鼯猴的故事
鼯猴本来可以给我们讲一讲在东南亚夜晚的森林里滑翔的故事，但考虑到我们朝圣的目的，它有一个更切实际的故事要讲，而这个故事的寓意是一个警示，警告我们这个看起来井然有序的故事其实并非定论，随着新研究成果的出炉，无论是共祖、会合点还是朝圣者加入的次序，都很可能遭遇异议和修改。本章开头的系统发生图来自一份针对小片段DNA密码插入和缺失突变的研究，我们在《长臂猿的故事》末尾讨论过这种稀少且可靠的突变。该研究表明，我们灵长类跟鼯猴的关系比跟树鼩的略近一些。在本书的上一版里，鼯猴和树鼩是作为同一个团体加入我们的，当时的依据是早先的遗传研究。而在分子证据出现以前，正统的分类学认为只有树鼩是在这个会合点加入灵长类的，而鼯猴还要再等一等，甚至还要等很久。
我们不能保证我们目前的图景以及我们现在为会合点排的次序会一成不变。近期另一些证据提醒我们也许应该复活我们的旧观点，其中既有化石证据，也有关于单个大规模染色体变异的分子证据。未来的进展也许会催生一种完全不同的安排，再次改变我们的排序。正是由于这种持续的不确定性，我们没有给鼯猴和树鼩各自单列一章。以疑虑和不确定性作为一篇故事的寓意似乎挺难让人满意，但趁着我们的朝圣之旅还没有深入太远，这是我们必须学习的重要一课。同样的教训也适用于许多其他会合点。
我们也可以在系统发生树上以多条分支来表示分支的不确定性（即多分支图，参见《长臂猿的故事》）。有些作者会采用这种办法，尤其是科林·塔奇，他在《生命多样性》（The Variety Of Life）一书中为地球上所有生命的系统发生做了精彩的总结。但是在某些分支上采用多分支图会有让人误以为其他分支极其可靠的风险。自塔奇的书在2001年出版以来，分类学发生了一次重大的变革，正如我们将在第13会合点看到的那样，现在认为胎盘类哺乳动物分成4个主要系群。他对这些区域的分类在以前被认为是合理而清晰的，但现在情况发生了根本性变化。本书也可能遭遇同样的情形，而且这样的情形未必只局限于鼯猴和树鼩。在第13会合点，我们会遇见非洲兽总目和异关节总目的哺乳动物，对于它们加入朝圣的先后次序，我们甚至更加不确定。在第18和第19会合点，肺鱼和腔棘鱼的排序仍然偶有争议。化石证据和遗传证据对海龟的位置各执一词（第16会合点）。最近对栉水母（ctenophore）基因组的测序结果使人对它们的分类位置存有疑虑（第29会合点）。而所有这些例子当中最不确定的也许要数多细胞生物主要系群的分支（第38会合点）。
至于其他会合点，比如猩猩所在的那个会合点，已经几乎确定无疑，这种会合点自然是喜人的，而且其数目正在增加。也有一些介于确定和不确定之间的情形。所以，与其以近乎主观的方式判断应该对哪些系群进行完整的解析，我们宁愿在主桅杆上钉上各种颜色的旗帜，代表或多或少的不确定性，并在正文中尽可能地对存疑的地方加以解释（只有一个例外，即第36会合点，那里的次序太不确定了，连专家们都不愿做没有把握的猜测）。等到适当的时候，随着新证据的出现，可能会发现我们这些会合点当中有一些连同它们的系统发生树都是错的，只是希望这样的点不要太多[159]。
若是有读者觉得不确定性使人感到不安，那么他可以从三件事中获得安慰。首先，自本书第一版出版以来，这10年的新数据基本上证实而不是推翻了书中所做的合理推测，我们对眼镜猴的位置（第7会合点）以及七鳃鳗和盲鳗（hagfish）的分组（第22会合点）有了更多的共识。其次，我们知道哪些地方存在不确定性。除了一个例外（第23和第24会合点交换位置）之外，本书中会合点的变化只发生在我们先前指出存有争议的地方。第三，有些情况下，有争议的研究正是我们期待看到的。就像我们在《长臂猿的故事》的序言里讨论的那样，当两个会合点相距很近时，可以预计基因组中不同区域具有不同的进化树。这也许是为什么有少数鼯猴基因仍然不支持本次会合点中的分支次序。那些最终进化成鼯猴、树鼩和灵长类的原始鼩鼱样哺乳动物都是在短短几百万年间先后形成的。这一效应也许能够解释我们在旅程中好几处地方遇到的矛盾，特别是第13会合点。由对进化史的误解导致的争论正变得越来越少。
对于以前那些没有绑定进化标准的分类系统来说，可能的争议主要在于偏好和判断的分歧。一个分类学家也许会出于博物馆样本展览便利的考虑，认为应该把树鼩跟鼩鼱放在一起，而把鼯猴跟鼯鼠放在一起。对于这种判断来说，没有绝对正确的答案。本书采用的系统发生分类学则与此不同。虽然有时候仍然依赖人类的判断，但这种判断最终会变成无可争议的真理。只不过由于我们还没有了解足够的细节，特别是分子层面的细节，所以我们仍然不能肯定那个真理到底是什么。真理只是挂在那里等着被发现而已，而基于个人品味和博物馆布展便利的判断就不好说了。
