一波三折的身份转型。
不过，军机处的发展在雍正帝去世后，却遇到了波折。
雍正十三年（1735年）十月二十九日，刚刚即位不久的乾隆帝宣布裁撤军机处。其理由是：“今西北二路既已无事，而苗疆之事亦少，大小事件既交总理事务王大臣等办理，其军机事务与苗疆事务，亦著交总理事务王大臣等兼理。”
但两年后的乾隆二年（1737年）十一月二十八日，乾隆帝于前一日应总理事务王大臣之请，取消总理事务处后，又下命恢复军机处。他强调说：“目前西北两路军务尚未全竣，且朕日理万机，亦间有特旨交出之事，仍须就近承办。”
乾隆帝之裁而复设，一方面说明他对是否要承继军机处这一机构心存疑虑；另一方面，也显示出他对军机处的功能还是较为重视的。更关键的是，他对军机处的定位，开始由主要承办军务转向办理军国机要。
这一思路，为其子嘉庆帝所承继。嘉庆十年（1805年）五月十九日，御史何元烺曾上奏建议“酌改军机处名目”，但嘉庆帝批驳他说：“军机处名目，自雍正年间创设以来，沿用已久，一切承旨书谕及办理各件，皆关系机要，此与前代所称平章军国重事相仿，非专指运筹决胜而言。”
军机处诞生之初的“神秘性”，在乾隆初年遇到的波折，以及此后很长一段时期对其身份定性的抉择，成为它迟迟不能转变为朝廷正式机构的重要因素。
军机处身份的转型，是在嘉庆年间完成的，而这与嘉庆帝对军机处的大力整顿密切相关。
大体说来，嘉庆帝主要采取了如下一些措施：为防军机大臣专权，严禁内外官员以所奏之事关会军机处，严禁朝臣阿谀逢迎军机大臣，亲王不得入值军机处，军机大臣与御前大臣不得相兼；对于军机章京人选，命军机大臣将各部院保荐者考选后带领引见，定其名额为满汉各十六人，规定军机章京升迁保举之法和回避之例，出差大臣除军机大臣外不得奏请随带军机章京，禁止留京王大臣将奏章交军机章京办理；为防军机处泄密，命都察院派监察御史一人，在隆宗门内北首内务府值房，轮流值班监视。
经过这一系列建章立制，军机处大为改观。所以，嘉庆二十三年（1818年）续辑成的《嘉庆会典》，正式出现了“办理军机处”的名目，军机处从此成为一个名正言顺的中央权力机构。其后，道光帝又于道光三十年（1850年）颁布《军机处章程九条》，军机处的规章制度得到进一步完善。
然而，随着鸦片战争的爆发，以及西方列强的不断入侵和蚕食，清王朝已是江河日下，处于风雨飘摇之中。在此形势之下，军机处虽然一直存续着，但它所能发挥的作用，已远非此前可比。宣统三年（1911年）四月，随着责任内阁的建立，军机处再度被废除。至此，存在一百八十余年的军机处，退出历史舞台。
