驱荷复台，初步经营和治理。
清廷乘胜追击，派重兵前往福建，想一举把郑成功所部歼灭。郑成功的处境越来越困难了。
为了避免倾覆的厄运，郑成功在征得大多数将士的同意和支持后，决定进取台湾，以形成“进则可战而复中原之地，退则可守而无内顾之忧”的有利形势。
就在这时，原郑芝龙的旧属、时任荷兰东印度公司通事的何廷斌到厦门，将台湾地图、赤嵌城木制模型和荷军的兵力部署图呈献给郑成功，并极力劝说他收复台湾。这更增强了郑成功进取台湾的信心。
于是，郑成功力排众议，决定进军台湾。他开始积极着手制定攻台方案，训练军队，修造船舰，并采取措施以麻痹占据台湾的荷军。
一切准备就绪之后，郑成功于顺治十八年、南明永历十五年（1661年）二月，由厦门移驻金门，令其子郑经和郑泰、黄廷等留守金、厦。
三月二十三日，郑成功亲率大军，从金门岛料罗湾出发，吹响了攻取台湾的号角。
在何廷斌的引导下，郑军于四月初一抵达鹿耳门港外。台湾民众闻听祖国大军的到来，纷纷前来欢迎，并协助郑军登陆。
登陆后，郑成功一面立即向荷军发动军事攻势，一面致书荷方，强调台湾乃“中国之土地”，希望荷方将其无条件归还。但荷兰殖民者哪里肯轻易就范，仍然进行抵抗。
为了彻底摧垮荷军，郑成功先对赤嵌城展开了攻势。荷军守城司令官猫难实叮在郑军的围攻下，无计可施，不得不签订投降书。接着，郑成功又对荷兰殖民者在台湾的统治中心——台湾城展开进攻。但因荷军炮火猛烈、城墙坚固，郑军多次攻城失利后，便不再强攻，转而采取围困策略。
十二月初，也就是围困台湾城八个月后，郑成功下令炮轰荷军防御工事乌特利支堡，仅用了两个多小时，即占领了该据点。
此时，摆在荷兰殖民者面前的，只有两个选择：要么投降，要么被全部消灭。经过权衡，荷方总督揆一选择了前者。
经过谈判，郑、荷双方达成协议，该协议中文为十六条、荷文为十八条。
顺治十八年十二月十三日（1662年2月1日），双方代表在大员市镇税务所举行誓约、签字、盖章、互换条约仪式。9日，在台江边的沙滩上，举行了隆重的受降仪式。几天后，揆一即带领残余的五百余人退离台湾。
至此，被荷兰殖民者侵占长达三十八年之久的宝岛台湾，重又回归炎黄子孙的怀抱。郑成功也因此成为名垂青史的民族英雄！
厦门大学教授、台湾研究院副院长邓孔昭
郑成功确实是把台湾当作一个要长远发展的地方来建设的。首先，他要解决自己军队的粮饷供应问题。他把军队分派到台湾各处去开发土地，去进行农业生产。其次，他建了孔庙，又建了学校，使得中国传统文化得以在台湾传播。郑成功收复台湾后，打下了一个很好的基础，真正的中国传统文化从此以后就发展起来了。
收复台湾后，郑成功将之视为抗清的一个长久基地，为实现反清复明的心愿，他开始倾全力着手各方面的建设。
在行政建制上，郑成功将赤嵌地区改作东都明京，设一府二县，即承天府、天兴县、万年县；并设立了吏、户、礼、兵、刑、工六官，六科都事，以及察言、承宣、宾客诸司。这一举措，使台湾从此具备了与内地相同的行政管理体制，为日后治理台湾奠定了基础。
在经济上，郑成功一方面大力推广屯垦，积极鼓励福建、广东沿海一带的人民移居台湾，从事农业生产；另一方面，充分利用台湾的位置优势，大力发展海外贸易，并与大陆进行直接的秘密贸易。
郑成功还大力“劝学”，崇重沈光文等文人儒士，积极兴办和发展文化教育事业。
这一切刚刚初见成效，年仅三十九岁的郑成功却于康熙元年（1662年）五月初八去世了。
尽管郑成功未能实现反清复明的夙愿，但他驱荷复台、初步经营和治理台湾的功绩却在历史上留下了光辉的印迹！直到今天，我们仍能从民间祠庙、口碑，以及厦门、南安、嘉义等地所建的郑成功纪念馆，深深地感受到海峡两岸人民对这位民族英雄、“开台圣王”的敬仰之情！
郑成功去世后，郑氏政权内部在延平王位问题上发生分歧，分成拥郑成功之弟郑袭和拥郑成功之子郑经两大派，并因此发生内乱。经过争斗，郑经获胜，执掌了台湾的控制权。
但由于郑经为人不务宏远，器量狭小，不能聚拢手下将士，所以，在与清军的对抗中，屡遭败绩，一些主要将领降清，福建沿海抗清基地完全丧失。
康熙三年（1664年），郑经退守台湾后，着手开发经营台湾。在陈永华制定的“十年成长，十年教养，十年成聚，三十年与中原相甲乙”方略下，台湾呈现出迅猛发展的势头，政权建设、经济发展、人才培养等方面都取得了长足发展，而且更为内地化了。
三藩之乱爆发后，郑经认为进攻大陆的机会来了，于康熙十三年（1674年）亲率大军西征。但这次行动不仅没捞到任何便宜，反而损兵折将、大伤元气，康熙十九年（1680年）随郑经败退回台湾的仅一千多人。
从此，郑氏政权只能进行消极防御了。郑经也再无反清复明的斗志，甚至无心过问政事，终日沉溺于花酒之中。康熙二十年（1681年）正月，为酒色所戕的郑经中风死去。
郑经死后，郑氏政权内部再次因争夺统治权发生动乱。冯锡范等人将负责监国的郑经长子克臧杀掉，拥立自己的女婿、郑经次子——十二岁的克塽继位。
在冯锡范等人的专权下，郑氏政权内部的矛盾更加激化。而接下来的三年，旱灾、水灾、火灾接踵而至，台湾经济大幅度下滑，民生困顿。
台湾的前途，再次陷入迷茫。
厦门大学教授、台湾研究院副院长邓孔昭
郑经西征的时候，其实反清的大形势还是比较好的，西南有吴三桂，广东有尚可喜，福建有耿精忠。早期在福建的时候，郑经跟耿精忠两股力量是联合的，后来双方产生了利益争端，再加上三藩势力很快就被清军瓦解了，所以说，最后郑经这股势力就变得非常单薄了。当他以自己这一股势力去面对比较强大的清军时，当然就会失败得比较快。
