军机处的重要职责——承旨出政。
雍正年间军机处初设时，仅有几间比较窄的板屋，其西端因靠近隆宗门北侧之墙，光线非常暗，办公条件很差。不久，由于修缮宫殿，办公地点移到广场对面，完工后回迁原地。到了乾隆初年，始改建为瓦屋，才有了现在的模样。
除了皇宫之外，在圆明园左如意门内、西苑门内等地，也有军机处人员的固定办公处所。而当皇帝出巡时，随从的军机处人员，或在各地行宫宫门值房，或在行营蒙古包、帐房内办公。
如果仅从办公条件的简陋情况来看，军机处似乎无足轻重。其实，恰恰相反，军机处在整个国家权力机制中，具有非常重要的地位和作用，其他任何机构都不能与之相比。
按照清朝的规定，以乾清门为界，横街以南为外朝，乾清门以北为内朝。内阁、六部等衙门位于外朝。而军机处则位于乾清门西侧、隆宗门北侧，紧邻内廷。所谓“军机处系机要重地”“军机处系机密之地”“军机处地属机枢”等，足见军机处在朝廷权力结构中的重要程度。
在人员设置上，军机处“大小无专官”，均为兼官，而且没有属吏，其成员仅有军机大臣和军机章京。
军机大臣，俗称“大军机”，由皇帝从满汉大学士、尚书、侍郎、京堂内亲自任命，没有固定名额，少则二三人，多则八九人，其中一人为领班军机，称为“揆首”或“领袖”等。军机大臣有一个十分突出的特点，即都是皇帝欣赏的亲臣、重臣。所以清人吴振棫说：“军机大臣惟用亲信，不问出身。”
军机章京，俗称“小军机”，起初由军机大臣从内阁满汉侍读、中书及各部郎中、员外郎、主事中，选其贤能者充任，无定员；嘉庆年间，改为考试选拔，定满汉各十六人，分为四班，每班以一人领班，满语为“达拉密”，后来又略有增减。
从体制上说，军机大臣间没有等级差别，但因各人资历、年龄、入值时间，特别是受皇帝宠信程度不同，名次各有前后之分。最后一名被戏称为“挑帘子军机”，因为每当觐见时，总是由他来卷帘子，以便领袖军机和其他军机大臣进出。
军机大臣和军机章京之间，也没有隶属关系。但事实上，军机大臣位高、权重、望隆，又身为内阁大学士或部院堂官，军机章京的地位比军机大臣稍低。
而且，在“首崇满洲”的格局下，无论军机大臣，还是军机章京，满洲人都比汉人具有一定优势，虽然不像其他衙门那么明显。
军机处尽管没有衙门，只有值房，但它承担的职责却很不一般。
据清朝官方和私人文献记载，军机大臣总的职责是：“掌书谕旨，综军国之要，以赞上治机务。”具体地说，负责为皇帝撰拟并发布上谕、协助皇帝处理奏折、随时听候皇帝召见以备咨询、参预高级和重要官员的选拔、提供赏赐名单和物品、奉命与有关部门官员商议大政、审理重要案件，以及兼充方略馆总裁、内翻书房管理大臣等。
军机章京则“分办清字、汉字之事”，如缮写谕旨、记载档案、查核奏议等。
在众多职责中，承旨出政，是军机处最为核心的一项工作，也最能体现出军机处的特殊性。
皇帝的命令分为谕和旨两大类：凡皇帝特别颁布的为谕；因官员奏请而指示，或因奏请而宣示中外的为旨。谕旨的传达又分两种形式：一是由军机大臣承皇帝之命交内阁办理的，称为明降谕旨，其中，在京衙门的朱批原折，要汇缴到军机处保存，需要用驿站传递的，由军机处封交兵部捷报处发出。第二种形式，是皇帝命军机大臣迅速、秘密办理，而不经内阁之手的，称为廷寄，直接由军机处封交兵部捷报处传递。传递速度，根据事情的缓急程度，分为日行三百里的马上飞递，或者日行四百里、五百里、六百里，以及六百里加紧等。
按照惯例，军机大臣承旨后，一般于第二天将所拟谕旨进呈。但自西陲用兵，军报一到，即立刻递进，所拟谕旨也随撰随进。
如果皇帝在巡幸途中，于马上降旨，军机大臣面奉谕旨后，便命军机章京歇马撰拟缮写，然后飞驰到皇帝驻足的行营进呈。不过，行营之间相距七八十里，需要半天工夫才能到达。军机章京为了显示自己的办事效率，常常匆忙将谕旨缮写好，便飞驰到两个行营之间的尖营（满语称之为乌墩）进行复命。这就是所谓的“赶乌墩”。清人赵翼曾评价这一做法，认为有利有弊：利在“敏速集事”；其弊则在于因赶时间，撰拟的谕旨“不能曲尽事理”，皇帝每每需要“御笔改定”。
廷寄格式，凡给经略大将军、钦差大臣、总督、巡抚、学政等封疆大吏的，封函上书“军机大臣字寄”；给盐政、关差、布政使、按察使的，则书“军机大臣传谕”。上面加盖军机处印信。
军机处成立之初，并没有印信。雍正十年（1732年）三月初三，大学士等遵旨议奏，才定为“办理军机印信”，由礼部铸造银质龟钮。乾隆初年，又换铸为“办理军机事务印记”。
军机大印一开始由军机处保管，后为防弊，转归内奏事处收藏，但印的钥匙仍由领班军机大臣随身携带。
另外，军机处还铸有一块金牌，上镌“军机处”三字。平常由值日军机章京佩带，封印后则交给领班章京。
每当用印时，值日章京先到内奏事处将印领出，然后以金牌为凭，向军机大臣请钥匙开启，用完后立即送回内奏事处。
如果平时事情不多，如此办理还不算麻烦，但若一天需用多次，就颇费周折了。军机处为此想出一个变通办法，即每次领出印后，就多盖一些封函，以便随时取用，从而提高了办事效率。
所以，清人赵翼曾感慨道：“机事必颁发而后由部行文，则已传播人口，且驿递迟缓，探事者可雇捷足先驿递而到。自有廷寄之例，始密且速矣。”
