军机处所体现的皇权至上。
从清王朝的发展轨迹来看，军机处的出现，并不是一个偶然现象，实际上，它与当时的政治权力架构，尤其是皇权的高度强化趋势密不可分。
早在入关之前，努尔哈赤、皇太极两代，即开始着手政治权力建设和行政运作可行性操作。
作为“天命抚育列国英明汗”的后金创始者，努尔哈赤因位高望重，享有至高无上之权，虽以八旗为支柱，但一切“予夺厚薄之权，实操于一己”。然而，关于继承人的问题，让他遇到了难题。当采取设立太子的尝试两次失败后，努尔哈赤于后金天命五年（1620年）九月，推出一项重大举措，即以他的儿孙、侄子为八和硕贝勒，共理国政。这一举措，在后金天命七年（1622年）三月再度被强调。后金权力格局暂时得到平衡。但仅仅过了几年，皇太极继位后，这种平衡便被打破了。根源还是出在诸贝勒对汗位的纷争上。
皇太极先是通过设立总理一切事务的八大臣等，剥夺了诸贝勒直接统兵、理政、断狱的特权，接着又借各种理由对代善、阿敏、莽古尔泰三大贝勒进行打击，从而达到了“南面独坐”的目的，重新确立起君权至上、大权独揽的统治格局。
努尔哈赤、皇太极还通过设立书房和议政王大臣会议制度，进一步加强对权力的掌控。
书房也称文馆，为儒臣入值之所，初设于努尔哈赤时期，皇太极继位后进一步做了规范。
书房的儒臣，一开始称“巴克什”，汉人官员也自称“书房相公”“书房秀才”“书房臣”。后金天聪五年（1631年），皇太极更定为“笔帖式”。清崇德元年（1636年）三月初六，皇太极又将书房改为内三院，即内国史院、内秘书院、内弘文院，设立大学士、学士为三院官员，另设笔帖式等办事人员。
书房的职责，早期不详。后金天聪三年（1629年），皇太极命儒臣分两班入值，一班负责翻译汉字书籍，一班负责记注政事。
后金天聪六年（1632年），书房秀才王文奎在上奏中曾说：“夫今日之书房，虽无名色，而其实，出纳章奏，即南朝之通政司也。民间之利病，上下之血脉，政事之出入，君心之启沃，皆系于此。”可见，“出纳章奏”，也是书房的一项重要职责。既然负责“出纳章奏”，书房的儒臣们自然也就有“参与机务”的使命。
内三院的职责，就是在书房的基础上进一步细化和规范的。
议政王大臣会议制度，草创于努尔哈赤时期，是后金以来适应政权建设，由满族宗室王公和八旗高级官员组成，负责议决军国大政的一种中枢决策形式。其办公地点为议政处。
议政处是一个特殊机构，因为它没有正规编制，而且有官无吏，议政大臣为该机构的主要官员，另设满洲、蒙古、汉巴克什从事具体事务，这些人员皆为兼职。
议政大臣的职责，起初是赞议军国重务、审理重大案件、荐举贤能官员并重，以后随着官制建设的不断成熟和完备，赞议军国重务成为它的主要任务，一般不再承担具体事务。
从人员组成和承担的职责不难看出，议政处是一个秉承君主意志、参与军国大政决策的非常规机构，具有很明显的满洲少数民族特性，主要体现了满洲贵族的利益。
定鼎中原、建立清王朝之后，满洲权贵的统治角色、面临的局面，都有了很大改变。为了应对新的形势，最高统治者一方面吸取借鉴明朝统治模式，进一步完善官僚体系；另一方面也承继了关外时期的一些做法，以确保满洲统治的主体地位。
入关之初，沿设内三院，顺治十五年（1658年）废除，改设内阁。顺治十八年（1661年），辅政四大臣执政，以顺治帝遗诏为名，罢内阁，恢复内三院。康熙帝亲政后，于康熙九年（1670年）八月，再度将内三院改为内阁，始成定制。
