新的基因不是凭空加入基因组的。它们最初是旧基因的重复拷贝，然后随着时间推移，它们突变、遭受选择和漂变，走上了各自不同的进化道路。我们通常无法目击这个过程的发生，但就像事后来到案发现场的侦探一样，我们也能利用残留的证据拼凑出必然发生过的场景。跟色觉（colour vision）相关的基因就是一个显著的例子。我们稍后便会看到，吼猴特别适合讲这个故事。
在进化之初的几百万年里，哺乳动物一直是夜行生物。白天是属于恐龙的，而根据它们活到今天的亲戚推测，恐龙很可能有着杰出的色觉。我们可以合理地推测，哺乳动物的遥远祖先，那些长得有点哺乳动物模样的爬行动物，很可能也有着出色的色觉，因为在恐龙之前是它们占据着白天的世界。但是后来经历了漫长的暗夜放逐，哺乳动物的眼睛必须捕捉一切可用的光子，不管它是什么颜色。毫不奇怪，它们对色彩的分辨能力渐渐衰退，背后的原因我们还会在《洞穴盲鱼的故事》里继续探讨。直到今天，大多数哺乳动物，甚至包括那些回到白昼生活的动物，其色觉都相当糟糕，只具有双色视觉（dichromatic vision）。这里的“双色”指的是对颜色敏感的细胞即“视锥细胞”（cone cell）的种类。我们狭鼻类猿和旧世界猴有红、绿、蓝三种视锥细胞，因此我们的色觉系统是三色的（trichromatic）。有证据表明，在我们的夜行祖先失去三色色觉之后，我们又重新获得了第三种视锥细胞。大多数其他脊椎动物，比如鱼类和爬行类，都有三种（三色视觉）或四种（四色视觉）视锥细胞，而鸟类和海龟的色觉甚至更加复杂，哺乳动物却不同。我们稍后会讲到新世界猴的特殊情况，其中吼猴的情况尤为特别。
有趣的是，有证据表明澳大利亚的有袋类动物不同于大多数哺乳动物，有着很好的三色色觉。凯瑟琳·阿雷斯（Catherine Arrese）和同事们发现长吻袋貂（honey possum）和袋鼩（dunnart）有很好的三色视觉（之前已经证明小袋鼠也是如此），认为澳大利亚有袋类保留了爬行类祖先的视觉色素，而包括美洲有袋类在内的其他哺乳动物丢失了这种色素。不过，总体上哺乳动物的色觉大概是脊椎动物当中最差的。大多数哺乳动物即便可以看见颜色，也跟人类的色盲患者差不多，灵长类是引人瞩目的例外。跟其他系群的哺乳动物比起来，灵长类更热衷于将明艳的色彩用作性展示，这当然也不是巧合。
澳大利亚有袋类也许从来不曾失去三色视觉，灵长类则跟它们不同。我们只要看看自己的哺乳动物亲戚们就知道，灵长类并没有保留爬行类祖先的三色视觉，而是重新发现了它，而且是两次独立的发现：第一次是旧世界猴和猿类，第二次是新世界猴之中的吼猴。并不是所有新世界猴都具有三色视觉，吼猴的色觉就像猿类一样，却又相当不同，足以暴露出它的独立起源。
为什么良好的色觉如此重要，以至于三色视觉能够在新世界猴和旧世界猴中独立进化出来？一个颇受青睐的看法认为它与食用水果有关。在绿色为主的森林里，水果因为颜色而引人注意。这也不是偶然。很可能水果进化出亮丽的颜色是为了吸引以水果为食的动物，比如猴子，这些动物在种子的播散和成熟过程中发挥重要作用。三色视觉还有助于在深绿背景中发现更新鲜多汁的嫩叶（嫩叶通常呈浅绿色，有时候甚至是红色的），当然这一点可能对植物就没什么好处了。
色彩可以提高我们的警觉。跟色彩有关的词是婴儿最先学会的形容词之一，他们也最急于将它们应用于一切名词。人们常常忘记，我们所感受到的那些色调不过是一些标签，对应的是波长略微不同的电磁辐射。红光的波长大概是700纳米（1纳米等于10亿分之一米），紫光的波长大概为420纳米，肉眼可见的全部电磁辐射范围位于这二者之间，只占据了电磁波全光谱当中很小的一个窗口，几乎小得令人吃惊。电磁波的波长既可以长达数千米（某些无线电波），也可以短至不足1纳米（伽马射线）。
