跟使用当下人群的数据进行人群历史研究相比，使用古DNA研究在大多情况下不会让人太紧张焦虑。但也不是所有的时候都如此。1990年，美国国会通过了《美国原住民墓葬保护与归还法》（Native American Graves Proection and Repatriation Act，简称NAGPRA）。这个法律要求所有受到美国政府资助的研究机构联系相关美国原住民部落，主动提出把文化遗产归还给他们，包括把遗骸归还给那些能够证明有血缘或者文化联系的部落，由他们重新埋葬。这个法律的实施也意味着越来越多美洲原住民的遗骸将被归还给某些部落，而我们对这些样本进行古DNA研究的机会也越来越少。受这个法律影响最大的是那些来自过去1000年里的考古学遗物，因为这些遗物跟当前的某个部落比较容易建立文化关系。而对于那些更老的遗物，例如1996年在美国华盛顿州发现的、一具来自大约8 500年前的肯纳威克人（KennewickMan）的遗骸，要建立这种文化联系就很困难了。
一开始，有5个美洲原住民部落认为肯纳威克人是他们的祖先，要求把这具遗骸归还给他们。但是法院认为并没有充分的科学证据证明肯纳威克人跟这些部落有文化或者血缘联系，所以它并不符合NAGPRA的规定。有一群反对归还遗骸的科学家认为，根据骨骼形态学研究的结果，这具遗骸更接近环太平洋的亚洲人和太平洋群岛居民，而不是现今的美洲原住民。18为了解决这个争端，在2015年，艾斯克·维勒斯列夫和他的同事提取并研究了来自肯纳威克人的DNA。结果，他们发现那些形态学研究的结论是错误的，19肯纳威克人在遗传上确实跟现在大多数原住民有着共同的祖先。
在所有同时进行了古DNA和形态学分析的研究项目中，古DNA的结果总是比形态学分析结果更可靠。原因很简单，对骨骼的形态学研究只能分析少数在个体间有差异的性状，所以常常只能给出不确定的人群分类。而遗传学研究可以分析成千上万个相互独立的基因组位点，所以能达到非常精确的人群分类。因此，如果基于少数形态学的性状对肯纳威克人的某个个体进行人群分类，是无法令人信服地区分环太平洋人群和美洲原住民的，而遗传学数据则可以。
虽然古DNA研究结果提供了清楚的证据，证明肯纳威克人跟原住民有血缘关系，但是它并没有进一步证明该个体跟那5个认他为祖先的华盛顿州部落有什么特殊、强烈的关系。那篇发表了肯纳威克人基因组的论文，同时也从科尔维尔部落（Colvilletribe）收集了DNA样本。科尔维尔部落正是声称跟他有血缘关系的部落之一。这篇论文认为，他们的数据支持肯纳威克人跟科尔维尔部落之间有着直接的血缘关系。但是，这个论文只分析了这一个来自美国本土48州(57)的原住民部落，许多其他的部落都没有被加入到这个分析中。而且，如果仔细看这个论文的细节，我们可以发现其实并没有什么强烈的证据，能够证明肯纳威克人跟科尔维尔部落的关系比他跟那些远在南美洲的原住民部落的关系更加亲近。20科尔维尔部落的DNA数据并没有公开，所以没有科学家能够进行独立的验证。事实上，虽然发表这篇论文的科学杂志把分享数据作为发表论文的一个条件，但是当我联系原作者索取这些数据的时候，他们拒绝了我的请求。
像对肯纳威克人一样，一厢情愿地对遗传学数据进行解读的例子还真不少。2017年，有一个项目研究了从加拿大太平洋沿岸的一个岛屿上挖掘出来的、一具来自大约10300年前的遗骸。这个项目声称他们找到了证据，证明这一个支系的美洲原住民从那时开始就一直生活在当地。21但是，对此论文结果的检查发现，其实这个个体跟当地原住民的关系，也并没有比跟南美洲原住民的关系更加亲近。
以这两个例子为代表，古DNA文献里越来越多地出现了这种未经证实的、号称某具古代遗骸跟某个当下人群存在直接亲缘关系的主张。这个问题不仅仅发生在美洲。跟原住民合作的科学家们有内在的动力去鼓吹这些主张，因为原住民部落欢迎这样，也会因此更愿意允许这些科学家到他们部落里采集样本。应有的、正常的科学研究过程，也就是那种科学家能够直言某主张不受证据支持的过程，也无法正常运行。科学家们的忧虑来自两个方面。一方面，当一个群体的成员参与到关于他们自己人群历史的科学研究中的时候，他们渴望某种主张被证明正确的愿望会误导他们对研究发现的解读。另一方面，没有参与到研究中的科学家们，也会因为担心被指责而不敢指出研究中存在的问题。
肯纳威克人事件争议重重，最终是通过对簿公堂由法院裁决的。这个事件在学术界和原住民部落之间制造了强烈的敌意。它给乐于研究原住民人群历史的科学工作者带来了极为恶劣的影响，也使得开展这种类型的研究更加困难。我个人与许多研究原住民史前史的考古学家、人类学家和博物馆馆长交流过，我可以清楚地感觉到，他们许多人都觉得，归还这些在科学上非常重要的遗骸是重大的损失。尽管他们也承认，许多这些收藏品都是在美国政府征用原住民土地的过程中通过不正当手段收集的，但是他们认为现在这些文化遗产还是应该交由博物馆保存。22与科学工作者们的失落感相对应的，是许多美洲原住民对祖先遗骨受到了冒犯所感受到的同样强烈的失落感。
