中国是世界上为数不多的独立的农业起源地之一。考古证据表明，从大约9000年起，农民们便开始在中国北部黄河流域的风沙沉积物里种植谷子以及其他作物了。大约在同一时期，在南边的长江流域，另一群农民也开始种植包括水稻在内的农作物。31长江流域的农业文明沿着两条路线往外扩张：一条大陆路线，在大约5 000年前到达了越南和泰国；一条海洋路线，在差不多同样的时间到达了台湾。在印度和中亚，中国农业文明和近东起源的农业文明发生了第一次碰撞。当今的语言分布也暗示了历史上可能的人群迁徙。当今东亚大陆上的语言至少可以分成11个语系：汉藏语系、傣－卡岱语系（Tai-Kadai，也称侗傣语系）、南岛语系、南亚语系、苗瑶语系（Hmong-Mien）、日本语系（Japonic）、印欧语系、蒙古语系（Mongolic）、突厥语系（Turkic）、通古斯语系（Tungusic，也称满－通古斯语系），以及朝鲜语系（Koreanic，也称韩国语系或者高丽语系）。彼得·贝尔伍德主张这里边的前6个语系是东亚农业文明往外扩张、传播他们的语言的结果。32
通过遗传学研究我们又发现了什么呢？当下我们从遗传学角度学到的关于东亚久远人群历史的知识非常有限，远远比欧亚大陆西部甚至美洲的要少。尽管如此，王传超还是从我们现有的少数古DNA数据和当下人群的遗传多态性数据里得到了新的认识。
我们发现在东南亚和中国台湾，许多人群的全部或者绝大多数祖源都来自一个同质化的祖先群体。因为这些人群的地理分布恰好跟长江流域水稻种植文化往外扩张的区域重合，我们不禁提出一个假说，认为这些人群就是历史上开创了水稻种植文化的人的后代。我们还没有来自长江流域首批农民的古DNA，但我的猜测是，他们应该跟这个构建的“长江流域幽灵群体”相吻合。我们说的这个“幽灵群体”便是为当下东南亚人群贡献了绝大多数血统的祖先群体。
汉族人是世界上人口最多的群体，拥有超过12亿人口。但是我们发现，他们并不是“长江流域幽灵群体”的直接后代。相反，汉族人有很大一部分血统来自另外一支、很久远以前就分化出去的东亚支系。北方汉族人有更多的血统来自该支系。这个发现也跟2009年以来的另外一个发现相吻合，即汉族人内部有一个微小的从北到南的梯度性差异。33如果历史上汉族人的祖先从北往南扩张，并沿途与当地人发生混血，那么我们发现的这些模式就可以得到解释。34
当王传超建立起关于东亚久远人群的历史模型时，他发现汉族人和藏族人都有很大一部分血统来自同一个祖先群体。这个群体独立的、纯种的血统已经不复存在，而且这个群体对许多东南亚人群并没有遗传贡献。基于考古学、语言学和遗传学的综合证据，我们把这个祖先群体叫作“黄河流域幽灵群体”。我们的假说认为，这个群体在黄河流域开始了农业文明并传播了汉藏语系的语言。来自黄河流域首批农民的古DNA将会检验我们这个假说的对错。东亚的人群历史有着一层又一层的人群迁徙和混血事件，现代人群的遗传多态性模式就是这些复杂历史事件综合的结果。所以，单独研究现代人群的遗传多态性模式无法帮助我们还原复杂的历史，只有古DNA可以帮助我们揭开历史一层又一层的面纱。