这一反复，既体现出清廷最高权力层内部对采取何种统治方式的分歧和犹豫，也表现出满洲权贵民族优越感心理的狭隘性。
康熙帝确立内阁后，依照顺治十五年成例，定大学士加殿阁衔，品级为正五品。这比正二品的六部尚书明显低了很多。雍正八年（1730年），雍正帝做出调整，定大学士为正一品，尚书为从一品。至此，内阁高居其他部院之上，大学士成为位极人臣的要职。但直到乾隆十三年（1748年）底，大学士员数和三殿三阁兼衔、出缺开列，才最终形成定制。
作为内阁的最高官员，大学士的职责是：“掌议天下之政，宣布丝纶，厘治宪典，总钧衡之任，以赞上理庶务。”
不过，鉴于明朝内阁首辅权重的教训，清代皇帝对大学士是严格控制或防范的，方法是：不设首辅，令学士、侍读参与票拟；军国大政仍主要由议政大臣商议，利用奏折制度直接下达谕旨等。总之，内阁是秉承皇帝意旨办事的。
尽管如此，皇帝对内阁仍不满意。一是由于内阁位于外廷，容易泄露秘密事宜；二是内阁办事效率不是很高，特命满汉大学士、尚书、左都御史而成立的稽查钦奉上谕事件处，就是为解决这一问题而设的。
不仅内阁不能令皇帝满意，延续下来的议政王大臣会议制度，同样存在问题。
中国社会科学院历史研究所研究员杨珍
议政王大臣会议是清代颇具特色的一种制度，他们议决的内容除了军国要务外，还有制定法规等，入关之后，议政王大臣会议仍然有很大的权力。
入关之初，由于政局尚不稳定，议政大臣在制定军国大政方面，确实发挥了积极的作用。但由此也形成一个隐患，即权力过大。谈迁曾说：“清朝大事，诸王大臣佥议既定，虽至尊无如之何。”这种局面，显然不利于皇权的行使。
议政大臣虽然人员较多，但大多素质较差，且不谙政务。另外，议政大臣“会议之事，俱系国家重大机密事务”，“议政所关，殊为机密重要”，但因队伍庞杂，泄密时常发生。如此情形，议政大臣又怎能发挥应有的作用呢？
顺治至乾隆诸帝也曾想方设法解决这一难题，但收效并不大。
军机处诞生后，议政大臣越来越边缘化，渐渐成为满洲大学士、尚书所兼的虚衔。到了乾隆五十八年（1793年）十月，乾隆帝宣布废除议政虚衔。他说：“自雍正年间设立军机处之后，皆系军机大臣每日召对，承旨遵办。而满洲大学士、尚书，向例俱兼议政虚衔，无应办之事，殊属有名无实。朕向来办事只崇实政，所以议政空衔，著不必兼充。”议政王大臣会议制度就此退出政治权力舞台。
书房尽管经内三院而最终发展成内阁制度，但起初的影子仍有所保留，并呈现出新的形式。
顺治十七年（1660年）六月，顺治帝曾颁谕，命翰林院选翰林官轮班入值，以备自己随时召见，咨询顾问；并令在景运门内建造值房。这项举措，与当年努尔哈赤创建书房时颇为相像。但仅仅运行了一年半，这项举措就因顺治帝的去世而取消了。
康熙帝亲政后，又推出一项措施，于十六年（1677年）十月，谕令从翰林官内选择博学、善书者，入值内廷。经大学士等讨论后，十一月十八日，张英、高士奇首批入选。十二月十七日，他们在南书房正式侍从康熙帝。
南书房位于乾清门内、乾清宫的西南隅，又称南斋、大内南书房，原为康熙帝读书之所。
康熙像
南书房翰林大多为汉人，没有固定名额，主要职责就是侍从皇帝讲经论史、诗文唱和，以及编校图书等。