为了解决这些利益冲突和履行法律的要求，现在许多博物馆都专门雇用了“NAGPRA主管”。他们的工作任务就是识别那些跟某个原住民部落有关联的文化遗产或者遗骸，然后联系部落的代表以归还这些收藏品。但是，根据我亲自跟这些NAGPRA主管们打交道的经验，虽然他们致力于履行这个法律条款而且非常职业地开展他们的工作，但是他们也非常小心，不会随意归还收藏品。如果有收藏品在没有被明确证明存在血缘或者文化联系的情况下就被归还了，正如发生在肯纳威克人遗骸上的事情一样，他们会痛心不已。
在与原住民合作进行古DNA研究方面取得突破的一个遗传学家是艾斯克·维勒斯列夫。他主导的古DNA研究不仅包括了之前提到的肯纳威克人，还有许多其他的古原住民遗骸。在所有这些研究中，维勒斯列夫都得到了原住民群体的支持和合作。他非常聪明地采取了一种创新的方式，但这种方式并不能让考古学界和博物馆学界里的所有人接受。维勒斯列夫认识到，原住民群体跟遗传学家其实是有共同利益的：古DNA研究可以帮助原住民群体找到证据索回遗骸。这种策略确实成功了。成功的例子包括：一个来自大约100年前的澳大利亚原住民的头发样本23，那个有着大约13 000年历史的克洛维斯男婴的遗骸24，还有那个有着大约8 500年历史的肯纳威克人的遗骸25。在处理这三个样本的过程中，维勒斯列夫在取得古DNA研究结果后都是亲自跟原住民部落直接交流，而不是遵循常规的程序，例如根据NAGPRA设立的程序。
虽然维勒斯列夫在正规程序之外直接跟原住民部落交流的做法受到了考古学界不少学者的非议，他确实取得了不少成功的进展。在澳大利亚，他通过与原住民在那个有着100年历史的头发样本上的合作，为双方建立了信任感，并促成了一个规模大得多的、研究当下多个澳洲原住民部落的新项目。这个新项目的研究成果已经在2016年由维勒斯列夫和他的同事发表。26类似地，在美国，维勒斯列夫通过跟原住民在克洛维斯人和肯纳威克人上的合作，也培养了信任感，让原住民部落更愿意支持其他的古DNA研究。
关于这方面进展的一个非常精彩的例子来自从内华达州的“仙人洞”（SpiritCave）挖掘出来的一些遗骸。这些遗骸大概有11 000年的历史。2000年，美国国土管理局否决了法伦派尤特－休休尼部落（FallonPaiute-Shoshone tribe）索回这些遗骸的请求。国土管理局的理由是：没有证据证明，这些遗骸跟这个部落有着血缘或者文化上的联系。于是，该部落起诉了国土管理局，并从此进入了漫长的、看不到终点的诉讼过程。该诉讼也使得科学工作者可以研究这些遗骸，以确定它们是否跟法伦派尤特－休休尼部落有血缘上的关系。2015年10月，在发表了关于肯纳威克人的论文后，维勒斯列夫得到授权对这一批遗骸进行古DNA研究。一年之后，他给国土管理局提交了一份技术报告，证明这些个体跟当下的美洲原住民部落一样，来自一个共同的远古祖先。基于这一份报告，国土管理局决定把这些遗骸归还给法伦派尤特－休休尼部落。27
一个NAGPRA主管跟我交流过对这个决定的看法，他表示非常不解。他认为，这个决定超过了NAGPRA法律条款的要求。该条款要求证据能证明遗骸跟法伦派尤特－休休尼部落有超过其他部落的更紧密的联系，而维勒斯列夫的报告很显然并没有证明这一点。但是，当我跟维勒斯列夫聊起这些归还遗骸的决定时，他的看法是NAGPRA法律条款的具体要求其实并不重要，实际操作的标准已经改变，只是法律条款没有跟上现实罢了。一篇发表在科学杂志《自然》上的文章，在讨论关于归还仙人洞遗骸的决定时，引用了人类学家丹尼斯·奥罗克（DennisO'Rourke）的看法，认为这个决定为将来树立了榜样——原住民部落可以跟遗传学家合作决定对哪些遗骸进行研究和重新埋葬。人类学家金伯莉·陶贝尔（KimberleyTallBear）认为，这个仙人洞遗骸事件说明，原住民部落跟科学家之间的关系并不一定是相互对抗的：“原住民部落不会接受强行灌输给他们的科学世界观……但他们确实也有对科学研究的兴趣。”28
古DNA可以提供证据帮助原住民部落确立与博物馆里某件遗骸的关系并且帮助他们索回遗骸。维勒斯列夫的这一个想法为改善学术界与原住民部落之间日益恶化的关系提供了意想不到的机会。
美洲原住民部落与遗传学家之间其实有着另外一个还没有实现的共同利益，即通过研究古基因组之间的遗传差异，我们有可能估算出1492年以前美洲原住民部落的群体大小。对于美洲原住民部落来说，这是一个非常重要的问题。有证据显示，欧洲人的到来以及随之而来的传染病，使得美洲原住民部落的群体大小锐减至大约原来的1/10，进而导致之前复杂的社会结构解体。欧洲殖民者常常认为当他们的祖先来到美洲的时候，只遇到了为数不多的美洲原住民。这也成为他们吞并美洲原住民土地的道德合理性之一。将历史上美洲原住民的群体大小尽可能地最小化，以及声称在欧洲人到达之前，美洲没有或者只有极少数复杂的文明社会，是欧洲殖民者的惯用伎俩。29
我希望，随着基因组革命的结果被更加广泛地接受，美洲原住民们也能够进一步认识到，DNA可以是一个帮助他们寻根问祖、确立部落间关系的工具。这种对DNA潜力的认识虽然不能解决美洲原住民伦理学家和部落首领提出来的所有忧虑，但是它可能帮助减少美洲原住民与学术界之间的对抗，促进相互理解甚至相互合作。
