遗传学数据的巨大威力不仅在于它能告诉我们美洲原住民最久远的起源，也在于它能告诉我们更晚近的历史，以及不同群体如何演化成为它们今天的样子。
最具有代表性的例子，应该是遗传学数据帮助我们发现的纳－德内语系使用者的起源。使用这个语系的不同语言的原住民部落分布在北美洲的太平洋沿岸，北到加拿大的北部，南到美国的亚利桑那州。语言学家们压倒性的共识是，这些不同的语言都衍生自几千年前的一种古老语言，而且历史上的人群迁徙是现在这些语言分布如此之广泛的原因之一。2008年，语言学研究有了一个令人震惊的进展，美国语言学家爱德华·瓦基达（EdwardVajda）发现纳－德内语系跟分布在西伯利亚中部的叶尼塞语系（Yeniseian）有着非常紧密的联系。叶尼塞语系的语言曾经有许多部落使用，但现在只有凯特语（Ket）这一个语言还在日常使用中。43这些结果说明，尽管地理距离非常遥远，使用纳－德内语系的原住民的祖先是在相对较近的历史时期从亚洲迁徙进入美洲的。
那遗传学又添加了什么新的信息呢？2012年，我们的一项研究发现，使用纳－德内语系的奇佩维安（Chipewyan）部落拥有一种其他美洲原住民部落没有的血统，这为“较晚的从亚洲进入美洲的人群迁徙”理论提供了依据。44我们推算这一部分血统大概只占奇佩维安人所有血统的10%，尽管数字不大，但它依然是引人注目的重大发现。我们想，是否可以把奇佩维安人的这一独特血统当作一种“示踪染料”，用来追踪纳－德内语系的人（例如奇佩维安人）跟来自古代文明的可以提取古DNA的个体之间的古老联系？
2010年，艾斯克·维勒斯列夫和同事们发表了一个来自格陵兰岛的大约有4000年历史的全基因组数据。用来生产这些数据的古DNA提取自一个一直被冻在冰里的个体的一撮头发。这个个体属于格陵兰岛的第一个人类文明，萨卡克（Saqqaq）文明。45维勒斯列夫他们的分析发现，这个男性个体所属的部落拥有独特的血统，既不同于南边的第一批美洲人，也不同于在它之后的北极圈的人群，也就是爱斯基摩－阿留申人。2014年，维勒斯列夫的研究小组进一步发表了几个“古爱斯基摩人”（Paleo-Eskimos）的古DNA数据。古爱斯基摩人是考古学家对爱斯基摩－阿留申人到达以前的人群的称呼。46基于这些研究，维勒斯列夫和同事们进一步扩大他们的主张：所有这些个体大体上都有联系，他们可能代表着一次独立的来自亚洲的迁徙事件，这次事件跟之前的或者之后的迁徙事件都没有直接关联。而在大约1500年前爱斯基摩－阿留申人到达以后，这些古爱斯基摩人就基本上灭绝了，没有留下任何后代。
2012年，我们的一项研究专门检验了这个想法：以那个萨卡克个体为代表的古爱斯基摩人来自一次独立的进入美洲的迁徙事件。很意外，我们并没有发现支持这一想法的统计学证据。相反，我们的结果表明，萨卡克人的血统很有可能跟纳－德内语系的奇佩维安人有着共同的来源，只是比例不一样而已。因为从遗传学数据我们已经知道，许多今天的纳－德内语系的部落从“较晚的从亚洲进入美洲的人群”那里只获得了10%的血统，所以我们大概也就比较容易理解，为什么维勒斯列夫研究小组的聚类分析没有发现萨卡克人跟纳－德内语系人群的关系。我们主张萨卡克人跟纳－德内人的部分血统都来自同一次从亚洲进入美洲的迁徙。
2017年，帕维尔·弗列贡托夫（Pavel Flegontov）、史蒂芬·席费斯（StephanSchiffels）和我确认古爱斯基摩人的支系并没有灭绝。相反，他们的血统就保存在今天的纳－德内人里。47我们研究了罕见突变在多个美洲原住民与西伯利亚人群之间的共享模式，这些模式能够反映近古历史中的人群关系。通过这项研究，我们发现了那个古代萨卡克个体与今天的纳－德内人有着近古共同祖先的证据。事实上，认为古爱斯基摩人在爱斯基摩－阿留申人到达以后灭绝的假说大错特错，比我在2012年文章里指出的错误更加离谱。48对当下爱斯基摩－阿留申人的血统的正确看法是：它是古爱斯基摩人和第一批美洲人这两个支系或者与它们相关的支系混血的结果。换句话说，古爱斯基摩人远远没有灭绝，他们的血统以混血的形式不仅存在于当下的纳－德内人，还存在于爱斯基摩－阿留申人身上。
