利玛窦进京。
在中国生活多年之后，利玛窦深知，传教必须取得士大夫阶层的支持。如果可能，得到皇帝的允许将对天主教的传播有莫大的益处。这也是远在欧洲的耶稣会总会所希望看到的。因此，利玛窦渴望能进入明朝中国的政治中心——北京。万历二十八年（1600年）的北京之行，已经是利玛窦第二次来北京了。两年之前，他曾经来过北京，在一位官员朋友家住了几天。因为当时明朝正在进行援朝抗倭的战争，朋友不敢在这种政治形势下过久地收留他这个外国人，所以他只得回到南京。不过，这一次，利玛窦可以说是奉皇帝之命到达的京城，因为据说万历皇帝想要看一看这位欧洲人给他带来了什么样的礼物！
这一次利玛窦进入北京，同样费了一番周折。他从南京出发，搭乘着一个采办丝绸的太监的船只沿着运河北上。在到达山东济宁的时候，利玛窦见到了他的一个老朋友，时任漕运总督的刘东星。刘东星还替利玛窦润饰了呈给皇帝的奏疏。然而，到达临清的时候，税监马堂拘押了利玛窦，并将他关在天津将近半年。直到万历二十九年（1601年）的一月，万历皇帝要求将利玛窦及其礼品送到京城的圣旨才下来。这样，利玛窦在太监的陪同下“奉旨”入京了。有人说利玛窦贿赂了太监，希望能走捷径见到皇帝。但是，实际上从入京前后的情况看，利玛窦似乎并不愿意过多地接触宦官，而且宦官马堂的拘押还一度使利玛窦入京的打算化作泡影。利玛窦进入北京城，依靠的不是宣讲式的传教方式，而是通过与中国士大夫们的结交才得以达成的。正因为此，一位历史学家（A.Reville）说，利玛窦是“用一种世俗的处世方法”来实现宗教传播的目标。
利玛窦给万历皇帝带来了礼物。礼单中包括以下物品：1.天主像一幅；2.油画两幅，其中一幅是圣路加教堂圣母像的摹本，另一幅则是圣处女怀抱耶稣的画像；3.镀金边的金丝封面的每日祈祷书一本；4.镶有宝石的十字架一具；5.报时自鸣钟一座；6.三棱镜两块；7.缀以纯银链的三角形玻璃杯两个；8.大西洋琴一张；9.奥泰琉斯《月相》一书。另外，贡品中还包括一套世界地图册——《万国图志》，据说是欧洲著名的地理学家奥特里乌斯1570年出版的《地球大观》。从这个清单中可以看到，超过半数的器物是基督教的宗教器物。据说，此后陆续进献的，还包括一幅西班牙圣劳伦斯宫殿的铜版画，以及描绘1598年西班牙国王菲利浦二世葬礼的图画。
皇帝本人对传教士们赠予的宗教器物毫无兴趣。尽管之前的士大夫们特别喜欢利玛窦的玻璃三棱镜，但万历皇帝对于威尼斯的玻璃三棱镜似乎没有什么深刻的印象，他感兴趣的是自鸣钟。他如此喜爱自鸣钟，以至于担心皇太后也会喜欢上这个自鸣钟。因此，当皇太后要求看一看自鸣钟的时候，万历皇帝命人在将自鸣钟送到太后寝宫前将钟的自鸣发条卸下。自鸣钟在皇太后的宫中停留了一段日子，一直没有发出声音。最后，失去兴趣的皇太后命人将它搬回到皇帝宫中，说：“我原以为它会自鸣呢！”一旁伺候的太监们知道皇帝的意图，也没人敢把真相告诉皇太后。自鸣钟成了万历皇帝与传教士之间的联系纽带。后来，利玛窦曾多次入宫为万历皇帝修理钟表机械。之后的耶稣会士汤若望也曾经入宫为崇祯皇帝修理西琴。皇帝对于利玛窦的世界地图也产生过兴趣。万历二十九年（1601年），传教士熊三拔（Sabbathin de Ursis）和庞迪我就奉万历皇帝之命，对利玛窦的《坤舆万国全图》进行注释。这本注释，后来经艾儒略（Jules Aleni）与杨廷筠的加工，成了明代著名的外国地理书——《职方外纪》。何兆武先生曾形象地说，“小小的三棱镜、时钟和地图”，“竟成为藉以敲破中国森严的思想堡垒的法宝”。当然，据说由于将自鸣钟引进了中国，利玛窦成了中国钟表匠的神祇。19世纪中期，上海的钟表业奉利玛窦为祖师，每月初一、十五都到利公塑像前顶礼膜拜。
尽管朝廷中有些大臣向皇帝建议，要求传教士离开北京回到广东，但是，靠着士大夫朋友们的周旋，利玛窦等人最终得到皇帝的允许，在北京城扎下了根。最初，利玛窦住在明朝政府用以招待外国使节的四夷馆之中。到万历三十三年（1605年），他获准在宣武门内建造一所教堂，即今天北京的天主教南堂。然而，在北京十年，利玛窦从未见过皇帝。利玛窦曾经与各国使臣一道，来到宫中准备接受皇帝的召见，结果只是大家一齐对着皇帝的宝座行礼而已，因为深居宫中的万历皇帝对于接见外国人没有兴趣！此后，利玛窦在北京的十年过得非常忙碌。他努力在京城建立一个由高层士人组成的圈子。据他的助手熊三拔说，利玛窦从早到晚忙着接见客人，有时连吃饭的时间都没有。
利玛窦与徐光启
利玛窦充分发挥自己的社交才能。从韶州到南昌，从南昌到南京，再到北京，儒衣儒冠的利玛窦结交了各式各样的中国士大夫。其中，有被称作中国天主教三大柱石的徐光启、李之藻、杨廷筠，有王弘诲、祝世禄、曹于汴、冯应京等朝廷高官，还有以医术见长的王肯堂、以刊印《程氏墨苑》而闻名的程大约，以及被视为异端而入狱最后自杀的思想家李贽等。
