耶稣会士来华——中西文化交流上的大事。
利玛窦逝世后不久，天主教在中国的发展似乎依然顺畅。万历三十八年到三十九年（1610—1611年），明朝政府还有过准备让传教士参与修订历法的讨论。继利玛窦之后负责中国传教事务的耶稣会士龙华民（Nicolas Longobardi），继承了他的前任通过科学知识来传播天主教的策略。他派另一位传教士金尼阁（Nicolas Trigault）返回欧洲汇报工作，并嘱咐他征集最新的欧洲书籍带到中国。据说，八年后金尼阁重返中国时，带回了七千部西书，其中大部分与当初利玛窦携带的图书一起，构成了北京天主教南堂图书馆的核心。然而，与利玛窦不同的是，龙华民热情有余而谨慎不足，对当时传教的形势过于乐观，最终导致了万历四十三年到四十五年（1615—1617年）间的南京教案的爆发。
南京教案发生在万历四十四年到四十五年（1616—1617年），距离利玛窦之死刚刚过去六年时间。针对传教士的攻击，是由当时的南京礼部侍郎沈
发起的。沈三次上疏皇帝攻击天主教，声称天主教聚会礼拜的行径跟秘密会社如白莲教的行为类似，请求朝廷加以取缔并将传教士逐回欧洲。由于当时朝中与传教士关系密切的东林人士相对失势，而浙党占据要职，徐光启等人为天主教的辩护没有结果，而沈的请求最终得到皇帝的批准。万历四十四年七月，南京的传教士王丰肃、曾德昭等人被捕入狱，而北京的庞迪我、熊三拔等人被押解到澳门。这是明朝末年西洋传教士在华的第一次重大挫折。
挫折过后，传教活动继续在明末清初稳定地发展。仅以南京教案后的几年为例，万历四十七年（1619年）增加了二百七十七名新教徒，而万历四十八年（1620年）增加了二百六十八名新教徒。到明朝天启年间，另一位著名的传教士汤若望也来到了中国。到崇祯皇帝朱由检统治时期，传教士在修订历法、传授火器使用之法等方面都活跃起来。崇祯年间修订历法时，徐光启组织的历局之中，包括李之藻、李天经等天主教信徒，以及汤若望、罗雅谷等外国传教士。尽管“崇祯历”没有实行，但清初汤若望修订的“时宪历”，正是在《崇祯历书》的基础上完成的。这种科学与宗教传播并进的局面，一直持续到清朝，直到清朝康熙晚年因礼仪之争下令禁止传播天主教为止。
抛开宗教的因素不谈，明末清初的耶稣会士来华确实是中西文化交流上的大事。耶稣会士给中国人带来了地理学、天文学方面的知识。在利玛窦来到中国之前，中国从来没有过一幅真正的世界地图。历代的华夷图、天下图之类，实质上都是中国地图，附带着陆上接壤和岛上散居的夷狄。万历十二年（1584年），利玛窦在广东肇庆刊行了第一幅汉字标注的世界地图——《山海舆地全图》。利玛窦的地图后来翻刻了十二次之多。这些世界地图，体现了西方地理大发现后最新的地理学成果。它第一次告诉中国人“天下有五大洲”。而且，利玛窦的世界地图也尽可能采用中文中已有的译名，如大西洋、地中海、古巴、加拿大等译名。通过利玛窦的世界地图，中国人的视野大为拓展。
利玛窦的世界地图虽然在明代后期多次翻刻，大量印行，被学者们广为传阅和摹刻。但到了清代以后，它的流传已经不广，只是在清宫中保存了几幅，而一般人很难看见。这样，利玛窦世界地图从影响广泛到湮没无闻。利玛窦世界地图所代表的世界观，也没有冲垮中国传统的“天下观”。
利玛窦还曾经用铜铁制造天球仪和地球仪，讲述地球的位置和各星球的轨道。这些仪器据说当时都安置在北京城东南角的观象台上。在李之藻的帮助下，利玛窦译编了《乾坤体义》。这本书所阐述的内容基本上仍然属于亚里士多德的宇宙论。尽管这并不是当时西方最进步的哥白尼体系，但对于仍然习惯于天圆地方说、浑天说等理论的中国人来说，这种严格而系统的宇宙理论，已然是足以振聋发聩了。
利玛窦还带来了近代欧洲的数学。来到中国以后，利玛窦把自己在罗马学院的老师克里斯托弗?克拉维斯（Christoph Clavius，1537—1612年）的讲义——《几何原本》翻译成了中文。那位老师被利玛窦译为“丁先生”。协助利玛窦翻译的执笔人，是后来写下《农政全书》的徐光启。据说，每天下午三四点钟时，徐光启就会来到利玛窦的住所，利玛窦口授，徐光启进行笔译。万历三十五年（1607年），《几何原本》刻印于北京，影响很大。利玛窦死时，在讨论要不要给利玛窦葬地的时候，内阁大学士叶向高就很公正地说：“仅其所译《几何原本》一书，即宜钦赐葬地。”让中国人感到稀奇的，还有利玛窦传入的透视画法。这种绘画方式，讲究几何学、光学和人体解剖学的应用，与传统的中国画法有着巨大的差别，也引起了当时人们的兴趣。利玛窦还告诉人们，主管人的记忆的是人的头脑，而不是“心”。
明末清初传教士传入的西学，要辩证地看待。从欧洲文艺复兴以来，科学与民主的近代文化与经院神学的中世纪文化之间的对抗与斗争，一直就没有停息过。耶稣会士们虽然以博学著称，然而他们的世界观是反对近代思想和科学的。如果历史可以假设，那么，如果16、17世纪传入的不是中世纪的神学教条而是近代的世界观和方法论，是西方思潮中的人本主义，是哥白尼、伽利略所奠立的近代科学体系，那么，中国思想文化的发展又将会是一个什么样的面貌呢？然而，耶稣会士传来的西方科技，还是极大地丰富了中国学者的知识，开启了他们的眼界。在天文历算、地理、水利、火器方面，还涌现了一批专门著作。这是有划时代意义的。
耶稣会士向中国传入西方科学知识的同时，也正面地将中国的文字、历史与文化向西方进行了介绍。在学习中文时，耶稣会士会选择传统儒家文献为教材，将学习中文与了解中国文化结合起来，并将中国的文献译为欧洲文字。据说，从1591年到1593年，利玛窦就开始翻译四书，即《大学》《论语》《孟子》《中庸》等儒家经典，而罗明坚在1588年离开中国返回欧洲后，终其余生都在翻译中国的四书。在今天的意大利国家图书馆，还藏有罗明坚翻译四书的手稿。据学者考察，今天梵蒂冈图书馆的善本收藏中，与《易经》研究相关的明清传教士的中文或拉丁文手稿就至少有十多种。利玛窦还编写了一部用拉丁拼音来拼写汉字的著作，即《西字奇迹》。在撰述方面，由利玛窦撰写、金尼阁整理的《基督教远征中国史》、曾德昭的《大中国志》、卫匡国的《中国历史七卷》等介绍中国历史文化的书籍在欧洲广为流传，成为研究中国历史文化的欧洲汉学的起源。
