一、生物进化论
物质运动经历了四个基本的进化阶段，才形成了原始生命：即从“无机小分子”生成“有机小分子”，从“有机小分子”生成“有机大分子”，从“有机大分子”生成“有机多分子体系”，从“有机多分子体系”演变为“原始生命”（原核生物）。
原始生命出现以后，生物将会自发地从低层次生命向高层次生命的进化。传统的生物学在考察生物的进化过程时，往往只是从结构主义（或解剖主义）或机制主义（或功能主义）的角度进行分析，而没有从系统论、信息论和控制论（即“老三论”）的角度进行分析。如果从系统论、信息论和控制论的角度来分析生物的进化过程，那么，生物的进化可分为六个基本阶段：
1、原核生物的形成。
原核生物由原核细胞构成的生物，主要包括蓝细菌、细菌、古细菌、放线菌、立克次氏体、螺旋体、支原体和衣原体等。原核细胞主要由细胞壁、细胞质、细胞膜、脱氧核糖核酸分子、中膜体、核糖体、鞭毛等组成。原核生物可以看作是多种有机物（如多糖、脂类、蛋白质、多磷酸盐、DNA分子等）所组成，可以看作是多种有机物进行分工与合作的结果。总之，原核生物实现了机体内部各组成部分之间的分工与合作的进化目的，它集机体的感觉功能、认知功能、评价功能与意志功能于一体。
2、原生生物的形成。
原生生物是最简单的真核生物，可分为藻类、原生菌类、原生动物类等三大类。原生生物通常由多个原核细胞或单个真核细胞所组成，它是由原核生物演化而来，单个真核细胞的原生生物的每个细胞器都可以近似地看作是一个原核细胞，真核细胞中的每个细胞器（如细胞核、溶酶体、内质网、线粒体、叶绿体、高尔基体等），分别扮演控制中心、消化中心、生产中心、加工中心、物流中心。总之，真核生物是从原核生物进化而来的，它的各个组成部分不断走向“专业化”和“功能化”，从而实现了细胞器官之间分工与合作的进化目的，但它仍然是集机体的感觉功能、认知功能、评价功能与意志功能于一体。
3、感觉类生物的形成。
原核生物实现了各种有机物质之间的分工与合作，原生生物实现了各种细胞器之间的分工与合作，感觉类生物将实现各种细胞之间的分工与合作。具有感觉器官的生物称为“感觉类生物”，感觉类生物有神经细胞作为联络中介，以沟通细胞之间的联络，还具备了初步的感觉器官（即平衡囊、触手囊），主要是指腔肠动物。但是，在腔肠动物出现之前，有一种过渡形式：海绵体动物。海绵动物虽然实现了各个细胞之间初步分工与合作的进化目的，但这种细胞之间的分工与合作是非常松散的，各自具有较强的相对独立性，如将海绵磨碎过筛，其中分离了的细胞仍能存活数天（相当于原生动物），因此它是细胞之间进行分工与合作的过渡形式，可以把它划归为感觉类生物。海绵体中的变形细胞有些彼此相连形成了网状，构成了星芒细胞，它很可能是一种最原始的具有神经机能的细胞，用以沟通细胞与细胞之间的联系，并开始具有了原始的感觉功能。总之，原始感觉器官的形成使动物能够初步了解“有什么？”，并完整地实现了细胞之间分工与合作的进化目的，开始把感觉意识从机体的综合意识中分离出来。
4、认知类生物的形成。
感觉器官是动物用以感觉外部事物的直接物理化学刺激信号，以了解外部事物与生命机体直接的物理化学联系；认知器官是动物用以感觉外部事物的间接物理化学刺激信号，以了解外部事物与生命机体间接的物理化学联系，这种间接的物理化学联系主要包括时间联系、空间联系、声乐联系、逻辑联系、数量联系以及上述联系之综合联系等。由此可见，认知器官（或分析器官）是一种高级形式的感觉器官，它是在感觉器官基础上发展起来的。具有认知器官的生物称为“认知类生物”，主要是指扁形动物、节肢动物、鱼类、鸟类、两栖类、爬行类动物等。中枢神经系统和神经节是最原始的分析器官，分析器官是在网状神经系统的基础上发展起来的，分析器官的发展经历了四个基本阶段：网状神经系统（腔肠动物，归于感觉类生物）、梯状神经系统（扁形动物）、链式神经系统（节肢动物）、索式神经系统（鱼类、鸟类、两栖类、爬行类动物）。总之，原始认知器官（或分析器官、运算器官）的形成使动物能够初步了解“是什么？”，并实现了生理器官之间分工与合作的进化目的，物开始把认知意识从机体的综合意识中分离出来。
5、评价类生物的形成。
分析器官是动物为了感觉外部事物的间接物理化学刺激信号，以了解外部事物与生命机体间接的物理化学联系；评价器官是动物为了感觉外部事物的一种特殊的间接物理化学刺激信号——价值信号，以了解外部事物对于生命机体生存与发展的关系。由此可见，评价器官是一种高级形式的分析器官，是在分析器官基础上发展起来的。具有评价器官的生物称为“评价类生物”，主要是指旧哺乳类动物（如虎、牛、狗等）。动物的评价器官主要是边缘系统：其中，杏仁体是评价器官的核心组织。总之，原始评价器官的形成使动物能够初步了解“有何用？”，并完整地实现了生理系统之间分工与合作的进化目的，开始把评价意识从机体的综合意识中分离出来。
6、意志类生物的形成。
评价器官是动物为了感觉外部事物的价值信号，以了解外部事物与生命机体的价值联系；意志器官是动物为了感觉自身行为的价值联系，以了解自身行为对于生命机体生存与发展的价值关系。由此可见，意志器官是一种高级形式的评价器官，它是在评价器官基础上发展起来的。具有意志器官的生物称为“意志类生物”，主要是指新哺乳类动物（如猴子、猩猩、猿、人类等）。大脑皮层是新哺乳类动物的意志器官，而意志器官的核心是联合皮层。联合皮层与大脑边缘系统之间的神经联系决定和计算着各个层次行为模式（本能行为、简单行为、复杂行为、超复杂行为）的价值率大小，进而决定着动物对于各个行为动作的取舍。总之，意志器官的形成使动物能够初步了解“怎么办？”，并完整地实现了个体之间（或人际间）分工与合作的进化目的，开始把意志意识从机体的综合意识中分离出来。
生物的进化序列如下图所示：
