借中国士大夫征服民众，借欧洲科学征服士大夫。
首先，利玛窦清楚，要向中国人传播基督教的文化，必须理解中国文化。从一字不识开始，利玛窦潜心于中国文化，据说他“能尽通经史之说”，有些人甚至说，利玛窦能将中国的四书五经倒背如流。其次，利玛窦认为，必须以精英人士为目标。衣着儒衣、结交儒士，博取明代士大夫的好感，是争取精英人士信任的最根本的前提。耶稣会士反对偶像崇拜，因而反对佛教与道教，但却认为祭拜孔子和祖先是合适的。甚至，利玛窦宣扬基督教的书籍所述说的道理也似乎与中国的道德主张相似。著名的东林党人邹元标就说，像利玛窦等人所讲的学术，“与吾国圣人语不异”。向中国传统的妥协，换取了中国士大夫的信任。晚明代表着儒家正义的东林党人，跟耶稣会士来往就很密切。甚至东林党人天启二年（1622年）在京城创办的首善书院，都紧邻着宣武门内的天主教南堂。这种中国士大夫对基督教的误读，正表明在华耶稣会士传教策略的成功。第三，利玛窦认为要借助科学知识的手段。他曾经说：“传道必先获华人之尊敬”，“最善之法莫若渐以学术收揽人心”。
在中国多年后，利玛窦悟到这样一个道理：借中国的士大夫来征服民众，借欧洲科学来征服士大夫。利玛窦深知，要争取中国的精英人士，就应该努力学习古典文化，同时要迎合士大夫阶层人士的趣味，满足他们在历法、天文、数学、地理和工艺方面的兴趣。他早期所接受的自然科学的训练，在中国派上了巨大的用场。万历二十八年（1600年），徐光启在南京见到了利玛窦，后来另一位传教士罗如望为他举行了洗礼，徐光启加入了基督教，并取教名保禄。从万历三十二年到三十五年（1604—1607年），他在北京跟随利玛窦学习和翻译西欧的数学、天文、地理和水力学，并在此后译出了《几何原本》《泰西水法》等著作。李之藻也在万历三十二年开始跟随利玛窦学习，并且与利玛窦合作翻译了《浑盖通宪图说》《圜容较义》等科学著作。20世纪40年代，徐宗泽先生编《明清间耶稣会士译著提要》，收入明末清初耶稣会士编译的书籍二百余种，其中历算及科学类的著作约三十七种，由此可见耶稣会传教士在明末清初传入西方科学之一斑。传教士带来的知识，对于中国士大夫来说，是新鲜的。《明史?外国传》说：“其所著书多华人所未道，故一时好异者咸尚之！”
万历三十八年（1610年），利玛窦病逝于北京。根据法国人裴化行的《利玛窦神父传》所载，利玛窦的准确离世时间是1610年5月11日上午7时。一个月后，在李之藻的请求下，明神宗赐予了利玛窦一块墓地，位于北京城西的平则门外，即今天的阜成门外。《明实录》对此记载非常简洁，只是说万历三十八年四月壬寅，“赐西洋国故陪臣利玛窦空闲地亩埋葬”。次年，利玛窦正式下葬。据说，在利玛窦死时，北京的天主教徒人数已经达到了四百多人，而全国的天主教徒人数达到两千多人。单纯从数字上看，二十几年的传教历程所收获的成果似乎并不丰厚。然而，考虑到天主教主要是在中国的知识阶层中扩散的，这个数字就代表着相当的成功了。在明朝末年，人们称天主教为“利氏之教”或“利氏学”，而把耶稣会传教士称为“利氏之徒”，清楚地表明了利玛窦在耶稣会中国传教历史上的地位。