我们2017年的研究工作也为解读美洲原住民的古老血统提供了一个全新的统一理论。在这个新的理论里，只需要两个祖先支系就可以解释当前所有美洲原住民的除了Y群体之外的血统。这两个祖先支系是：第一批美洲人和古爱斯基摩人的祖先支系。这个古爱斯基摩人的祖先支系在大约5000年前为美洲带来了新的小型石器工具和第一批弓箭。49我们通过数学模型为这个理论提供了证据。我们发现除了带有Y群体血统的亚马孙部落，所有的美洲原住民部落的血统都可以被描述成两个与亚洲人有不同联系的祖先支系的融合。这两个祖先支系的不同比例融合便产生了三个不同的源头群体，这三个群体从亚洲迁徙进入美洲，并对应着当下的爱斯基摩－阿留申语系、纳－德内语系和所有其他的语言。
遗传学数据能够帮助我们了解美洲原住民的历史，证明这一点的第二个好例子来自楚科奇人（Chukchi）。楚科奇人是偏远的西伯利亚东北部的一个人群，他们所使用的语言跟当今美洲原住民的语言没有关系。我的研究分析发现，楚科奇人大约40%的血统来自第一批美洲人，这是人群从美洲往亚洲回流的结果。50第一批美洲人的后代扩张离开美洲，重新进入亚洲并且对当地的人群结构造成了重大的影响，这一想法对有些人来说非常可疑。他们习惯性地认为，从亚洲到美洲的人群迁徙是一条单行道。对于楚科奇人与美洲原住民在遗传上的亲近关系，一个诱人的解释是：这说明楚科奇人是第一批美洲人在亚洲的亲缘关系最近的近亲。这种惯性思维在超过一年的时间里也妨碍了我理解手头上的多个美洲原住民部落的数据。但是遗传学数据阐明，这种亲近关系是人群回流的结果，因为在那些血统完全来自第一批美洲人的美洲原住民部落中，楚科奇人跟其中的一些部落关系更近。这种模式的解释只可能是，第一批美洲人在北美洲分化成了多个亚支系以后，其中的一个亚支系迁徙回了亚洲。
综合所有的数据，我们现在的解释是：当爱斯基摩－阿留申人的祖先进入北美洲以后，他们跟当地的第一批美洲人的后代发生了频繁的混血。在这些混血产生的后代中，有接近一半的血统来自第一批美洲人，他们非常成功地适应了当地的环境，并把这种成功的生活方式重新带回了亚洲。他们的血统不仅保留在了楚科奇人里，还影响了西伯利亚一些使用爱斯基摩－阿留申语系的人群。对第一批美洲人血统回流到亚洲的发现很难通过考古学研究来证明，这恰好展示了遗传学独一无二的优势和所能带来的惊喜。
遗传学研究能够带来重大历史发现的第三个例子，是关于农业从墨西哥北部到达美国西南部的故事。当下，这片广阔的地理区域就是犹他－阿兹特克语系（Uto-Aztecan）的分布地。语言学家传统上认为这种地理分布是从北到南人群迁徙的结果，因为这个语系里的多个语言以及这些语言里共同使用的一些植物的名字都带有当下北方语种的典型特征。但是，也有人主张这个语系是从墨西哥起源，然后跟随着玉米种植的农业文化往北辐射。有一种看法认为，语言和人群都倾向于跟着农业的传播而迁移。考古学家彼得·贝尔伍德是这种看法最坚定的倡导者。51研究该区域在玉米种植文化到来前后的古DNA，然后跟当下人群的DNA做比较，可以在一定程度上帮助我们检验不同的理论。我们已经开始在古DNA中找到一些线索了。对古老的玉米样本进行分析发现，这种农作物最早是在4000多年前通过一条高地路线（在内陆翻越高山）进入了美国西南部，然后在大约2 000年前，这种“高地植株”被来自海岸低地的植株所取代。52这个不可思议的例子说明，植物也有它们自己的种群迁徙和反复杂交的历史。这种迁徙和杂交的历史在驯化的农作物身上只会更加的戏剧化，因为人们对这些农作物进行了人为的选择。我们在人类和农作物的古DNA方面都已经取得了长足的进展，开展下一步研究去检验“新的人群是否随着新的农作物迁徙”只是一个时间问题。
当然，理想的状况是我们能够更加系统地开展这一类研究。现代遗传学和古DNA的研究已经帮助我们发现了不同的美洲原住民文化是如何通过历史上的人群迁徙联系到一起的，也帮助我们发现了语言和技术的传播是如何对应到历史上人群的迁徙的。欧洲殖民者毁灭了许多的美洲原住民和他们的文化，许多的历史故事也随之烟消云散，而遗传学提供了重新发现这些消失的历史故事的机会。这些发现，不仅有可能促进族群间的相互理解，更有可能修复彼此间的关系。
