平定三藩之乱。
铲除鳌拜虽然使康熙帝长舒一口气，但接下来“三藩之乱”的爆发，则使他再次面临更为严峻的考验。
三藩，指平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠分别掌管的云贵、广东、福建势力范围。耿精忠的爵位袭自其父继茂，而继茂袭自其父仲明。这个格局，确立于顺治十七年（1660年）。
中国社会科学院历史研究所研究员林存阳
清王朝最早建立三藩的目的是为了解除朝廷的南顾之忧，就是希望他们来屏障朝廷，即通过笼络、利用吴三桂等人，收“以汉制汉”之效。应该说，这一设计有其合理性，也确实收到了很大成效。不过，也存在着一些隐患，如三藩之王能否对朝廷一直忠心不二， 三藩势力一旦坐大，朝廷如何应对，等等。
此后，清廷担心的事情，慢慢都变成了现实。
三藩不仅垄断地方财政、聚敛财富，还不断以兵饷和行政开支为由，向朝廷伸手索要巨额经费，这给朝廷造成了沉重的经济负担。
三藩虽非封地，但操纵着当地官员的任免大权，吴三桂节制的云贵地区尤其如此，这既是朝廷授予三藩特权的后果，也是三藩专擅一方的恶性膨胀，这些地区简直成了“独立小王国”。
更为严重的是，三藩各握兵柄，拥兵自重，虽然仅占全国总兵力的十分之一，但他们手下的兵，只知为藩王家丁，不知有朝廷。而且，除额定兵外，三藩还拥有数量众多的私人武装力量。这对清廷无疑是一个很大的潜在威胁。
三藩尾大不掉之势就这样形成了，与朝廷的关系也变得越来越紧张。
三藩割据的发展态势，逐渐引起朝廷关注。顺治年间，已有部分官员开始上疏弹劾三藩的不法行为；康熙初年，庆阳知府傅弘烈奏告吴三桂图谋不轨，浙江巡抚范承谟更上书呼吁撤掉三王。这引起康熙帝高度警觉，将三藩问题视为一大心病。但因对付鳌拜，时机尚不成熟，他没有贸然行动，只是暗中为解决这一隐患做积极准备。铲除鳌拜之后，解决三藩问题遂正式提上日程，康熙帝着手对三藩有针对性地进行压制。这让藩王们感到很是不安。
康熙十二年（1673年），平南王尚可喜的上疏，成为引发撤藩与否问题的导火索。三月，尚可喜疏请撤藩，归老辽东，并请求由其子尚之信袭爵留镇。此时，康熙帝认为撤藩的时机来了。他一面夸尚可喜能识大体，一面以藩王见存、子无移袭之例为由，拒绝了由尚之信袭爵留镇的请求，明令全藩北撤。
这一决定，不仅表明康熙帝对撤藩的明确态度，实际上也是对吴三桂、耿精忠的一个暗示。
为试探康熙帝对自己的态度，吴三桂、耿精忠于七月也疏请撤藩。康熙帝将计就计，表示同意，并令议政王大臣商讨迁移之事。
当时，对撤掉耿藩，朝中意见是一致的，但撤不撤吴藩，分歧很大。除兵部尚书明珠等少数人赞成撤外，大多数廷臣如图海、索额图等认为不宜撤。康熙帝心意已定，力排众议，坚决撤藩。八月初六，下令三藩全撤。十五日，派遣礼部侍郎折尔肯等分赴云南、广东、福建，处理撤藩事宜。
吴三桂没想到自己弄巧成拙，大为恼怒，在手下的怂恿下，密谋反叛。十一月二十一日，吴三桂处死不肯依附他的云南巡抚朱国治，扣留钦差折尔肯，公开举兵叛清，拉开了三藩之乱的序幕。
吴三桂像
在吴三桂的影响或胁迫下，一时间叛乱四起。耿精忠于康熙十三年（1674年）三月十五日、尚之信于康熙十五年（1676年）二月二十一日，先后举起叛旗。广西将军孙延龄、陕西提督王辅臣，分别于康熙十三年二月、十二月反叛。此外，像一些前明遗老、降清官将、据守台湾的郑氏集团，也都纷纷加入反清行列。就连蒙古的一些部族，也趁机入边侵扰。
面对如此严峻的局势，康熙帝并没慌乱，而是根据形势的发展，采用分化瓦解、剿抚并用与军事行动配合的策略，从容镇定地对平乱事宜做出部署。
一开始，由于吴三桂等叛军势头猛烈，多路进攻，清军疲于应付，处于不利局面。康熙十五年之后，康熙帝对战略部署重新做了调整，形势逐渐向有利于清军的方向发展。节节败退、越来越孤立的吴三桂，于康熙十七年（1678年）三月，在衡州（今湖南衡阳）称帝，但八月就病亡了，其孙吴世璠于十月即位。此后，局面完全反转，清军展开全面进攻。康熙二十年（1681年）十月二十八日，吴世璠见大势已去，在昆明城内自杀。二十九日，吴国柱等率众出城投降，清军顺利入城，戮吴世璠之尸，将其头颅传送京师。
一场历时八年、战火燃遍大半个中国的大动乱终于被平定了。康熙帝得捷报后，写了一首《滇平》诗，以表达心中的喜悦和感慨：“洱海昆池道路难，捷书夜半到长安。未矜干羽三苗格，乍喜征输六诏宽。天末远收金马隘，军中新解铁衣寒。回思几载焦劳意，此日方同万国欢。”
平定“三藩之乱”，对清王朝来说，是基本实现统一大业、确立稳固统治的一个重要标志。经过三十八年的不断努力和开拓，清朝逐渐摆脱动乱的困扰，进入平稳发展时期。
