关于第一批美洲人扩张历史的遗传学发现，也帮助解决了一个语言学上的争论。早在17世纪，人们就注意到了美洲原住民语言超乎寻常的多样性。一些欧洲传教士认为这是魔鬼的伎俩，企图阻止他们向美洲原住民传教，因为他们为了给一个部落传教而学会的语言，到了一个新的部落那里就没有用了，不得不重新学习新的语言。语言学家大致可以分成两类：分割派（splitters）与统合派（lumpers）。分割派强调语言之间的差异，而统合派则强调它们共同的起源。莱尔·坎贝尔（LyleCampbell）是最极端的分割派中的一位。他把大约1 000多种美洲原住民语言划分为大约200个语系。此处语系指一组相近的语言。有些语系的使用区域甚至只是局限在某个河谷里。32约瑟夫·格林伯格（Joseph Greenberg）则是最极端的统合派中的一位。他认为所有的原住民语言可以被划分为三个语系。这三个语系的分割有着非常久远的历史，也代表着三次从亚洲进入美洲的大迁徙事件。
在解读美洲原住民语言相互关系方面，坎贝尔与格林伯格之间的冲突非常著名。坎贝尔认为格林伯格的三分法是如此令人反感，以至于他在1986年写道：格林伯格的分类法应该被高声喝止。33事实上，格林伯格三分法中的两个语系是无可置疑的：爱斯基摩－阿留申语系（Eskimo-Aleutlanguages）和纳－德内语系（Na-Dene languages）。许多西伯利亚、阿拉斯加、加拿大北部和格陵兰岛的原住民部落使用爱斯基摩－阿留申语系，而使用纳－德内语系的主要是住在北美北部太平洋沿岸、加拿大北部内陆和美国西南部的一些原住民部落。
格林伯格三分法令许多语言学家反感的最主要原因是它的第三个语系分类——印第安语系（Amerindlanguages）。格林伯格主张这个语系涵盖了大约90%的美洲原住民语言。他的研究方法是选择了几百个词汇，然后看这些词汇在不同语言里的使用情况，根据这些词汇的共用程度进而对语言的相似程度打分。通过这种方法他发现了这些语言有非常高的共用程度，于是他认为这就是这些语言存在共同起源的证据。从他的角度看，原始印第安语就是第一批到达大冰盖以南的美洲人所使用的语言。他发现，通过他的研究方法，所有美洲的爱斯基摩－阿留申语系和纳－德内语系以外的语言都可以被归类到印第安语系，所以他推论说，这些语言学证据支持存在着三次从亚洲进入美洲的大迁徙事件（见图20）。如果还有其他的大迁徙事件，那么它们应该就会带来新的语系。
图20 当下所有的美洲原住民部落都有很大一部分血统来自第一批美洲人
这个简单的树状图描述了三个美洲原住民分类之间的遗传关系。这三个美洲原住民分类是由格林伯格根据语言学数据提出来的。它们正好对应三次不同的进入美洲的大迁徙事件。但是格林伯格并不知道其实三个类别的美洲原住民都有很大一部分血统来自第一批美洲人：使用纳－德内语的原住民大约90%的血统来自第一批美洲人，而使用爱斯基摩－阿留申语的原住民则是大约60%。
对格林伯格的想法的批评非常尖刻。有一些批评意见认为他使用的词汇列表太短，不能被用来确认语言的共性。另外一些批评意见认为这些词语并不一定有着共同起源。因为语言的变化很快，如果两个语言之间的分化时间超过了几千年，那么要识别共用的词汇就会非常困难。而格林伯格主张的语言间的关联非常久远，发生在上万年以前。
但是，格林伯格的理论确实说对了某些事情。他的印第安语系分类几乎精确地对应了遗传学上定义的第一批美洲人。他基于语言学推断的一些部落之间的密切关系，在已有的遗传学数据中也得到了证实。而当前美洲原住民语言的极度区域化现象，也正反映了从同一股迁徙潮流中衍生出当下绝大多数部落的历史。如果看一看当前的语言世界地图，我们就可以清楚地发现，美洲的模式跟欧亚大陆或者非洲的模式有本质上的不同。在美洲，极小的地理区域里会出现几十种语言。而在欧亚大陆或者非洲，常常是一大片土地上的人都说着非常相似的语言。这些语言可分为几大语系，例如印欧语系、南岛语系（Austronesian）、汉藏语系和班图语系（Bantu）。每一种语系都反映了一次大规模人群迁徙以及群体替代的历史事件。第一批美洲人的扩张是如此迅速，以至于当今美洲原住民的语言之间的相互关系就如同一把叉子上的叉齿，每一种语言都平行地从一个共同起源往外延伸。这个共同起源的时间，大致就是现代人第一次进入美洲的时间。34所以，遗传学和语言学的证据都共同支持这样一种理论：许多当下的美洲原住民部落就是从第一批美洲人的迁徙中衍生出来的，并一直居住在原地。这也暗示了，美洲与欧亚大陆和非洲相比，自从第一次大迁徙之后，群体替代事件发生得并不频繁。
虽然遗传学数据为格林伯格理论的基本框架提供了强有力的支持，但是它在一些具体细节上并不正确。虽然爱斯基摩－阿留申人和纳－德内人的部分血统来自不同的起源于亚洲的迁徙，因而他们在遗传上可以跟其他美洲原住民部落区分开，但是这两组人群的血统都有很大一部分是来自第一批美洲人。爱斯基摩－阿留申人有大约60%的血统来自第一批美洲人，而这个数字在一些纳－德内人里甚至达到了接近90%。35所以，虽然格林伯格推断的三个语系正好对应了三个祖先群体，但是其中的第一批美洲人有着支配性的影响，为当前的所有美洲原住民部落都贡献了大多数的血统。
