气
如果只是有“理”，那就只能有“形而上”的世界。要造成我们这个具体的物质世界，必须有“气”，并在气上面加上“理”的模式，才有可能。朱熹说；“天地之间，有理有气。理也者，形而上之道也，生物之本也；气也者，形而下之器也，生物之具也。是以人、物之生，必禀此理，然后有性；必禀此气，然后有形。”(《答黄道夫书》，《文集》卷五十八)
他又说：“疑此气是依傍这理行。及此气之聚，则理亦在焉。盖气则能凝结造作；理却无情意，无计度，无造作。……若理则只是个净洁空阔的世界，无形迹，他却不会造作。气则能酝酿凝聚生物也。但有此气，则理便在其中。”(《语类》卷一)我们在这里看出，朱熹是说出了张载可能要说而没有说的话。任何个体事物都是气之凝聚，但是它不仅是一个个体事物，它同时还是某类事物的一个个体事物。既然如此，它就不只是气之凝聚，而且是依照整个此类事物之理而进行的凝聚。为什么只要有气的凝聚，理也必然便在其中、就是这个原故。
关于理相对地先于气的问题，是朱熹和他的弟子们讨论得很多的问题。有一次他说：“未有这事，先有这理。如未有君臣，已先有君臣之理；未有父子，已先有父子之理。”(《语类》卷九十五)一个理，先于它的实例，朱熹这段话已经说得十分清楚了。但是一般的理，是不是也先于一般的气呢？朱熹说：“理未尝离乎气。然理形而上者，气形而下者。自形而上下言，岂无先后？”(《语类》卷一)
另一个地方有这样一段：“问：有是理便有是气，似不可分先后。曰：要之也先有理。只不可说今日有是理，明日却有是气。也须有先后。”(同上)从这几段话可以看出，朱熹心中要说的，就是“天下未有无理之气，亦未有无气之理。”(同上)没有元气的时候。由于理是永恒的，所以把理说成是有始的，就是谬误的。因此，若问先有理，还是先有气，这个问题实际上没有意义。然而，说气有始，不过是事实的谬误；说理有始，则是逻辑的谬误。在这个意义上，说理与气之间有先有后，并不是不正确的。
另一个问题是：理与气之中，哪一个是柏拉图与亚力士多德所说的“第一推动者”？理不可能是第一推动者，因为“理却无情意，无计度，无造作”。但是理虽不动，在它的“净洁空阔的世界”中，却有动之理，静之理。动之理并不动，静之理并不静，但是气一“禀受”了动之理，它便动；气一“禀受”了静之理，它便静。气之动者谓之阳，气之静者谓之阴。这样，照朱熹的说法，中国的宇宙发生论所讲的宇宙两种根本成分，就产生出来了。他说：“阳动阴静。非太极动静。只是理有动静。理不可见，因阴阳而后知。理搭在阴阳上，如人跨马相似。”(《语类》卷九十四)这样，太极就像亚力士多德哲学中的上帝，是不动的，却同时是一切的推动者。
阴阳相交而生五行，由五行产生我们所知道的物质宇宙。朱熹在他的宇宙发生论学说中，极为赞同周敦颐、邵雍的学说。