虽然康熙帝告诫入值南书房者不得干预外事，但有时也让他们参与特颁诏旨的草拟、书写工作。所以，宗室昭梿在《啸亭续录》中说：“本朝自仁庙建立南书房于乾清门右阶下，拣择词臣才品兼优者充之，康熙中谕旨，皆其拟进。”南书房翰林的重要性由此可见一斑。
几经调适和抉择，清王朝的权力架构越来越成熟。清人管世铭曾说：“国家初制，章疏票拟主之内阁，军国机要主之议政处，其特颁诏旨，由南书房、翰林院视草。自雍正初年设军机处，领以亲重大臣，复选庶官之敏慎者为满汉章京襄其事，机要章奏皆下焉”，“而政本悉出机庭，兼议政、视草而一之”。
南书房
这一中枢权力演变轨迹，也正是清代皇权不断强化的过程。
从大的趋势来看，军机处的产生，既是皇权不断强化的结果，又反过来进一步为皇权高度强化提供了强有力的支持。因为，无论形制，还是职责，军机处可以说集内阁、议政处、南书房之大成，非常有利于皇帝集中权力，统一意志，能够快速、有效地推行政令；同时，也在很大程度上预防、排除了来自宗室、八旗权贵和朝中重臣等的干扰、掣肘，较好地处理了长期以来皇权与相权、臣权等的矛盾。
而从雍正帝的角度来看，当年摄政王多尔衮的目空一切、辅政大臣鳌拜的飞扬跋扈、康熙帝的两立两废太子、诸皇子谋求储位的明争暗斗，以及各种势力对清廷的敌视、少数民族政权欲与清廷分庭抗礼等血与火的事实，历历在目，这迫使他不得不建立强有力的权力运行机制，以化解各种明显或潜在的危机。西北准噶尔部的动荡和挑战，恰好为雍正帝创设军机处提供了一个难得的契机。后来军机处的发展表明，这一制度更新，具有不可小觑的重要意义。
军机处尽管被赋予了很大权力，但有一个事实不容忽视，那就是它始终是在皇帝的掌控下行使职责的。
清人赵翼评价军机处说：“雍正以来，本章归内阁，机务及用兵皆军机大臣承旨。天子无日不与大臣相见，无论宦寺不得参，即承旨诸大臣，亦只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间也。”而经嘉庆帝大力整顿后，军机处的权限更受到了严格控制，不仅难以与过去的相权相比拟，甚至连雍正、乾隆时期的情形也不如了。
乾隆帝曾一再强调：“我朝家法相承，乾纲独断”；“我朝自定鼎以来，综理政务，乾纲独揽”。“乾纲独断”也好，“乾纲独揽”也罢，表达的是同一个意思，即皇权至上。
既然皇权至上，军机处也就只能成为皇帝意旨的传达机构了。
南开大学教授冯尔康先生在《清朝简史?序》中曾强调：中国历史上皇权和相权的分配，从秦汉的丞相制，到唐代的三省制，再到明朝的内阁制、清代的军机处制，是相权越来越缩小，君权越来越加大。相权根本无法与皇权抗衡，从而也难以对专制皇权的弊病起到补救与调整的作用。清朝皇帝置宰相于幕僚地位，大权独揽到无以复加的地步，使皇权发展到高峰。但是像任何事物一样，当其到达顶点时，也就是走下坡路的开始。而清代皇权变化较快，由于外国的侵略和内部的演变，清代后期皇权在事实上衰落了，后来不得不宣布预备立宪，预示着典型的封建君主专制行将结束。
历经岁月洗刷，军机处已变得不再神秘。但当人们零距离接触它时，仍不免会产生无限遐想。
军机处留给世人的，并非一排看上去不起眼的房子，而是“一面镜子”：不打破权力怪圈，国家就不能在本质上走向正常发展的轨道。
