内部分裂导致覆灭。
太平天国初期的军事胜利，迫使清廷放开对汉族官员的限制，命令他们在家乡举办团练来抵御进攻。咸丰三年（1853年），因母亲去世正离职在家守孝的曾国藩接到朝廷谕旨，命其帮办团练。曾国藩是湖南湘乡出身的一位信念坚定、勤奋读书的官员，他在礼部担任侍郎期间，一边勤勉读书，一边按照宋明理学的义理进行严格的修身。他对传统儒学中“静”“耐”“约”几种品质有着深刻的理解和坚持，在行政事务中，形成了处变不惊、临危不惧和务实克己的原则。曾国藩以捍卫孔孟之道为号召，以地方性家族背景为基础，建立起一支精悍的“湘军”。咸丰四年（1854年），湘军在湘潭取得一场大捷；十月，收复了被太平军占据将近半年的武汉三镇。曾国藩由此崛起于晚清的政治舞台之上。但太平军在咸丰五年（1855年）和咸丰六年（1856年），分别夺回了武昌，并摧毁清军江南、江北两个围困太平天国的军事大本营，整个长江流域都变成太平天国的统治区。就在军事形势如日中天的时候，太平天国内部出现了分裂。
曾国藩像
东王杨秀清是天国的第二号人物，但在宗教上，他却是“天父”的代言人，在天父附体传言的时刻，洪秀全作为天父的第二子，往往要屈从于天父的旨意。杨秀清在军事上有着卓越的指挥才能，在摧毁两个大营以后，他深信自己的才能远在天王之上，因此开始策动政变，想把自己变成太平天国的“万岁主”。洪秀全感觉到了这种危险，密诏韦昌辉和石达开赶回天京勤王。韦昌辉连夜赶回天京，将毫无准备的东王及其属下两万多将士杀戮殆尽，甚至将赶回后对其杀戮表示不满的石达开全家也全数诛杀，石达开只身逃出天京。洪秀全也无法容忍北王的滥杀，于三个月后将其诛杀。洪秀全从此沉湎于后宫，纵情享乐，以忘却心头的烦恼。翼王石达开短暂的辅佐，以及堂弟洪仁玕从香港抵达天京后出任总理，都无法弥补这场内讧对太平天国造成的根本性损害。太平天国后期的主要将领李秀成等人天才的军事指挥，也只是延迟了太平天国覆亡的时间。咸丰十年（1860年），曾国藩被任命为钦差大臣兼两江总督，他的两大幕僚——李鸿章和左宗棠两人的军事地位也在迅速上升，前者创办了淮军，后者则在浙江肃清了太平军的后援。天京被围得铁桶一般严密，城内已经无粮可食。洪秀全却勉励人民吃“甘露”（野草）活命。李秀成恳求天王突围去江西和湖北开辟新的根据地，但天王拒绝离开皇宫。同治三年（1864年）六月一日，精神崩溃的洪秀全自尽身亡。李秀成辅佐洪秀全幼子洪天贵福登基。七月十九日，曾国荃率领湘军炸开天京城太平门，对全城进行杀戮，太平天国覆亡。
《资政新篇》是由洪秀全的堂弟洪仁玕撰写的，是中国近代第一个比较完整的向西方资本主义学习的方案。但由于受太平天国本身历史条件的限制，未能实施。
李秀成被俘后，写下了数万字的所谓“供词”，对太平天国事业的兴亡进行了血泪反思，也为我们留下了一份了解太平天国历史的珍贵文献。太平军的余部，包括石达开所部的将士，虽然坚持战斗了几年，最后仍难免失败的命运。
《克复金陵图》，反映湘军攻破太平天国天京城的情景。
太平天国虽然失败了，但这场运动给中国社会带来了深远的影响。清王朝由于太平天国的打击，统治力量大为削弱，不得不起用汉族士大夫的力量来维持其最后的几十年的统治。而通过镇压太平军而崛起的湘军等地方大臣——曾国藩、李鸿章、左宗棠等人成了晚清政治舞台上最为重要的人物；湘军、淮军等地方团练则成为几十年后影响中国历史进程的北洋军阀的前身。更为重要的是，太平天国起义所揭示的革命精神，成为激励中国革命的重要源泉，孙中山在十二岁便立志做洪秀全第二，他的民主革命理论也受到太平天国社会理想的影响。太平天国的革命实践代表了中国人民对传统腐朽的专制制度的反抗和控诉，但并没有创造出新的社会形态来使中国走出中世纪式的黑暗政治。因此，它没有摆脱“其兴也勃焉，其亡也忽焉”的改朝换代的历史周期律。对于中国革命道路的探索，依然是摆在仁人志士面前的艰难课题。
