御驾亲征，剿灭噶尔丹。
然而，这种相对平静、相安无事的状态并没能持续太久，便被厄鲁特蒙古准噶尔部首领噶尔丹打破了，而准噶尔部也从此成为西北和北部地区的一个主要不稳定因素。
噶尔丹是一个很有野心的人，他梦想成为蒙古霸主。所以，当他掌握了准噶尔部统治权、获得“博硕克图汗”称号后，就开始对厄鲁特诸部及临近的蒙古部落发起一系列兼并和掠夺战争。经过十余年征战，实现了这一“近攻”的预定目标。
接下来，气焰日盛的他，又开始了“东进”计划，想进一步控制青海的和硕特部和喀尔喀蒙古。这一计划，实际上是和清廷争夺对这些地区的控制权。为了达到自己的目的，噶尔丹一反其父兄抗击沙俄入侵的严正立场，竟然与沙俄互相勾结。
噶尔丹在沙俄支持下，率三万人马侵入喀尔喀地区的特穆尔。
康熙二十七年（1688年），正当喀尔喀蒙古的抗俄斗争进入高潮时，噶尔丹却在沙俄侵略军头子戈洛文的挑唆和支持下，率三万人马侵入喀尔喀地区的特穆尔，使喀尔喀蒙古陷入腹背受敌的困境。在噶尔丹的强势攻击下，喀尔喀各部惨败，其首领不得不率部南下附清。噶尔丹又以追逐喀尔喀为名，气焰嚣张地进犯当时已为清廷所统一的内蒙古乌珠穆沁地区。
康熙二十九年（1690年），噶尔丹又侵入乌尔会河以东的乌兰地区，进攻驻守当地的清军，并乘胜长驱而入，一直打到距北京仅七百里的乌兰布通。这一局势，对清廷构成了极大威胁。
中国社会科学院中国边疆研究所研究员马大正
噶尔丹不是想投靠沙俄，而是想利用沙俄来达到他自己的政治目的。俄国也想利用噶尔丹这股政治力量作为牵制康熙的一个筹码，希望在签订《尼布楚条约》时获取更多的好处。噶尔丹想利用沙俄，实际上却被沙俄所利用。
噶尔丹的大肆扩张，以及与沙俄的狼狈为奸，不仅阻碍了当时反击沙俄的良好势头，而且恶化了清廷和厄鲁特蒙古早已建立的遣使通贡关系。尤其严重的是，噶尔丹竟然狂妄地向康熙帝提出“圣上君南方，我长北方”的要求，俨然要与清廷分庭抗礼，独霸蒙古。
面对如此危局，康熙帝清醒地认识到，噶尔丹这个人“力强志大，必将窥伺中原，至殒命不止”。为了维护国家统一、安宁边疆，他决定打击和消灭亲俄的噶尔丹分裂势力，并迅速做出“断宜速灭”“除恶务尽”的平定方针。
自康熙二十九年（1690年）七月起，清廷派大军向噶尔丹发起了反击。
在征讨噶尔丹的过程中，康熙帝曾于三十五年（1696年）二月、九月和三十六年（1697年）二月，三次率军亲征，这表明了他彻底打击噶尔丹的坚定决心。
几经较量，清军先后在乌兰布通、昭莫多之役中获得大胜，重创噶尔丹军，将其有生力量消灭殆尽。
康熙帝错金龙纹腰刀，呼和浩特市地区征集，内蒙古博物馆藏。
清军与噶尔丹军队激战
康熙三十六年闰三月十三日，众叛亲离、走投无路的噶尔丹身亡于阿察阿穆塔台。噶尔丹的侄子丹济拉等带着噶尔丹的尸体及其女钟齐海，率三百户归降。
剿灭噶尔丹、招抚其部众的目的均已达到，康熙帝遂于五月十六日班师回京。
清廷平定噶尔丹的叛乱和分裂，在统一西北和北部边疆的进程中，迈出了重要的一步，进一步促进了多民族国家的发展。而且，还有效地遏制了沙俄对我国边疆的侵略、蚕食，捍卫了我国多民族国家的独立与完整。
鄂尔多斯右翼中旗扎萨克令牌，锡林郭勒盟地区征集，内蒙古博物馆藏。
塞翁失马，焉知非福。噶尔丹所挑起的动乱，却也给清廷带来一个意外收获。当噶尔丹攻击喀尔喀时，喀尔喀不得不向清廷求援，并归附了清廷。
为了安置喀尔喀部众，康熙帝于三十年（1691年），集内外蒙古首领，在多伦诺尔举行了一次盛大会盟。并按照内蒙古编制，将喀尔喀诸部分设三十四旗，实行扎萨克制，赐封各首领亲王、郡王等爵号。
中国人民大学清史研究所教授成崇德
多伦诺尔是蒙古语，意为七个湖泊。康熙在这个地方扎了很多营帐，把蒙古的所有王公都请来，把新疆的王公都请来，把西藏的喇嘛请来，举行了一次阅兵、会盟。
这次会盟，意义非同一般。清廷不仅从此将漠北地区纳入直接管辖之下，还凭借喀尔喀在北部边疆筑起了一道坚固的“铜墙铁壁”。
北京市社会科学院满学研究所研究员阎崇年
《清史稿》评价康熙皇帝之功，说“虽曰守成，实同开创”。“虽曰守成”，就是说他守住了原来祖先的事业，并且进行了巩固。“实同开创”怎么理解呢？譬如说疆域问题，历经太祖、太宗、世祖三朝（特别是入关后，顺治皇帝用了十八年），都没能解决这个问题。到康熙二十二年（1683年），康熙皇帝把这个问题给解决了。
康熙帝曾不无自豪地说：“昔秦兴土石之工，修筑长城。我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚固！”
一波方平，波澜又起。
继噶尔丹之后，策妄阿拉布坦成为准噶尔部首领。他趁青藏各派势力冲突、形势复杂多变之际，企图控制青藏地区，依附沙俄，以壮大自己的势力范围。康熙五十五年（1716年），清廷发动了对西藏的武力征服。
内蒙古呼和浩特市清代固伦恪靖公主府。康熙三十六年（1697年），康熙皇帝六女儿恪靖公主下嫁漠北喀尔喀蒙古土谢图汗敦多布多尔济后所建府邸。
为稳定西藏动荡局势，康熙帝两次派军队入藏，五十九年（1720年）九月，将准噶尔军驱逐出西藏。
驱准保藏获得胜利后，清廷在西藏设置噶伦，任命康济鼐等藏官总理藏政，以加强对西藏的直接管理；并派四千军队留驻拉萨，维护治安。
弓箭。内蒙古博物馆藏。弓箭是当时战场上的常见冷兵器。
此后，雍正帝鉴于阿尔布巴事件，于雍正六年（1728年）正式在拉萨设立驻藏大臣衙门。
乾隆十五年（1750年），珠尔默特那木札勒事件后，清廷废除“郡王”，改设四噶伦制，并颁布《酌定西藏善后章程十三条》，明文规定、强化了驻藏大臣的职权。五十八年（1793年），击退廓尔喀第二次入侵后，又颁布《钦定藏内善后章程二十九条》，将西藏地方的行政人事、司法、财税、外交、军事等权力赋予驻藏大臣，并确立了选择大活佛转世灵童的“金本巴瓶”掣签制度。西藏地方与朝廷的政治关系，在制度上最终趋于定型和强化。
