又过了500万年，在始新世早中期，我们找到一群被称为古鲸（archaeocete）的生物。archaeocete这个名字的字面意思是“古老的鲸”，多数权威学者都认可这些动物当中有现代鲸类的祖先。来自巴基斯坦的巴基鲸（Pakicetus）是其中较早的一种，看起来它至少有些时候是生活在陆地上的。较晚些的还有龙王鲸（Basilosaurus），Basilosaurus[181]是一个不幸的名字（其不幸倒不在于Basil，而是因为saurus的意思是蜥蜴：最初被发现的时候，龙王鲸被认为是一种海洋爬行动物，虽然我们现在有了更多的了解，但动物命名规则严格执行优先律[182]）。龙王鲸体形极长，若不是早已灭绝的话，倒是挺适合作为传说中的大海蛇的候选。在龙王鲸之类的生物作为鲸类代表的大约同一时期，同时代的河马祖先也许属于一组被称为石炭兽（anthracothere）的生物，在某些版本的复原图里，这种生物看起来跟河马很像。
回到鲸类。在古鲸重新进入水里生活之前，它们的祖先是什么样的？如果分子证据是可靠的，鲸最近的亲属确实是河马，那么我们也许会想要在那些表现出一定的植食性特征的化石当中寻找鲸类的祖先。但另一方面，现代的鲸或海豚都不是植食性的。跟它们完全没有亲缘关系的儒艮和海牛（manatee）则向我们证明了，一个完全海生的哺乳动物完全有可能是纯植食性的。鲸类或者以浮游甲壳类为食，如各种须鲸（baleen whales），或者以鱼类和鱿鱼为食，如海豚和多数齿鲸（toothed whales），或者捕食像海豹这样的大型猎物，比如虎鲸（killer whale）。因此人们开始在陆生食肉动物中寻找鲸类的祖先，其中最早的尝试是达尔文自己的猜测，我从来不明白为什么有时候这个猜测会受到嘲弄[183]：
赫恩[184]在北美看到黑熊在水里游泳长达几个小时，像鲸一样大张着嘴，捕捉水里的昆虫。这个例子固然极端，但如果昆虫的供应量保持稳定，如果野外不是已经有了更具适应性的竞争者，那么我看不出有什么困难可以阻止自然选择将某种熊的结构和习性变得越来越适宜水生生活，让它们的嘴变得越来越大，直到造出一种像鲸一样的巨型生物。（《物种起源》，1859年版，第184页）
说句离题的话，达尔文的这个意见表明了一个具有普遍意义的重要进化观点。赫恩看见的那只熊显然是个有进取心的个体，以其物种不常用的方式觅食。我怀疑进化上的新发端经常以类似的方式展开，某个个体以横向思维发现了一个有用的新技巧，并且学着使它越来越完善。如果这种习惯被其他个体包括它自己的孩子们模仿，就会建立起一个新的选择压力。自然选择会青睐那些善于学习这项新技巧的遗传素质，随后的进化顺理成章。我怀疑类似的“本能”觅食习惯，比如啄木鸟啄树干、欧歌鸫和海獭砸烂软体动物的壳，都有着这样的发端[185]。
长期以来，在现存化石中寻找可能的古鲸祖先的人们都青睐中爪兽（mesonychid），它包括一大类在恐龙灭绝之后繁盛于古新世的陆生哺乳动物。中爪兽似乎主要是食肉的，或者像达尔文的熊一样是杂食的。在河马理论出现之前，它们看起来符合我们认为鲸类祖先应有的特点。中爪兽还有额外的一点优势，它们的每根脚趾上都长着一个小蹄子。它们是有蹄子的食肉动物，也许有点像狼，但是用真正的蹄子奔跑。那么它们会不会是有蹄类和鲸类的祖先呢？不幸的是，这个想法跟河马理论不太吻合。尽管中爪兽似乎是今天偶蹄动物的表亲（根据蹄子以及其他部位的特征，我们有理由这么相信），但它们跟河马的关系并不比它们跟其他偶蹄动物的关系更近。我们不断回到那令人震惊的分子证据中去：鲸类不光是所有偶蹄类的表亲，它们还置身于偶蹄类当中，河马跟它们的关系比跟牛和猪还要近。
将所有这些信息集中到一起，我们可以勾勒出如下这些正向年代学的线索。分子证据表明，骆驼和美洲驼在7 000万年到6 500万年前跟其他偶蹄类分道扬镳，大约跟最后一批恐龙死亡的时间相当。不过，别把它们共同的祖先想象成与骆驼相似的样子。在那个年代，所有哺乳动物看起来都或多或少像是鼩鼱。但是在大约7 000万年前，那些将会发展成骆驼的“鼩鼱”跟那些将会发展出其余偶蹄类的“鼩鼱”走上了不同的道路。猪和其他偶蹄类（主要是反刍动物）的分异发生在6 500万年前。反刍动物跟河马的分异发生在大约6 000万年前。随后在大约5 500万年前，鲸的家系从河马家系中脱离，这使得原始鲸类，比如半水生的巴基鲸，能够在5 000万年前进化产生。齿鲸和须鲸的分异发生得更晚，大概是在3 400万年前，最早的须鲸化石就来自这个时期。
