苛察吏治与亲藩体制。
“自暴秦以后所绝无而仅有者。”这是清初主修《明史》的学者万斯同对朱元璋杀戮功臣之惨的感叹。开国立制之余，朱元璋的许多治国措施都是非制度性的，其中最为后人所诟病的，无疑是他大杀功臣的行为。朱元璋屠戮功臣，残忍而且彻底。
胡惟庸之死，标志着一场声势浩大的杀戮行动已经拉开了帷幕。洪武十九年（1386年），胡惟庸的罪名变成“通倭谋逆”，株连三万多人，包括原中书省左丞相李善长。洪武二十六年（1393年），大将军蓝玉以谋反之罪被处死，株连一万五千人。朱元璋为胡惟庸案和蓝玉案分别编纂了《昭示奸党录》和《逆臣录》。通过胡、蓝之狱，朱元璋总共诛杀四万余人，其中封公、封侯、封伯的大功臣就将近四十人。
明大将高阳伯李文铁券（铁券凹面镌有十字：若犯死罪，禄米全不支给。）
平民出身的朱元璋，认为元朝灭亡的主要原因是官吏腐败。因此，在与其官僚机构打交道的过程中，朱元璋的内心充满紧张。洪武十五年（1382年）的空印案，充分反映了朱元璋的偏激心态。
每年，各地布政司与府、州、县都要派人到户部报告地方财政状况。远道而来的官员们往往会带上事先盖好衙门印信的报销册。一旦原来呈报的报销册有误而被驳回，他们便在南京修改，从而省去往来的旅途劳顿。
这原本是公开的秘密。然而，这一现象被朱元璋得知后，他断言其中必定存在腐败。他下令将各地衙门掌管印信的长官一律处死，副手打一百杖然后充军。这就是空印案。在空印案中，朱元璋似乎与整个官僚机构为敌。
朱元璋绝对是一个苛察的统治者。他在《皇明祖训》中告诫子孙要以法治国，切勿“法外用刑”。然而，他却认为自己可以“法外用刑”，因为自己“亲理天下庶务，人情善恶真伪无不涉历”。这种矛盾陈述，透露出这位开国之主极强的自负。在殿廷上肆意杖责大臣，以提高皇帝的威权，称作“廷杖”。设置锦衣卫及镇抚司狱，直属皇帝指挥，也是朱元璋法外用刑的专政工具。
朱元璋对官员们的监视也很严密。有些官员在家里作一首诗，第二天朱元璋就会知道。有些官员在上朝前，会先与家人诀别，因为担心晚上会回不来。朱元璋对官吏的贪腐行为也予以严惩，官吏凡贪污六十两银子以上就会被处以死刑。因此，在洪武一朝，士大夫们多数将做官视为畏途。这就是明太祖的“以重典驭臣下”。
洪武二十八年（1395年），朱元璋编定《皇明祖训》。这部明朝皇帝的家法，同时也是国法。年近七旬的朱元璋对身后的事情做了周密的安排。他强调，朱姓诸王在朝廷出现“奸臣”时可以奉密诏“靖难”。清朝的四库馆臣们点评道，朱元璋《祖训录》（即《皇明祖训》）所念念不忘的，即其“亲藩体制”。
从洪武三年（1370年）起，朱元璋将其儿子陆续分封到各地。藩王有极高的地位，拥有护卫军。朱元璋封王建藩的目的，就是要子孙共同维护朱姓天下。
然而，所谓亲情，永远只是一个相对有限的圈子，是一个以核心家庭为中心向外适度扩散的圈子。而且，朱元璋大概也没有想到，祸起萧墙往往比来自外部的攻击更具有毁灭性！
农民出身的朱元璋有强烈的“家天下”思想，这点很像汉代的开国皇帝刘邦。刘邦分封同姓诸王，杀白马以盟，称“非刘氏而王，天下共击之”。朱元璋分封诸子为王，是出于同样的目的，希望通过分封来保证朱氏家族永远的尊荣。平民出身的帝王，于历尽磨难、苦尽甘来之际，小家子气自然流露。汉代在分封后不久便发生诸侯王叛乱，即“七国之乱”。明初曾有人以“七国之乱”的史实来提醒朱元璋。但是，朱元璋却认为这些人在“间吾骨肉”。像叶伯巨这样敢说真话的小臣，最终就死在了监狱之中。然而，从历史趋势来看，朱元璋分封诸王，与加强中央集权是背道而驰的。
明孝陵
洪武三十一年（1398年），朱元璋完成了他人生的谢幕。从农民变为皇帝，朱元璋的一生绝对可以用传奇来形容。他改变了中国的历史，创建了一个持续了二百余年的王朝。明朝灭亡后，清朝的康熙帝到南京谒祭朱元璋孝陵，题下“治隆唐宋”四字。清修《明史》对朱元璋的评价是：“武定祸乱，文致太平，太祖实身兼之。”当然，这都是传统史家对朱元璋的评价。今天看来，朱元璋的历史地位有两点：首先，他结束了元末二十余年的战乱，统一全国，建立了一个统一的大明帝国；其次，正如吴晗在《明史简述》中所说，他创造了一个“历史上从来没有过的高度中央集权制的政治系统”。
康熙帝题“治隆唐宋”碑
也许，在朱元璋闭眼的那一刻，他是安详的，他自认为给子孙留下了千秋大业，解决了所有他认为有可能出现的问题。然而，建文四年（1402年），分封在北平的燕王朱棣推翻了朱元璋所立的继承人——长孙建文帝朱允炆，夺取皇位。这大概是朱元璋始料未及的。一位清初诗人在游历南京时写了一首诗，诗的前两句是：“靖难师来孰闭门，孝陵云树黯销魂。”孝陵是朱元璋的陵寝。在诗人的笔下，黯然销魂的孝陵云树，是皇室骨肉相残惨象的真实写照！早已撒手人寰的朱元璋，如地下有知，不知会有何感想！
