有功能的，也就是由这寥寥数个神经元组成的10万～20万种神经网络会产生龙虾的肠道活动。要想完成运动层级的任务，方法有很多，就如同穿搭的方式有很多种。对神经元发放来说，解决问题的方式千千万万，这就是“多重实现性”。也就是说，同样的认知特性、状态或事件可以由不同的神经发放模式来完成。这看似是一种进化时间或生化能量的浪费。但这也意味着如果一条通路走不通了，就有另外一条通路接棒。
层级化系统通过发展出多用途的部件来节约资源。例如，在大脑的生化层级，有很多蛋白质在信号通路和反馈回路中负责多个环节，从而可以在多个层级参与对系统的调控25。系统不再需要为每个层级单独设计部件，从而节省了能源。
另外一项节约能源的特性是平行加工带来的损害机制。例如，多细胞生物中存在细胞层级，每个细胞单独进行新陈代谢，独立行使职责；同时也有一个组织层级，由许多细胞合作组成，在组织的工作协议下完成任务。细胞层级中的细胞拥有自己的工作协议，也许和组织中的其他细胞一模一样，但是独立运作的。如果一个细胞受损，只需花费少量资源来修复这一个细胞，而不是修复整个组织。并且，如果细胞的受损程度过重无法修复，组织的功能很可能不会受到影响，因为一个细胞的缺失通常是可以被忽略的。但是，在层级化系统中，如果一个负责将信息从一个层级传至其他层级的核心部件出了问题，系统是可能会崩溃的。依旧以生物组织为例，如果负责连接细胞的蛋白质出了问题，信息就无法从单细胞层级传递至组织层级，这样一来，整个系统就宕机了。尽管存在缺陷，生物系统的层级设计依旧是有利的，因为它减少了系统中可产生严重后果的攻击点个数，并限制了攻击对其他区域的影响。
柯施那和格哈特提出，灵活性高的遗传性状为复杂生命体打开了进化之路，因为可变性高的系统往往对致命突变更宽容。生物群体之所以能发生进化，正是因为层级化系统产生的性状变化。因此，层级化系统的“可进化性”为适者生存做出了巨大贡献。
