明代的两京制与“天子狩边”。
迁都北京的两个最直接的后果是：一、南京成了陪都；二、“天子狩边”的形成。北京成为都城后，朱棣决定保留南京为陪都，从而形成了两京制度。两京制不是朱棣的发明。然而，明朝却似乎是将两京制度设计得最为规整的一个朝代。明朝在南京保留了整套的中央机构，包括吏、户、礼、兵、刑、工六部及都察院、大理寺等机构，差别就在于南京各部门的名称之前要加上“南京”二字。南京和北京，以及连接南北的运河大动脉，一起构成了明帝国的战略核心，非但控制着大平原，也可以让皇帝对富饶的长江中下游与多事的北方边境进行直接控制。
然而，没有帝王驻留的京城，终归是要衰落的。从正统六年（1441年）到明朝灭亡，整整两百多年间，南京只迎接过那位贪玩成性的武宗皇帝。明朝皇帝，即便厌倦紫禁城里的生活，也似乎很少有出巡的爱好与勇气。因此，南京总是在一种崇高的名分与卑微的现实中，与明王朝相终始。于是，总有一些让皇帝不太满意的高级官员，被安置到南京。嘉靖初年，一位被皇帝派往南京的高级官员则感慨地赋诗道：“江南闲煞老尚书！”颓坏的宫殿、闲散的官员、诗酒风流的秦淮河，以及在晚明被迫与临近的苏州、松江竞争文化中心地位的处境，成了南京城在明朝二百余年间有形的、无形的资产。
迁都北京，可以说是明朝初年最大的体制改革。对于明帝国来说，最大的威胁不是西方和南方，也不是东面和南面的海洋，只有北方的蒙古才足以构成真正的军事威胁。需要大量屯兵的地方只是北方。以北京为都城，皇帝就能够牢牢掌握那些军队，甚至可以亲自统率军队征战。
然而，迁都北京固然加强了明朝的北部边防，但都城距离边境太近，也容易成为游牧的少数民族攻击的目标。终明一朝，北京多次暴露在蒙古及满洲等少数民族军队的直接攻击之下。一旦大同、宣府等边镇告急，京师就将进入戒严状态。弘治十三年（1500年），兵部在给皇帝的奏疏中说：“顷北虏入寇大同，势甚猖獗，京师戒严，人心忷惧。”正统十四年（1449年）和嘉靖二十九年（1550年），蒙古骑兵两度兵临北京城下。
迁都带来的间接影响，可能还包括朝廷对南方逐渐失去了兴趣，以及相应带来的航海事业的停止。法国年鉴派学者布罗代尔写道：“（郑和）的船队于1433年7月22日回到南京。……明代的中国无疑将面临北方游牧民族日益强大的威胁。首都从南京迁到了北京。（大航海）这段历史已经成为过去。”
