举棋不定的两线作战与崇祯殉国。
最终直接导致明王朝崩溃的，是军事上的失策。天启七年（1627年），陕西澄城县灾民王二联络数百人，以墨涂面，杀死知县，揭开了明末农民起义的序幕。农民起义与东北的后金政权，内外夹击，最终使明王朝崩溃。在抵抗后金上，错误地杀害袁崇焕，使崇祯帝失去了一名在东北能与后金抗衡的名将。在镇压农民起义上，崇祯帝却又频繁易将，使农民起义军不断地获得喘息之机。从杨鹤到曹文诏、陈奇瑜、洪承畴、熊文灿、杨嗣昌，镇压农民起义军的总指挥频繁更易。一旦京城面临后金的攻击，在河南、陕西一带镇压农民起义的将领和军队往往会被调往东北前线。崇祯九年（1636年），因清兵入关，总理直隶、河南、山东、四川、湖广五省军务并且在前线镇压农民军的卢象昇被迫赴京勤王。崇祯十一年（1638年），总督山、陕、川、湖、河南五省军务的洪承畴也因清兵入关被征入守京城。在两条战线上，崇祯帝举棋不定，来回折腾，使明朝政府在两条战线上都越来越被动。结果，东北战事不能缓和，明朝也就腾不出手来全力对付农民军。两线作战的后果，是剿饷、练饷的不断征发，这又恶化了原本就处于饥荒中的农民的生活状况。于是，他们揭竿而起，响应农民起义军，最终汇成一股不可遏止的洪流，掀翻了朱由检的末代统治。
明崇祯刻本《剿贼图记》
崇祯十五年（1642年），闯王李自成在湖广的襄阳建立农民政权。次年，李自成攻占西安城，在西安建国，国号大顺，改元永昌。崇祯十七年（1644年），李自成命田见秀留守西安，然后兵分两路，直指北京。一路是李自成主力从山西指向北京，一路是刘芳亮自河南进入北直隶，阻止明军南下。北京彻底被孤立了。然而，此时明朝的防守部队有多少呢？崇祯十六年（1643年），福王世子朱由崧的奏疏中谈到：“黄河迢递千里，以不满万之卒，欲御数十万之寇。”作为京师的北大门，宣府镇是明朝最重要的边镇。然而据崇祯十六年总兵唐钰的奏报，“兵止六千，马匹仅三百，月饷压欠年余”。北京城的防守更差。崇祯十七年（1644年）正月李建泰出征，仅带了一千五百名禁军，可想当时兵力枯竭到什么样的地步。各地兵源也都有枯竭的趋势。崇祯十六年受召为兵部侍郎的倪元璐，原本以为南直隶的淮安是一个“巨镇”，想从史可法那里借精兵三千赴援北京。然而，当倪元璐到达淮安时，却发现史可法帐下“健儿才两千，画淮自守未足”！最终，倪元璐只能率三百骑兵入京勤王。以这样的兵力，显然无法挡住农民军的进攻。风雨飘摇之际，崇祯帝曾经有迁都南京的念头。但是，崇祯帝再次举棋不定，京师往南的真定府随即被大顺农民军刘芳亮部攻占，最后他只得放弃南迁的打算。
崇祯十七年三月十三日，李自成占领京师北面的昌平，北京城的屏障全失。十七日，农民军抵达北京城下，“四面如黄云蔽野”，水泄不通，北京完全成了孤城。驻扎城外由李国桢指挥的京师三大营，皆老弱残兵，根本不是农民军的对手，而三大营的火炮被农民军缴获后，反而成了大顺农民军攻城的利器。登城防守的明朝士兵，每隔十个城垛才一个兵员，而且老幼间杂。至此，北京城已不堪一击了！三月十八日夜，大顺军对北京城发起强攻。太监曹化淳开彰义门迎接义军入城。次日，大顺农民军完全占领北京，从正阳门、崇文门、宣武门进入北京内城，“军容甚肃”。三月十九日中午，李自成“毡笠缥衣，乘乌驳马”，自德胜门入城。驿卒出身的李自成，成为明王朝的掘墓人！两天以后，农民军才在煤山搜得崇祯帝的遗体。
崇祯思陵
据说，人们在崇祯帝的衣襟上见到他写下的遗言，上面写道：“朕自登极十七载，三邀天罪，致虏陷地三次，逆贼直逼京师，诸臣误朕也。朕无颜见先皇于地下，将发覆面，任贼分裂朕尸，可将文官尽行杀死，勿坏陵寝，勿伤我百姓一人。”至死之时，他将失败的命运完全归怨于文臣们。然而，十余年的统治，事事独断，事事亲为，自信至极而成自负，渐流于刚愎自用而不自知，他自身也是要对明朝的灭亡负责任的！大臣们说，皇帝年轻气盛。例如，内阁大学士刘鸿训就曾对人说：“皇上毕竟是冲主。”无论自己承认与否，十七年的惨淡经营以及最终的殉国，的确是明朝皇帝朱由检为年轻付出的代价。
李自成农民军将崇祯帝的梓宫移置昌平，被当地人安葬。清军入关，摄政王多尔衮为收拢人心，以帝礼将其改葬于思陵，命臣民服丧三日，初谥为“端皇帝”，庙号“怀宗”。清顺治十一年（1654年）八月，著名史学家谈迁北游，于莽棘之中拜谒思陵。时陵户仅八人，祭田一顷而已。守陵太监感慨道：“崇祯家老奴不过如此！”然而，作为亡国之君，他还能要求什么呢？
